More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1830 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 359 aa  729    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2820  RND family efflux transporter MFP subunit  90.63 
 
 		 363 aa  632  1e-180  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  0.368522 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  83.66 
 
 		 354 aa  599  1e-170  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1781  RND family efflux transporter MFP subunit  80.62 
 
 		 368 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.253325  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  77.33 
 
 		 354 aa  565  1e-160  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  77.84 
 
 		 354 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  76.72 
 
 		 358 aa  558  1e-158  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  77.01 
 
 		 358 aa  560  1e-158  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  76.44 
 
 		 354 aa  551  1e-156  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  76.44 
 
 		 354 aa  551  1e-156  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  76.15 
 
 		 354 aa  548  1e-155  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  77.91 
 
 		 354 aa  549  1e-155  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  76.44 
 
 		 354 aa  548  1e-155  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  73.3 
 
 		 354 aa  514  1.0000000000000001e-145  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  68.88 
 
 		 357 aa  501  1e-141  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  67.71 
 
 		 352 aa  489  1e-137  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  43.29 
 
 		 376 aa  281  1e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  43.24 
 
 		 405 aa  278  1e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.8 
 
 		 383 aa  194  3e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.34 
 
 		 430 aa  149  5e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.559583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.13 
 
 		 377 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  29.58 
 
 		 350 aa  129  1.0000000000000001e-28  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.41 
 
 		 387 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  24.65 
 
 		 376 aa  125  8.000000000000001e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2519  secretion protein HlyD  29.17 
 
 		 382 aa  123  4e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000015375  normal  0.24357 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00325  cation efflux system protein  34.31 
 
 		 244 aa  122  9.999999999999999e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.888841  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0041  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.38 
 
 		 378 aa  120  3e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.89791  normal  0.261432 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.7 
 
 		 388 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2665  RND family efflux transporter MFP subunit  29.02 
 
 		 386 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26 
 
 		 356 aa  119  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0883  RND family efflux transporter MFP subunit  28.28 
 
 		 363 aa  118  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  24.72 
 
 		 368 aa  117  3e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  27.07 
 
 		 379 aa  117  3e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4296  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.71 
 
 		 462 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.71 
 
 		 462 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267577  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  25.38 
 
 		 367 aa  115  8.999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  28.03 
 
 		 434 aa  115  8.999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  32.56 
 
 		 421 aa  115  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2129  hypothetical protein  27.49 
 
 		 368 aa  114  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0816  RND family efflux transporter MFP subunit  27.18 
 
 		 385 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  28.18 
 
 		 364 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1672  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.79 
 
 		 359 aa  112  1.0000000000000001e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3493  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE  28.37 
 
 		 476 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  29.59 
 
 		 426 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.78 
 
 		 426 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4521  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.34 
 
 		 379 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03141  putative resistance transmembrane protein  27.33 
 
 		 449 aa  110  5e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.704547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  26 
 
 		 415 aa  109  7.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  27.25 
 
 		 374 aa  109  9.000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  24.28 
 
 		 354 aa  108  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.31 
 
 		 372 aa  108  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4288  RND family efflux transporter MFP subunit  23.78 
 
 		 349 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  26.63 
 
 		 392 aa  108  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  23.58 
 
 		 368 aa  108  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4428  RND family efflux transporter MFP subunit  24.16 
 
 		 349 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  24.93 
 
 		 372 aa  107  3e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  27.43 
 
 		 414 aa  107  3e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3707  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.77 
 
 		 354 aa  107  3e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0112  RND family efflux transporter MFP subunit  23.78 
 
 		 349 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  23.78 
 
 		 376 aa  107  4e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14330  Secretion protein HlyD family  27.14 
 
 		 401 aa  107  4e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774042  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0739  RND family efflux transporter MFP subunit  25.37 
 
 		 371 aa  107  4e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.580961  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2524  RND family efflux transporter MFP subunit  25.78 
 
 		 424 aa  107  4e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.283395  normal  0.0763035 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  26.05 
 
 		 348 aa  106  5e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  23.25 
 
 		 348 aa  106  5e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  26.94 
 
 		 366 aa  106  6e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  28.28 
 
 		 467 aa  106  7e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4389  RND family efflux transporter MFP subunit  25.22 
 
 		 387 aa  105  8e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0818366 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0838  RND family efflux transporter MFP subunit  24.78 
 
 		 387 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2903  RND family efflux transporter MFP subunit  25.9 
 
 		 383 aa  105  9e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  25.48 
 
 		 368 aa  105  9e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03982  membrane fusion protein  26.99 
 
 		 414 aa  105  9e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1216  RND family efflux transporter MFP subunit  26.33 
 
 		 379 aa  105  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.152303  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2103  hypothetical protein  27.43 
 
 		 365 aa  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.54 
 
 		 368 aa  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.15 
 
 		 379 aa  105  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2360  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.8 
 
 		 380 aa  105  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.347608  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.15 
 
 		 351 aa  105  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2808  membrane fusion protein; cation efflux system protein  23.36 
 
 		 353 aa  104  2e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1001  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.58 
 
 		 347 aa  104  3e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.612781  normal  0.0455845 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.62 
 
 		 357 aa  104  3e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  24.44 
 
 		 372 aa  103  4e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1145  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 412 aa  103  5e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00324803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1073  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 412 aa  103  6e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000967621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1077  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 412 aa  103  6e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.82 
 
 		 421 aa  102  7e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  26.58 
 
 		 381 aa  102  9e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3718  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.12 
 
 		 353 aa  102  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.0568343 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1047  RND family efflux transporter subunit MFP  23.85 
 
 		 461 aa  102  1e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0423833  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1144  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.66 
 
 		 368 aa  101  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000422764  normal  0.160912 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.17 
 
 		 352 aa  101  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  22.42 
 
 		 340 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  23.74 
 
 		 376 aa  101  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  24.41 
 
 		 372 aa  100  3e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1615  RND family efflux transporter MFP subunit  25.71 
 
 		 347 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000338384  decreased coverage  0.00000142207 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  26.28 
 
 		 381 aa  100  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2514  acriflavin resistance protein B  23.25 
 
 		 371 aa  100  3e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.825279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  24.13 
 
 		 374 aa  100  3e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  24.41 
 
 		 372 aa  100  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1676  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.8 
 
 		 367 aa  100  3e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0197098  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>