More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0895 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0895  secretion protein HlyD  100 
 
 		 322 aa  627  1e-179  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1007  secretion protein HlyD  80.12 
 
 		 317 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163323  normal  0.0478945 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5160  secretion protein HlyD  69.93 
 
 		 295 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3030  secretion protein HlyD  62.95 
 
 		 306 aa  357  9.999999999999999e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0446257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0886  secretion protein HlyD  69.02 
 
 		 306 aa  355  7.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.795308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3611  secretion protein HlyD  63.89 
 
 		 295 aa  354  1e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.711693  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0556  HlyD family secretion protein  57 
 
 		 308 aa  338  9e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.230089 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1337  HlyD family secretion protein  43.03 
 
 		 293 aa  170  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.96 
 
 		 351 aa  170  3e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0908  HlyD family secretion protein  42.69 
 
 		 300 aa  170  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3039  secretion protein HlyD  40.14 
 
 		 301 aa  158  2e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3605  secretion protein HlyD  40.14 
 
 		 300 aa  152  7e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.550781  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0549  hypothetical protein  40.32 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0091  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.98 
 
 		 306 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.718467 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0918  RND family efflux transporter MFP subunit  35.06 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.523672  normal  0.981132 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0890  secretion protein HlyD  33.9 
 
 		 306 aa  135  9e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.459513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.6 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1002  secretion protein HlyD  35.64 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.677003  normal  0.658036 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1328  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.33 
 
 		 297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  40.44 
 
 		 427 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4685  secretion protein HlyD  38.02 
 
 		 312 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.543199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.49 
 
 		 414 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  40.96 
 
 		 385 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  41.49 
 
 		 408 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.71 
 
 		 396 aa  126  6e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.71 
 
 		 396 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  38.66 
 
 		 402 aa  123  5e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316668 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4289  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.66 
 
 		 402 aa  122  6e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0321009 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.17 
 
 		 413 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  38.17 
 
 		 413 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.17 
 
 		 413 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1373  RND family efflux transporter MFP subunit  35.87 
 
 		 409 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000149577 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  32.44 
 
 		 378 aa  96.3  6e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  31.96 
 
 		 395 aa  91.7  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.26 
 
 		 396 aa  91.3  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.167372 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3044  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.7 
 
 		 396 aa  89.4  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  35.68 
 
 		 426 aa  89  9e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3888  Fis family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 389 aa  87  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0700006  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  29.03 
 
 		 391 aa  80.5  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  32.79 
 
 		 391 aa  78.6  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4745  RND family efflux transporter MFP subunit  32.8 
 
 		 393 aa  73.9  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.19985 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0807  RND family efflux transporter MFP subunit  33.51 
 
 		 358 aa  73.2  0.000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.347683 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1439  RND family efflux transporter MFP subunit  29.38 
 
 		 390 aa  71.6  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2854  cation efflux transporter  30.19 
 
 		 386 aa  71.6  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.405755  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1504  RND family efflux transporter MFP subunit  28.44 
 
 		 397 aa  70.9  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583737 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00705  cation efflux system protein  32.6 
 
 		 371 aa  69.3  0.00000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333087  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  28.62 
 
 		 347 aa  68.6  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02378  cation transporter transmembrane protein  31.11 
 
 		 382 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.571869  normal  0.441465 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  29.61 
 
 		 394 aa  68.6  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0471  secretion protein HlyD  31.75 
 
 		 404 aa  67.4  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  28.42 
 
 		 386 aa  66.6  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  28.57 
 
 		 405 aa  66.6  0.0000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.42 
 
 		 509 aa  66.2  0.0000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00959096  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  29.19 
 
 		 350 aa  66.2  0.0000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2074  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  30 
 
 		 322 aa  65.9  0.0000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.96 
 
 		 497 aa  65.9  0.0000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  32.98 
 
 		 537 aa  65.5  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2519  secretion protein HlyD  32.02 
 
 		 382 aa  65.5  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000015375  normal  0.24357 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2352  chemiosmotic efflux system C protein B  29.76 
 
 		 322 aa  64.3  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.16 
 
 		 387 aa  64.3  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  33.14 
 
 		 538 aa  63.5  0.000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1549  RND family efflux transporter MFP subunit  30.81 
 
 		 402 aa  63.5  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.56 
 
 		 537 aa  63.5  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4041  hypothetical protein  31.62 
 
 		 366 aa  62.8  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  24.27 
 
 		 392 aa  62.4  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  30.81 
 
 		 358 aa  62.4  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7484  HlyD family secretion protein  24.04 
 
 		 351 aa  61.2  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.832684  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0816  RND family efflux transporter MFP subunit  29.88 
 
 		 385 aa  61.2  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3760  secretion protein HlyD  28.48 
 
 		 362 aa  60.5  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.196565 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0040  secretion protein HlyD  29.15 
 
 		 389 aa  60.5  0.00000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.42 
 
 		 460 aa  60.5  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2377  RND family efflux transporter MFP subunit  29.53 
 
 		 609 aa  60.5  0.00000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.40782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  27.75 
 
 		 491 aa  59.3  0.00000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  32.46 
 
 		 546 aa  59.3  0.00000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.84 
 
 		 357 aa  58.5  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.09 
 
 		 379 aa  58.9  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2064  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  28.8 
 
 		 322 aa  57.8  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  30.94 
 
 		 363 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0791  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.72 
 
 		 373 aa  58.5  0.0000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2393  RND family efflux transporter MFP subunit  30.23 
 
 		 525 aa  58.5  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0458  secretion protein HlyD  28.49 
 
 		 378 aa  57.4  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.93 
 
 		 376 aa  57.4  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.32 
 
 		 497 aa  57  0.0000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4105  secretion protein HlyD  27.93 
 
 		 383 aa  57  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0739298  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3837  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmvB  26.79 
 
 		 405 aa  57  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1713  multidrug resistance efflux pump-like protein  25.98 
 
 		 392 aa  57  0.0000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.254154  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3130  secretion protein HlyD  32.61 
 
 		 473 aa  56.6  0.0000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.308652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.18 
 
 		 354 aa  56.2  0.0000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.43 
 
 		 363 aa  56.2  0.0000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.43 
 
 		 363 aa  56.2  0.0000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2514  acriflavin resistance protein B  27.17 
 
 		 371 aa  55.8  0.0000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.825279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7182  putative cation efflux system protein czcB  29.75 
 
 		 330 aa  55.1  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.454767  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.61 
 
 		 379 aa  55.5  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  30.6 
 
 		 468 aa  55.5  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3901  RND family efflux transporter MFP subunit  25.84 
 
 		 396 aa  55.5  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.11743 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.86 
 
 		 456 aa  55.1  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.42 
 
 		 465 aa  55.1  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3973  RND family efflux transporter MFP subunit  33.15 
 
 		 473 aa  55.1  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.181102 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  29.83 
 
 		 399 aa  54.7  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1762  RND family efflux transporter MFP subunit  27.36 
 
 		 421 aa  54.3  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0464275  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>