More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3605 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3605  secretion protein HlyD  100 
 
 		 300 aa  588  1e-167  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.550781  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3039  secretion protein HlyD  80.27 
 
 		 301 aa  451  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4685  secretion protein HlyD  65.96 
 
 		 312 aa  343  2e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.543199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0549  hypothetical protein  64.62 
 
 		 296 aa  327  1.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1002  secretion protein HlyD  61.56 
 
 		 307 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.677003  normal  0.658036 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0890  secretion protein HlyD  60.07 
 
 		 306 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.459513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  61.63 
 
 		 298 aa  288  1e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0091  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.91 
 
 		 306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.718467 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0918  RND family efflux transporter MFP subunit  44.36 
 
 		 302 aa  195  8.000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.523672  normal  0.981132 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1328  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.08 
 
 		 297 aa  188  1e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3611  secretion protein HlyD  40.07 
 
 		 295 aa  168  1e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.711693  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3030  secretion protein HlyD  38.64 
 
 		 306 aa  162  6e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0446257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0556  HlyD family secretion protein  35.76 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.230089 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0895  secretion protein HlyD  40.08 
 
 		 322 aa  158  8e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0908  HlyD family secretion protein  36.86 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0886  secretion protein HlyD  40.48 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.795308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1007  secretion protein HlyD  39.76 
 
 		 317 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163323  normal  0.0478945 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5160  secretion protein HlyD  36.21 
 
 		 295 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1337  HlyD family secretion protein  38.19 
 
 		 293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.54 
 
 		 396 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.54 
 
 		 396 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  40.11 
 
 		 408 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.43 
 
 		 351 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  39.57 
 
 		 385 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.85 
 
 		 414 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  41.62 
 
 		 402 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316668 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.62 
 
 		 396 aa  132  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.167372 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4289  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.62 
 
 		 402 aa  132  5e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0321009 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3044  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.54 
 
 		 396 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  38.92 
 
 		 378 aa  130  4.0000000000000003e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1373  RND family efflux transporter MFP subunit  39.13 
 
 		 409 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000149577 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  39.47 
 
 		 427 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  38.92 
 
 		 395 aa  122  6e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.25 
 
 		 413 aa  122  8e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.5 
 
 		 413 aa  122  9e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  38.71 
 
 		 413 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3888  Fis family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 389 aa  118  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0700006  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  35.45 
 
 		 391 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1504  RND family efflux transporter MFP subunit  39.68 
 
 		 397 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583737 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1439  RND family efflux transporter MFP subunit  37.88 
 
 		 390 aa  109  6e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2854  cation efflux transporter  37.37 
 
 		 386 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.405755  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  37.63 
 
 		 426 aa  106  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4022  RND family efflux transporter MFP subunit  31.05 
 
 		 390 aa  88.6  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3372  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.53 
 
 		 390 aa  82.8  0.000000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0461986  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  30.05 
 
 		 394 aa  82.4  0.000000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4544  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.91 
 
 		 379 aa  77  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.80936 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3472  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.91 
 
 		 379 aa  77  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000321827  normal  0.111591 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4105  secretion protein HlyD  30.2 
 
 		 383 aa  76.6  0.0000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0739298  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  27.08 
 
 		 392 aa  76.3  0.0000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  29.84 
 
 		 391 aa  75.1  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0040  secretion protein HlyD  31.84 
 
 		 389 aa  74.3  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  31.31 
 
 		 386 aa  74.3  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0807  RND family efflux transporter MFP subunit  30.53 
 
 		 358 aa  72.8  0.000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.347683 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0471  secretion protein HlyD  30.73 
 
 		 404 aa  72.4  0.000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4745  RND family efflux transporter MFP subunit  29.85 
 
 		 393 aa  70.1  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.19985 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3901  RND family efflux transporter MFP subunit  27.37 
 
 		 396 aa  69.7  0.00000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.11743 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2411  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.27 
 
 		 410 aa  68.9  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.733291  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  29.17 
 
 		 366 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  31.34 
 
 		 380 aa  66.6  0.0000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  29.1 
 
 		 366 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.1 
 
 		 366 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5660  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.64 
 
 		 371 aa  65.1  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.852771  normal  0.84907 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  34.2 
 
 		 347 aa  65.1  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2377  RND family efflux transporter MFP subunit  29.3 
 
 		 609 aa  65.5  0.000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.40782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0458  secretion protein HlyD  28.04 
 
 		 378 aa  64.7  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  26.18 
 
 		 363 aa  63.5  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.35 
 
 		 380 aa  63.5  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  29.83 
 
 		 367 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4592  RND family efflux transporter MFP subunit  33.55 
 
 		 477 aa  62.4  0.000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.246658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0764  RND family efflux transporter MFP subunit  29.65 
 
 		 385 aa  62.8  0.000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 366 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01779  transporter lipoprotein transmembrane  30 
 
 		 1405 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  27.96 
 
 		 366 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3130  secretion protein HlyD  29.28 
 
 		 473 aa  60.8  0.00000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.308652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  26.02 
 
 		 367 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.02 
 
 		 367 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  29.41 
 
 		 361 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.86 
 
 		 379 aa  59.7  0.00000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.37 
 
 		 357 aa  59.3  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03087  putative cation-efflux system signal peptide protein  32.2 
 
 		 375 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.297372 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3965  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 362 aa  58.5  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000185194 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3686  RND family efflux transporter MFP subunit  31.11 
 
 		 440 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3973  RND family efflux transporter MFP subunit  28.73 
 
 		 473 aa  58.5  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.181102 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  30.46 
 
 		 371 aa  58.2  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1817  secretion protein HlyD  27.27 
 
 		 405 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00656691  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5381  RND family efflux transporter MFP subunit  29.05 
 
 		 364 aa  58.2  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.996751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.25 
 
 		 508 aa  57.4  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.590428 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  28.88 
 
 		 369 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2263  heavy metal efflux pump membrane fusion protein, putative  31.25 
 
 		 422 aa  57  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.74 
 
 		 376 aa  57  0.0000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7484  HlyD family secretion protein  25.13 
 
 		 351 aa  57  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.832684  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  28.34 
 
 		 364 aa  56.6  0.0000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  28.36 
 
 		 354 aa  57  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4041  hypothetical protein  24.53 
 
 		 366 aa  56.6  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_003296  RS02378  cation transporter transmembrane protein  27.19 
 
 		 382 aa  56.2  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.571869  normal  0.441465 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2621  secretion protein HlyD  29.51 
 
 		 367 aa  56.2  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.28 
 
 		 383 aa  56.2  0.0000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  28.29 
 
 		 358 aa  56.2  0.0000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  28.29 
 
 		 358 aa  55.8  0.0000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3253  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.93 
 
 		 496 aa  55.8  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>