More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_2557 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 
356 aa  714    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2454  RND family efflux transporter MFP subunit  32.07 
 
 
393 aa  169  8e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.88 
 
 
377 aa  135  9e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  28.84 
 
 
432 aa  135  9e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.23 
 
 
397 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  28 
 
 
358 aa  133  5e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  28 
 
 
358 aa  132  6e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  28.18 
 
 
379 aa  132  1.0000000000000001e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  27.87 
 
 
376 aa  130  3e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 
354 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  26.86 
 
 
354 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  28 
 
 
354 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3664  RND family efflux transporter MFP subunit  30.17 
 
 
370 aa  125  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  26.79 
 
 
340 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  25.64 
 
 
352 aa  123  5e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  28.41 
 
 
361 aa  123  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.918542  normal  0.711455 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  28.25 
 
 
354 aa  123  6e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  26.58 
 
 
354 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  27.71 
 
 
360 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  28.97 
 
 
370 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1216  RND family efflux transporter MFP subunit  27.35 
 
 
379 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.152303  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.35 
 
 
354 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  26.35 
 
 
354 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6009  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.22 
 
 
356 aa  120  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.359632  normal  0.895367 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  28.02 
 
 
376 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2818  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.35 
 
 
349 aa  120  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  27.65 
 
 
359 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  26.88 
 
 
354 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1001  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.18 
 
 
347 aa  119  6e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.612781  normal  0.0455845 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  27.73 
 
 
405 aa  119  6e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2514  acriflavin resistance protein B  25.51 
 
 
371 aa  119  9e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.825279  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.15 
 
 
383 aa  119  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.32 
 
 
379 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  24.43 
 
 
357 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  25.5 
 
 
354 aa  116  6e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2338  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.25 
 
 
373 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  25.69 
 
 
405 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1781  RND family efflux transporter MFP subunit  26.71 
 
 
368 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.253325  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  26 
 
 
359 aa  114  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.48 
 
 
362 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1783  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.42 
 
 
354 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  25 
 
 
369 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 
369 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2064  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.15 
 
 
365 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2820  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 
363 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  0.368522 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  30.03 
 
 
418 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3679  RND family efflux transporter MFP subunit  28.15 
 
 
365 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.78 
 
 
349 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.99545  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.93 
 
 
365 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  25.27 
 
 
369 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3707  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.14 
 
 
354 aa  110  3e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  24 
 
 
350 aa  110  4.0000000000000004e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.16 
 
 
379 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2234  RND family efflux transporter MFP subunit  24.88 
 
 
407 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.282252  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  27.06 
 
 
357 aa  110  5e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1279  HlyD family secretion protein  25.34 
 
 
359 aa  109  7.000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.01 
 
 
509 aa  109  8.000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00959096  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  27.01 
 
 
361 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1267  RND family efflux transporter MFP subunit  29.38 
 
 
355 aa  109  9.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  25.54 
 
 
369 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0453  secretion protein HlyD family protein  30.74 
 
 
287 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  27.12 
 
 
366 aa  107  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  24.72 
 
 
354 aa  107  3e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  27.52 
 
 
365 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01876  hypothetical protein  27.85 
 
 
359 aa  106  6e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0448  secretion protein HlyD  27.85 
 
 
388 aa  106  6e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.192124 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  26.1 
 
 
364 aa  106  7e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3837  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmvB  27.6 
 
 
405 aa  106  7e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613806  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  31.36 
 
 
500 aa  105  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003810  linker protein putative  26.22 
 
 
365 aa  105  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.82 
 
 
360 aa  104  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.82 
 
 
360 aa  104  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  24.36 
 
 
374 aa  104  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.27 
 
 
430 aa  104  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.559583  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  26.54 
 
 
361 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.91 
 
 
357 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.434682  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  24.4 
 
 
370 aa  104  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1721  RND family efflux transporter MFP subunit  22.96 
 
 
431 aa  104  3e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2903  RND family efflux transporter MFP subunit  27.33 
 
 
383 aa  104  3e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.15 
 
 
414 aa  104  3e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.152554 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3992  RND efflux system membrane fusion protein  24.59 
 
 
366 aa  103  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0746  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  25.75 
 
 
366 aa  103  6e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339879  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  25.56 
 
 
396 aa  103  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  25.77 
 
 
360 aa  103  6e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.5 
 
 
388 aa  103  6e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  25.23 
 
 
384 aa  102  7e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.93 
 
 
353 aa  102  7e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.593708  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  24.52 
 
 
365 aa  102  8e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2615  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.46 
 
 
380 aa  102  8e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.909785  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  27.72 
 
 
364 aa  102  9e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  25.86 
 
 
390 aa  102  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5851  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.15 
 
 
369 aa  102  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.834667 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3233  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.45 
 
 
361 aa  101  2e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  26.65 
 
 
370 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  26.11 
 
 
380 aa  101  2e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.1 
 
 
417 aa  101  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.79 
 
 
355 aa  101  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1555  secretion protein HlyD  25.35 
 
 
394 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3844  RND family efflux transporter MFP subunit  30.4 
 
 
489 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.957975 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  30.4 
 
 
489 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.235354  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>