More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2820 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  90.63 
 
 
359 aa  655    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2820  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 
363 aa  739    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  0.368522 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  83.93 
 
 
354 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1781  RND family efflux transporter MFP subunit  82.83 
 
 
368 aa  601  1.0000000000000001e-171  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.253325  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  77.81 
 
 
354 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  77.08 
 
 
354 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  76.49 
 
 
358 aa  555  1e-157  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  76.2 
 
 
358 aa  553  1e-156  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  76.49 
 
 
354 aa  545  1e-154  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  76.49 
 
 
354 aa  546  1e-154  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  76.49 
 
 
354 aa  545  1e-154  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  75.92 
 
 
354 aa  541  1e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  77.08 
 
 
354 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  72.19 
 
 
354 aa  510  1e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  69.6 
 
 
357 aa  502  1e-141  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  67.23 
 
 
352 aa  484  1e-136  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  43.18 
 
 
405 aa  282  8.000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  41.85 
 
 
376 aa  280  3e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.64 
 
 
383 aa  197  3e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.25 
 
 
430 aa  145  1e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.559583  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4296  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.44 
 
 
462 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.44 
 
 
462 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267577  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.52 
 
 
377 aa  127  3e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  24.66 
 
 
376 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  27.62 
 
 
350 aa  125  1e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03141  putative resistance transmembrane protein  28.61 
 
 
449 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.704547  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2519  secretion protein HlyD  29.5 
 
 
382 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000015375  normal  0.24357 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0883  RND family efflux transporter MFP subunit  30.23 
 
 
363 aa  121  1.9999999999999998e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.77 
 
 
387 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00325  cation efflux system protein  33.17 
 
 
244 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.888841  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0816  RND family efflux transporter MFP subunit  28.8 
 
 
385 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.26 
 
 
388 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2665  RND family efflux transporter MFP subunit  28.98 
 
 
386 aa  119  7e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.88 
 
 
356 aa  119  7.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  28.62 
 
 
434 aa  119  7.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.47 
 
 
372 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  26.3 
 
 
364 aa  115  7.999999999999999e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  30.56 
 
 
421 aa  115  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0041  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.63 
 
 
378 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.89791  normal  0.261432 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  25.43 
 
 
354 aa  114  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0838  RND family efflux transporter MFP subunit  25.94 
 
 
387 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  28.01 
 
 
374 aa  113  5e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4389  RND family efflux transporter MFP subunit  27.25 
 
 
387 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0818366 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  26.76 
 
 
379 aa  111  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  27.63 
 
 
415 aa  110  3e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03982  membrane fusion protein  28.12 
 
 
414 aa  109  6e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0170  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.06 
 
 
450 aa  108  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.736393 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2129  hypothetical protein  26.59 
 
 
368 aa  108  2e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  24.53 
 
 
368 aa  108  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.3 
 
 
368 aa  108  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  27.67 
 
 
366 aa  107  2e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2808  membrane fusion protein; cation efflux system protein  23.38 
 
 
353 aa  108  2e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  27.67 
 
 
414 aa  107  4e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  27.3 
 
 
426 aa  107  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4521  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.01 
 
 
379 aa  106  5e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1672  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.54 
 
 
359 aa  106  7e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1001  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.12 
 
 
347 aa  105  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.612781  normal  0.0455845 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  24.22 
 
 
367 aa  105  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  24.69 
 
 
348 aa  104  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4428  RND family efflux transporter MFP subunit  24.47 
 
 
349 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.17 
 
 
352 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0112  RND family efflux transporter MFP subunit  24.1 
 
 
349 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  25.71 
 
 
348 aa  104  3e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0739  RND family efflux transporter MFP subunit  24.85 
 
 
371 aa  104  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.580961  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  27 
 
 
426 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14330  Secretion protein HlyD family  27.08 
 
 
401 aa  103  4e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774042  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  25.15 
 
 
372 aa  103  5e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.65 
 
 
379 aa  103  5e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.12 
 
 
351 aa  103  5e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2903  RND family efflux transporter MFP subunit  26.03 
 
 
383 aa  103  6e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3493  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE  27.47 
 
 
476 aa  103  7e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1144  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.58 
 
 
368 aa  102  7e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000422764  normal  0.160912 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4288  RND family efflux transporter MFP subunit  24.1 
 
 
349 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4166  RND family efflux transporter MFP subunit  26.44 
 
 
427 aa  102  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  27.55 
 
 
467 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2524  RND family efflux transporter MFP subunit  25.63 
 
 
424 aa  102  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.283395  normal  0.0763035 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2360  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.5 
 
 
380 aa  101  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.347608  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2103  hypothetical protein  25.89 
 
 
365 aa  101  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.32 
 
 
357 aa  101  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  26.88 
 
 
381 aa  101  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2411  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.99 
 
 
410 aa  101  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.733291  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3707  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.71 
 
 
354 aa  101  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2431  RND family efflux transporter MFP subunit  26.2 
 
 
435 aa  101  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0638771  normal  0.904192 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.78 
 
 
370 aa  100  4e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  24.02 
 
 
376 aa  100  4e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3718  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.21 
 
 
353 aa  99.8  6e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.0568343 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  24.92 
 
 
360 aa  99.8  7e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0972  secretion protein HlyD  24.45 
 
 
353 aa  99.4  8e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  24.19 
 
 
374 aa  99.4  8e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  24.72 
 
 
372 aa  99.4  9e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.19 
 
 
362 aa  99  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  26.32 
 
 
392 aa  98.6  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  23.68 
 
 
368 aa  98.6  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.13 
 
 
380 aa  99  1e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0605754  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2514  acriflavin resistance protein B  22.5 
 
 
371 aa  99.4  1e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.825279  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2202  RND family efflux transporter MFP subunit  24.49 
 
 
407 aa  98.6  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1073  RND family efflux transporter MFP subunit  26.88 
 
 
412 aa  98.2  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000967621  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1145  RND family efflux transporter MFP subunit  26.88 
 
 
412 aa  98.2  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00324803  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  24.79 
 
 
349 aa  98.2  2e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1077  RND family efflux transporter MFP subunit  26.88 
 
 
412 aa  98.2  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>