More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1394 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3102  AcrA/AcrE family protein  92.28 
 
 		 337 aa  634    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1394  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 337 aa  680    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000175067  unclonable  0.0000000000192575 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1447  RND family efflux transporter MFP subunit  98.81 
 
 		 337 aa  674    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000819965  unclonable  0.000000000091848 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1459  RND family efflux transporter MFP subunit  99.11 
 
 		 337 aa  676    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000143957  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  86.35 
 
 		 337 aa  593  1e-168  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000223326  hitchhiker  0.000000000135699 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2869  RND family efflux transporter MFP subunit  86.05 
 
 		 337 aa  589  1e-167  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000418866  normal  0.697235 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2794  RND family efflux transporter MFP subunit  85.76 
 
 		 337 aa  590  1e-167  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190782  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2774  RND family efflux transporter MFP subunit  85.46 
 
 		 337 aa  587  1e-166  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000348854  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2473  RND family efflux transporter MFP subunit  82.09 
 
 		 340 aa  560  1.0000000000000001e-159  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000483953  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1615  RND family efflux transporter MFP subunit  66.67 
 
 		 347 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000338384  decreased coverage  0.00000142207 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  63.38 
 
 		 362 aa  385  1e-106  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000256578  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2439  RND family efflux transporter MFP subunit  59.94 
 
 		 338 aa  382  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000111994  hitchhiker  0.00120392 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2181  AcrA/AcrE family protein  57.98 
 
 		 331 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000164809  normal  0.0114896 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0664  RND family efflux transporter MFP subunit  50.65 
 
 		 342 aa  324  2e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.295272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2688  RND family efflux transporter MFP subunit  49.43 
 
 		 353 aa  322  5e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000261317  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1413  secretion protein HlyD  48.48 
 
 		 380 aa  290  3e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000766158  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0583  HlyD family secretion protein  43.29 
 
 		 334 aa  251  1e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.95 
 
 		 349 aa  228  2e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.44 
 
 		 354 aa  205  9e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1818  RND family efflux transporter MFP subunit  36.25 
 
 		 352 aa  202  5e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000224471  normal  0.900766 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2396  secretion protein HlyD  38.58 
 
 		 346 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0980  RND family efflux transporter MFP subunit  38.7 
 
 		 361 aa  192  6e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233971 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3743  RND family efflux transporter MFP subunit  35.24 
 
 		 374 aa  151  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0059  RND family efflux transporter MFP subunit  31.51 
 
 		 411 aa  134  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32 
 
 		 358 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2827  RND family efflux transporter MFP subunit  31.85 
 
 		 352 aa  129  5.0000000000000004e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00918161  hitchhiker  0.00100699 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3761  secretion protein HlyD  31.8 
 
 		 364 aa  124  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3344  secretion protein HlyD  30.12 
 
 		 333 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.144623 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.52 
 
 		 360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.52 
 
 		 360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  27.27 
 
 		 373 aa  110  3e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1234  RND family efflux transporter MFP subunit  27.37 
 
 		 359 aa  109  5e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0392  RND family efflux transporter MFP subunit  30.67 
 
 		 370 aa  104  3e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2781  RND family efflux transporter MFP subunit  29.06 
 
 		 364 aa  101  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.03 
 
 		 377 aa  99.8  7e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3936  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.92 
 
 		 365 aa  99.8  7e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117548 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2543  secretion protein HlyD  26.63 
 
 		 471 aa  98.6  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.467529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.92 
 
 		 365 aa  99  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.27 
 
 		 388 aa  98.2  2e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  27.18 
 
 		 356 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0746  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  25.77 
 
 		 366 aa  97.4  3e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339879  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.55 
 
 		 384 aa  97.1  4e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.94 
 
 		 360 aa  97.1  4e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.71 
 
 		 377 aa  96.7  5e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4709  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.51 
 
 		 383 aa  96.7  5e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3214  putative efflux protein  27.13 
 
 		 367 aa  95.9  8e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2153  HlyD family secretion protein  27.43 
 
 		 359 aa  94.4  2e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0031  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.39 
 
 		 392 aa  95.1  2e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000323168  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  29.45 
 
 		 381 aa  94.4  3e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  26.99 
 
 		 351 aa  94  4e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  26.99 
 
 		 351 aa  93.6  4e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.48 
 
 		 356 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0827  RND family efflux transporter MFP subunit  27.59 
 
 		 374 aa  93.2  6e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.308781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4340  RND family efflux transporter MFP subunit  30.45 
 
 		 387 aa  92.8  7e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.625227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  28.21 
 
 		 364 aa  92  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  29.57 
 
 		 386 aa  91.7  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  29.57 
 
 		 381 aa  90.9  3e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  26.67 
 
 		 472 aa  90.9  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  26.67 
 
 		 478 aa  90.9  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.57 
 
 		 381 aa  90.9  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  26.67 
 
 		 478 aa  90.9  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  25.61 
 
 		 410 aa  90.1  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  27.36 
 
 		 451 aa  90.5  4e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  28.72 
 
 		 379 aa  90.1  4e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3414  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.42 
 
 		 1462 aa  90.1  5e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1389  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.52 
 
 		 374 aa  90.1  5e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  27.07 
 
 		 371 aa  89.7  6e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.84 
 
 		 381 aa  89.4  8e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  26.75 
 
 		 417 aa  89.4  8e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1311  HlyD family secretion protein  25.73 
 
 		 357 aa  89.4  8e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1776  CmeA  25.68 
 
 		 379 aa  87.8  2e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000125677  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.41 
 
 		 376 aa  87.8  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0078  hypothetical protein  24.58 
 
 		 381 aa  87.4  3e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2953  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.85 
 
 		 425 aa  87  4e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.104314 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4651  RND family efflux transporter MFP subunit  28.96 
 
 		 402 aa  87  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.611035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  25.71 
 
 		 390 aa  87  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.81 
 
 		 402 aa  87  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  25.5 
 
 		 435 aa  87  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.497794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3911  multidrug efflux system protein MdtE  26.33 
 
 		 385 aa  87  5e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03361  multidrug resistance efflux transporter  26 
 
 		 385 aa  85.9  9e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0200  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26 
 
 		 385 aa  85.9  9e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3715  multidrug efflux system protein MdtE  26 
 
 		 385 aa  85.9  9e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00203932  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3816  multidrug efflux system protein MdtE  26 
 
 		 385 aa  85.9  9e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3999  multidrug efflux system protein MdtE  26 
 
 		 385 aa  85.9  9e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03314  hypothetical protein  26 
 
 		 385 aa  85.9  9e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0204  multidrug efflux system protein MdtE  26 
 
 		 385 aa  85.9  9e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0378135 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  25.38 
 
 		 402 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  28.17 
 
 		 348 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.22 
 
 		 402 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.76 
 
 		 397 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4873  multidrug efflux system protein MdtE  26 
 
 		 385 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5082  RND family efflux transporter MFP subunit  25.97 
 
 		 362 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.117888  normal  0.241341 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  28.48 
 
 		 367 aa  85.1  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0109  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.85 
 
 		 360 aa  85.1  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0110  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.85 
 
 		 360 aa  85.1  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  30.81 
 
 		 505 aa  84.7  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5985  RND family efflux transporter MFP subunit  26.88 
 
 		 455 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3410  secretion protein HlyD  28.87 
 
 		 357 aa  84  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.795724  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  30.19 
 
 		 428 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5741  RND family efflux transporter MFP subunit  26.44 
 
 		 455 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814041  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>