More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_2514 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  89.27 
 
 
354 aa  656    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  89.83 
 
 
354 aa  640    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  99.72 
 
 
354 aa  717    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  99.72 
 
 
354 aa  717    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  98.87 
 
 
354 aa  710    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 
354 aa  719    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  89.94 
 
 
358 aa  665    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  89.94 
 
 
358 aa  666    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  91.81 
 
 
354 aa  675    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  77.62 
 
 
354 aa  558  1e-158  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  76.15 
 
 
359 aa  549  1e-155  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2820  RND family efflux transporter MFP subunit  77.91 
 
 
363 aa  529  1e-149  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  0.368522 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1781  RND family efflux transporter MFP subunit  73.09 
 
 
368 aa  528  1e-149  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.253325  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  73.37 
 
 
354 aa  530  1e-149  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  71.02 
 
 
357 aa  518  1e-146  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  70.32 
 
 
352 aa  500  1e-140  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  42.23 
 
 
405 aa  280  4e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  44.41 
 
 
376 aa  278  1e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.86 
 
 
383 aa  198  1.0000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.01 
 
 
430 aa  141  9.999999999999999e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.559583  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2360  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.65 
 
 
380 aa  131  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.347608  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.81 
 
 
387 aa  130  3e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2519  secretion protein HlyD  29.1 
 
 
382 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000015375  normal  0.24357 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.88 
 
 
356 aa  126  7e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  28.76 
 
 
366 aa  125  1e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3707  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.68 
 
 
354 aa  125  2e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2665  RND family efflux transporter MFP subunit  29.53 
 
 
386 aa  125  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.43 
 
 
388 aa  124  3e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.91 
 
 
377 aa  124  3e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.61 
 
 
462 aa  123  5e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267577  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4296  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.61 
 
 
462 aa  123  5e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1672  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.23 
 
 
359 aa  123  6e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  29.3 
 
 
434 aa  122  9e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  25.95 
 
 
354 aa  122  9e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  29.49 
 
 
350 aa  121  1.9999999999999998e-26  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03141  putative resistance transmembrane protein  28.96 
 
 
449 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.704547  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.67 
 
 
372 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  24.65 
 
 
376 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  28.19 
 
 
379 aa  121  1.9999999999999998e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  34.27 
 
 
421 aa  120  3e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.6 
 
 
350 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000250075  normal  0.807389 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00325  cation efflux system protein  32.84 
 
 
244 aa  119  7e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.888841  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  26.05 
 
 
376 aa  117  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2808  membrane fusion protein; cation efflux system protein  25.32 
 
 
353 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  27.42 
 
 
364 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  23.99 
 
 
349 aa  116  5e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1001  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.04 
 
 
347 aa  116  5e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.612781  normal  0.0455845 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  27.59 
 
 
366 aa  114  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.61 
 
 
379 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  24.38 
 
 
367 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  27.76 
 
 
392 aa  114  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0816  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 
385 aa  114  3e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4521  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.48 
 
 
379 aa  113  6e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.55 
 
 
352 aa  112  9e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0883  RND family efflux transporter MFP subunit  28.75 
 
 
363 aa  111  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2129  hypothetical protein  26.02 
 
 
368 aa  110  3e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  28.77 
 
 
467 aa  110  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  26.27 
 
 
374 aa  110  3e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.74 
 
 
397 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  28.7 
 
 
363 aa  109  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3718  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.19 
 
 
353 aa  108  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.0568343 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1455  RND family efflux transporter MFP subunit  27.3 
 
 
345 aa  108  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2514  acriflavin resistance protein B  24.04 
 
 
371 aa  108  1e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.825279  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  24.05 
 
 
368 aa  108  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0041  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 
378 aa  108  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.89791  normal  0.261432 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  29.46 
 
 
381 aa  108  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1676  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.77 
 
 
367 aa  108  2e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0197098  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.01 
 
 
353 aa  108  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.593708  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.95 
 
 
362 aa  107  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.22 
 
 
349 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  23.32 
 
 
368 aa  107  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  25.28 
 
 
376 aa  107  4e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  23 
 
 
368 aa  107  4e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2202  RND family efflux transporter MFP subunit  26.39 
 
 
407 aa  107  4e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  27.12 
 
 
391 aa  106  5e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  27.14 
 
 
366 aa  106  6e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0739  RND family efflux transporter MFP subunit  23.89 
 
 
371 aa  106  6e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.580961  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1615  RND family efflux transporter MFP subunit  26.38 
 
 
347 aa  106  7e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000338384  decreased coverage  0.00000142207 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  25.97 
 
 
373 aa  106  7e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  25.71 
 
 
395 aa  105  8e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3689  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.73 
 
 
414 aa  105  9e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.57 
 
 
421 aa  105  9e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2702  multidrug efflux system subunit MdtA  25.08 
 
 
411 aa  105  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.85 
 
 
368 aa  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  26.8 
 
 
381 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  25.34 
 
 
374 aa  105  1e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2454  RND family efflux transporter MFP subunit  28.22 
 
 
393 aa  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  24.72 
 
 
372 aa  105  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  25.78 
 
 
372 aa  104  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.89 
 
 
357 aa  104  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4563  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.31 
 
 
426 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4389  RND family efflux transporter MFP subunit  25.36 
 
 
387 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0818366 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0644  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.34 
 
 
425 aa  105  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0200148  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2074  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  31.46 
 
 
322 aa  104  3e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  26.47 
 
 
354 aa  103  3e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  25.47 
 
 
372 aa  103  3e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.93 
 
 
353 aa  103  4e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.104068  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  24.23 
 
 
372 aa  103  4e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  26.32 
 
 
415 aa  103  4e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1969  RND family efflux transporter MFP subunit  28.88 
 
 
418 aa  103  4e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.728278 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>