More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_0105 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 348 aa  705    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4288  RND family efflux transporter MFP subunit  80.8 
 
 		 349 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0112  RND family efflux transporter MFP subunit  80.23 
 
 		 349 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4428  RND family efflux transporter MFP subunit  81.09 
 
 		 349 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2404  secretion protein HlyD  33.65 
 
 		 347 aa  137  4e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  29.19 
 
 		 405 aa  125  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3371  secretion protein HlyD  28.12 
 
 		 370 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.165029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.24 
 
 		 383 aa  120  3.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  30.23 
 
 		 467 aa  119  9e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0916  efflux transporter  29.82 
 
 		 396 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.987196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  25.77 
 
 		 351 aa  118  1.9999999999999998e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  25.77 
 
 		 351 aa  118  1.9999999999999998e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2738  putative RND efflux membrane fusion protein  28.25 
 
 		 371 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254191  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.9 
 
 		 380 aa  116  5e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.36 
 
 		 377 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  26.11 
 
 		 376 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  27.45 
 
 		 366 aa  114  3e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  28.21 
 
 		 373 aa  113  6e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1781  RND family efflux transporter MFP subunit  23.28 
 
 		 368 aa  113  6e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.253325  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  28.71 
 
 		 369 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.01 
 
 		 363 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  24.36 
 
 		 365 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  28.24 
 
 		 369 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.01 
 
 		 363 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.71 
 
 		 369 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  28.71 
 
 		 369 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  24.92 
 
 		 380 aa  110  5e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01965  Secretion protein HlyD  25.63 
 
 		 401 aa  109  6e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.303602  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  27.48 
 
 		 352 aa  109  6e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25.57 
 
 		 361 aa  109  6e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  26.18 
 
 		 360 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  25.74 
 
 		 379 aa  109  8.000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  26.3 
 
 		 382 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0045  RND family efflux transporter MFP subunit  27.3 
 
 		 356 aa  108  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  26.71 
 
 		 367 aa  108  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  28.89 
 
 		 434 aa  108  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.4 
 
 		 349 aa  107  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  25.97 
 
 		 472 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  26.8 
 
 		 360 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  26.8 
 
 		 360 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.37 
 
 		 350 aa  107  3e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000250075  normal  0.807389 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  23.25 
 
 		 359 aa  107  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  26.79 
 
 		 478 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.67 
 
 		 355 aa  107  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  26.79 
 
 		 478 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  25.54 
 
 		 381 aa  106  5e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  28.71 
 
 		 370 aa  106  5e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.143794  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.4 
 
 		 360 aa  106  5e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  26.76 
 
 		 340 aa  106  5e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  27.4 
 
 		 360 aa  106  5e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  27.4 
 
 		 360 aa  106  6e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  27.03 
 
 		 392 aa  106  7e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.65 
 
 		 388 aa  106  7e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  28.71 
 
 		 373 aa  105  8e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000335121  normal  0.257402 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.07 
 
 		 368 aa  105  9e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  28.71 
 
 		 370 aa  105  9e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  26.26 
 
 		 390 aa  105  9e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  24.53 
 
 		 354 aa  105  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  22.29 
 
 		 354 aa  105  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  28.85 
 
 		 372 aa  104  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  26.12 
 
 		 360 aa  104  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  24.44 
 
 		 375 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2820  RND family efflux transporter MFP subunit  24.69 
 
 		 363 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  0.368522 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.56 
 
 		 397 aa  104  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4493  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.75 
 
 		 367 aa  105  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.612872 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  27.05 
 
 		 360 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  27 
 
 		 415 aa  104  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  25.3 
 
 		 348 aa  103  4e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3608  secretion protein HlyD  25.73 
 
 		 400 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221607  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  24.58 
 
 		 376 aa  103  5e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  31.49 
 
 		 353 aa  103  6e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1989  RND family efflux transporter MFP subunit  26.65 
 
 		 379 aa  102  7e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3725  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.41 
 
 		 516 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.183704 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.84 
 
 		 407 aa  102  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3483  HlyD family secretion protein  28.57 
 
 		 369 aa  102  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3671  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.41 
 
 		 516 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  26.83 
 
 		 382 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1392  RND efflux system membrane fusion protein  26.4 
 
 		 419 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0449025  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  21.97 
 
 		 354 aa  101  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  27.91 
 
 		 417 aa  101  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0257  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.15 
 
 		 376 aa  101  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0635655  hitchhiker  0.00588714 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2370  secretion protein HlyD  28.24 
 
 		 405 aa  100  3e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467489 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  22.51 
 
 		 352 aa  100  3e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  26.59 
 
 		 376 aa  100  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  22.73 
 
 		 357 aa  100  3e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  26.24 
 
 		 406 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  26.12 
 
 		 361 aa  100  5e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  26.24 
 
 		 382 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.04 
 
 		 352 aa  99.8  6e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  25.24 
 
 		 376 aa  99.4  8e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.43 
 
 		 421 aa  99  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325844 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3002  membrane-fusion protein, component of multidrug efflux system  27.78 
 
 		 367 aa  97.8  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1963  putative secretion protein, HlyD family  25.73 
 
 		 390 aa  97.8  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000072673  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  25.76 
 
 		 354 aa  97.4  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2372  secretion protein HlyD  26.71 
 
 		 392 aa  97.4  3e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.753301 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  23.66 
 
 		 405 aa  97.4  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0139  secretion protein HlyD  27.21 
 
 		 356 aa  97.8  3e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.9 
 
 		 455 aa  97.1  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.755082  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1436  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.77 
 
 		 393 aa  97.1  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  26.98 
 
 		 364 aa  97.1  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>