More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3921 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 402 aa  739    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316668 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4289  efflux transporter, RND family, MFP subunit  99.25 
 
 		 402 aa  733    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0321009 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  93.37 
 
 		 414 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  77.87 
 
 		 427 aa  482  1e-135  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  70.66 
 
 		 385 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  70.66 
 
 		 408 aa  403  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  70.09 
 
 		 396 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  65.74 
 
 		 396 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  61.89 
 
 		 413 aa  382  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  61.29 
 
 		 413 aa  378  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  61.78 
 
 		 413 aa  367  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1373  RND family efflux transporter MFP subunit  63.04 
 
 		 409 aa  330  3e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000149577 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  45.1 
 
 		 426 aa  248  2e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  44.44 
 
 		 391 aa  228  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  37.64 
 
 		 378 aa  221  9.999999999999999e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  37.28 
 
 		 395 aa  211  1e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.24 
 
 		 396 aa  210  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.167372 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3044  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.15 
 
 		 396 aa  209  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3888  Fis family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 389 aa  208  2e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0700006  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1504  RND family efflux transporter MFP subunit  37.74 
 
 		 397 aa  177  4e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583737 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2854  cation efflux transporter  37.39 
 
 		 386 aa  176  6e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.405755  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1439  RND family efflux transporter MFP subunit  37.39 
 
 		 390 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3030  secretion protein HlyD  42.55 
 
 		 306 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0446257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  36.05 
 
 		 391 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3611  secretion protein HlyD  42.33 
 
 		 295 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.711693  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3372  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.33 
 
 		 390 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0461986  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0091  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.32 
 
 		 306 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.718467 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4685  secretion protein HlyD  43.09 
 
 		 312 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.543199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3605  secretion protein HlyD  40.54 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.550781  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  33.71 
 
 		 392 aa  128  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7484  HlyD family secretion protein  31.39 
 
 		 351 aa  127  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.832684  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4022  RND family efflux transporter MFP subunit  33.07 
 
 		 390 aa  127  3e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0918  RND family efflux transporter MFP subunit  40.98 
 
 		 302 aa  126  8.000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.523672  normal  0.981132 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0886  secretion protein HlyD  43.09 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.795308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  31.95 
 
 		 347 aa  125  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0549  hypothetical protein  41.53 
 
 		 296 aa  125  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3039  secretion protein HlyD  41.08 
 
 		 301 aa  124  3e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0895  secretion protein HlyD  38.66 
 
 		 322 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4105  secretion protein HlyD  34.34 
 
 		 383 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0739298  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.38 
 
 		 387 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  33.24 
 
 		 363 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.39 
 
 		 298 aa  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03087  putative cation-efflux system signal peptide protein  34.21 
 
 		 375 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.297372 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3965  RND family efflux transporter MFP subunit  33.43 
 
 		 362 aa  118  1.9999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000185194 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.92 
 
 		 351 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0764  RND family efflux transporter MFP subunit  31.62 
 
 		 385 aa  118  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5160  secretion protein HlyD  37.16 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1328  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.25 
 
 		 297 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0556  HlyD family secretion protein  39.23 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.230089 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1002  secretion protein HlyD  39.9 
 
 		 307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.677003  normal  0.658036 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.7 
 
 		 357 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1007  secretion protein HlyD  36.07 
 
 		 317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163323  normal  0.0478945 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  32.34 
 
 		 394 aa  113  8.000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  30.84 
 
 		 386 aa  110  5e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2621  secretion protein HlyD  32.49 
 
 		 367 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0458  secretion protein HlyD  33.73 
 
 		 378 aa  107  4e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1337  HlyD family secretion protein  41.28 
 
 		 293 aa  105  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0890  secretion protein HlyD  37.82 
 
 		 306 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.459513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0807  RND family efflux transporter MFP subunit  29.39 
 
 		 358 aa  104  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.347683 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2968  RND family efflux transporter MFP subunit  32.33 
 
 		 413 aa  104  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222457 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0816  RND family efflux transporter MFP subunit  34.29 
 
 		 385 aa  103  4e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2519  secretion protein HlyD  31.54 
 
 		 382 aa  103  5e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000015375  normal  0.24357 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2665  RND family efflux transporter MFP subunit  31.83 
 
 		 386 aa  102  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0908  HlyD family secretion protein  37.57 
 
 		 300 aa  102  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5381  RND family efflux transporter MFP subunit  30.77 
 
 		 364 aa  102  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.996751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4745  RND family efflux transporter MFP subunit  33.23 
 
 		 393 aa  102  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.19985 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0471  secretion protein HlyD  29.86 
 
 		 404 aa  101  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2377  RND family efflux transporter MFP subunit  28.66 
 
 		 609 aa  100  4e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.40782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3901  RND family efflux transporter MFP subunit  30.08 
 
 		 396 aa  99.4  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.11743 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2411  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.68 
 
 		 410 aa  98.2  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.733291  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.75 
 
 		 379 aa  98.2  3e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0040  secretion protein HlyD  31.83 
 
 		 389 aa  97.4  4e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.35 
 
 		 383 aa  97.4  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4544  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.18 
 
 		 379 aa  96.3  8e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.80936 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3472  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.18 
 
 		 379 aa  96.3  8e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000321827  normal  0.111591 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1099  RND family efflux transporter MFP subunit  33.52 
 
 		 367 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  33.07 
 
 		 380 aa  94  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.8 
 
 		 380 aa  92.4  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4341  RND family efflux transporter MFP subunit  31.89 
 
 		 394 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7282  HlyD family secretion protein  28.37 
 
 		 377 aa  91.3  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.548499  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4710  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.89 
 
 		 383 aa  90.9  4e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.967203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  28.41 
 
 		 340 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0916  efflux transporter  32.14 
 
 		 396 aa  87.8  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.987196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  28.64 
 
 		 370 aa  87.8  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0949  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 390 aa  87  6e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.83 
 
 		 380 aa  86.7  7e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0605754  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4858  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.22 
 
 		 388 aa  86.3  8e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.345614 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.94 
 
 		 379 aa  85.5  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5087  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.49 
 
 		 357 aa  85.9  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.156095  normal  0.0832308 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2370  secretion protein HlyD  29.09 
 
 		 405 aa  84.7  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467489 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3686  RND family efflux transporter MFP subunit  30.5 
 
 		 440 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98045  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1021  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.27 
 
 		 390 aa  85.5  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0159772  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5660  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.59 
 
 		 371 aa  84.3  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.852771  normal  0.84907 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.11 
 
 		 453 aa  83.6  0.000000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01779  transporter lipoprotein transmembrane  32.36 
 
 		 1405 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03344  acriflavin resistance protein  28.74 
 
 		 417 aa  82  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  26.11 
 
 		 350 aa  80.5  0.00000000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  25.38 
 
 		 376 aa  80.5  0.00000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.49 
 
 		 414 aa  80.5  0.00000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.152554 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1818  RND family efflux transporter MFP subunit  24.93 
 
 		 352 aa  80.1  0.00000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000224471  normal  0.900766 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>