More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1893 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 351 aa  678    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1337  HlyD family secretion protein  39.78 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3611  secretion protein HlyD  41.79 
 
 		 295 aa  195  8.000000000000001e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.711693  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3030  secretion protein HlyD  42.7 
 
 		 306 aa  195  1e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0446257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1007  secretion protein HlyD  39.34 
 
 		 317 aa  190  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163323  normal  0.0478945 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0908  HlyD family secretion protein  40.23 
 
 		 300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0895  secretion protein HlyD  38.58 
 
 		 322 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5160  secretion protein HlyD  38.17 
 
 		 295 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0556  HlyD family secretion protein  36.39 
 
 		 308 aa  175  9e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.230089 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0886  secretion protein HlyD  38.27 
 
 		 306 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.795308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0091  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.57 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.718467 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1002  secretion protein HlyD  36.31 
 
 		 307 aa  158  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.677003  normal  0.658036 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0549  hypothetical protein  36.36 
 
 		 296 aa  150  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4685  secretion protein HlyD  35.79 
 
 		 312 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.543199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0890  secretion protein HlyD  35.1 
 
 		 306 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.459513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.04 
 
 		 298 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3039  secretion protein HlyD  35.02 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1328  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.45 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3605  secretion protein HlyD  32.66 
 
 		 300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.550781  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0918  RND family efflux transporter MFP subunit  33.92 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.523672  normal  0.981132 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3044  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.25 
 
 		 396 aa  123  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  38.25 
 
 		 427 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.07 
 
 		 396 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.167372 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.42 
 
 		 396 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.42 
 
 		 396 aa  116  5e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  38.92 
 
 		 402 aa  116  5e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316668 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  39.47 
 
 		 385 aa  116  6e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.38 
 
 		 414 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  38.42 
 
 		 408 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4289  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.38 
 
 		 402 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0321009 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.74 
 
 		 413 aa  107  4e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  34.74 
 
 		 413 aa  105  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.21 
 
 		 413 aa  104  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1373  RND family efflux transporter MFP subunit  34.97 
 
 		 409 aa  100  4e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000149577 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  35.48 
 
 		 391 aa  99.8  6e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  36.76 
 
 		 426 aa  99.8  6e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1504  RND family efflux transporter MFP subunit  36.81 
 
 		 397 aa  95.5  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583737 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  33.15 
 
 		 378 aa  95.1  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3888  Fis family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 389 aa  91.7  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0700006  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1439  RND family efflux transporter MFP subunit  36.26 
 
 		 390 aa  88.2  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2854  cation efflux transporter  35.16 
 
 		 386 aa  86.7  6e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.405755  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  29.85 
 
 		 347 aa  83.6  0.000000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  35.36 
 
 		 363 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  29.51 
 
 		 395 aa  81.3  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1447  RND family efflux transporter MFP subunit  30.51 
 
 		 337 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000819965  unclonable  0.000000000091848 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0807  RND family efflux transporter MFP subunit  32.61 
 
 		 358 aa  78.2  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.347683 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1394  RND family efflux transporter MFP subunit  30.51 
 
 		 337 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000175067  unclonable  0.0000000000192575 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3102  AcrA/AcrE family protein  30.99 
 
 		 337 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1459  RND family efflux transporter MFP subunit  29.94 
 
 		 337 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000143957  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00705  cation efflux system protein  32.78 
 
 		 371 aa  73.9  0.000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333087  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4745  RND family efflux transporter MFP subunit  33.68 
 
 		 393 aa  73.2  0.000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.19985 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2377  RND family efflux transporter MFP subunit  31.96 
 
 		 609 aa  73.2  0.000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.40782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1615  RND family efflux transporter MFP subunit  29.55 
 
 		 347 aa  72  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000338384  decreased coverage  0.00000142207 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3901  RND family efflux transporter MFP subunit  31.77 
 
 		 396 aa  72  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.11743 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0764  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 385 aa  70.9  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  28.87 
 
 		 361 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2473  RND family efflux transporter MFP subunit  29.94 
 
 		 340 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000483953  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  30.69 
 
 		 392 aa  68.6  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2074  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  29.55 
 
 		 322 aa  67.4  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02155  putative transport transmembrane protein  28.5 
 
 		 421 aa  67  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.58284 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.73 
 
 		 337 aa  67  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000223326  hitchhiker  0.000000000135699 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2869  RND family efflux transporter MFP subunit  30.73 
 
 		 337 aa  67  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000418866  normal  0.697235 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  28.35 
 
 		 369 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  29.02 
 
 		 410 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2794  RND family efflux transporter MFP subunit  30.73 
 
 		 337 aa  65.5  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190782  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  28.87 
 
 		 369 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2064  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  28.18 
 
 		 322 aa  65.5  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2439  RND family efflux transporter MFP subunit  26.19 
 
 		 338 aa  65.5  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000111994  hitchhiker  0.00120392 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0040  secretion protein HlyD  30.16 
 
 		 389 aa  65.1  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2774  RND family efflux transporter MFP subunit  32.87 
 
 		 337 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000348854  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  28.35 
 
 		 369 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  28.35 
 
 		 369 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0458  secretion protein HlyD  32.4 
 
 		 378 aa  63.9  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3686  RND family efflux transporter MFP subunit  27.87 
 
 		 440 aa  63.5  0.000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98045  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2352  chemiosmotic efflux system C protein B  28.18 
 
 		 322 aa  62  0.00000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  29.83 
 
 		 386 aa  62.8  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0708  secretion protein HlyD  29.57 
 
 		 381 aa  62  0.00000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.769717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  28.57 
 
 		 451 aa  62.8  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  33.7 
 
 		 391 aa  61.6  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  31.91 
 
 		 367 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  26.29 
 
 		 362 aa  61.6  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000256578  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 		 407 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0471  secretion protein HlyD  33.69 
 
 		 404 aa  62  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  24.93 
 
 		 354 aa  60.8  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  31.91 
 
 		 366 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.02 
 
 		 383 aa  60.5  0.00000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  31.38 
 
 		 367 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  29.79 
 
 		 366 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3081  RND family efflux transporter MFP subunit  31.15 
 
 		 371 aa  59.3  0.00000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2353  RND family efflux transporter MFP subunit  29.44 
 
 		 442 aa  58.5  0.0000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  26.8 
 
 		 396 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2383  RND family efflux transporter MFP subunit  33.88 
 
 		 530 aa  58.5  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.182874  normal  0.0987183 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2411  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.92 
 
 		 410 aa  58.5  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.733291  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.75 
 
 		 379 aa  58.5  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.33 
 
 		 372 aa  57.8  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3820  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 437 aa  57.4  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4897  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 437 aa  57.4  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.51776 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.78 
 
 		 376 aa  56.6  0.0000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0692  secretion protein HlyD  33.79 
 
 		 412 aa  56.6  0.0000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000417324  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4105  secretion protein HlyD  30 
 
 		 383 aa  56.6  0.0000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0739298  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>