More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_1128 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 
354 aa  693    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  56.93 
 
 
349 aa  364  1e-99  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1818  RND family efflux transporter MFP subunit  44.56 
 
 
352 aa  250  3e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000224471  normal  0.900766 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0980  RND family efflux transporter MFP subunit  43.85 
 
 
361 aa  248  1e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.233971 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0664  RND family efflux transporter MFP subunit  38.49 
 
 
342 aa  239  5.999999999999999e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.295272  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2439  RND family efflux transporter MFP subunit  37.17 
 
 
338 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000111994  hitchhiker  0.00120392 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2473  RND family efflux transporter MFP subunit  39.62 
 
 
340 aa  228  2e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000483953  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1615  RND family efflux transporter MFP subunit  39.12 
 
 
347 aa  224  2e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000338384  decreased coverage  0.00000142207 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3102  AcrA/AcrE family protein  40.51 
 
 
337 aa  223  3e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1394  RND family efflux transporter MFP subunit  39.44 
 
 
337 aa  223  6e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000175067  unclonable  0.0000000000192575 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2794  RND family efflux transporter MFP subunit  39.05 
 
 
337 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190782  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  37.75 
 
 
362 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000256578  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.05 
 
 
337 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000223326  hitchhiker  0.000000000135699 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2774  RND family efflux transporter MFP subunit  39.37 
 
 
337 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000348854  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1447  RND family efflux transporter MFP subunit  39.13 
 
 
337 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000819965  unclonable  0.000000000091848 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2869  RND family efflux transporter MFP subunit  39.05 
 
 
337 aa  220  3e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000418866  normal  0.697235 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1459  RND family efflux transporter MFP subunit  39.13 
 
 
337 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000143957  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0583  HlyD family secretion protein  38.55 
 
 
334 aa  211  2e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2181  AcrA/AcrE family protein  38.36 
 
 
331 aa  203  3e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000164809  normal  0.0114896 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2396  secretion protein HlyD  38.19 
 
 
346 aa  200  3.9999999999999996e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2688  RND family efflux transporter MFP subunit  33.82 
 
 
353 aa  194  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000261317  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1413  secretion protein HlyD  34.31 
 
 
380 aa  176  7e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000766158  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2827  RND family efflux transporter MFP subunit  36.21 
 
 
352 aa  168  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00918161  hitchhiker  0.00100699 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.45 
 
 
358 aa  166  8e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0059  RND family efflux transporter MFP subunit  34.93 
 
 
411 aa  162  9e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3344  secretion protein HlyD  36.5 
 
 
333 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.144623 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3761  secretion protein HlyD  35.43 
 
 
364 aa  146  5e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.07 
 
 
360 aa  140  4.999999999999999e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.07 
 
 
360 aa  140  4.999999999999999e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000105  membrane-fusion protein  30.58 
 
 
351 aa  139  7.999999999999999e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.860226  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  27.02 
 
 
373 aa  136  7.000000000000001e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0392  RND family efflux transporter MFP subunit  37.39 
 
 
370 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  36.02 
 
 
371 aa  125  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1392  RND efflux system membrane fusion protein  30.84 
 
 
419 aa  122  8e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0449025  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.62 
 
 
455 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.755082  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0206  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.67 
 
 
386 aa  119  6e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3248  RND family efflux transporter MFP subunit  26.96 
 
 
375 aa  119  6e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000122145  hitchhiker  0.000539204 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.69 
 
 
388 aa  119  9e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2431  RND family efflux transporter MFP subunit  30.96 
 
 
435 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0638771  normal  0.904192 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  30.49 
 
 
356 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.46 
 
 
365 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.46 
 
 
377 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.82 
 
 
442 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  28.88 
 
 
379 aa  117  3.9999999999999997e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0549  secretion protein HlyD  31.37 
 
 
407 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3743  RND family efflux transporter MFP subunit  30.65 
 
 
374 aa  117  3.9999999999999997e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  30.49 
 
 
356 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.7 
 
 
397 aa  116  6e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.28 
 
 
376 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4180  RND family efflux transporter MFP subunit  30.13 
 
 
366 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.249201  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3936  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.01 
 
 
365 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117548 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5559  secretion protein HlyD  30.45 
 
 
366 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4858  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.35 
 
 
388 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.345614 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  30.16 
 
 
370 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  27.99 
 
 
407 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  29.52 
 
 
472 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.84 
 
 
377 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.07 
 
 
360 aa  112  8.000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0827  RND family efflux transporter MFP subunit  34.34 
 
 
374 aa  112  9e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.308781  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2153  HlyD family secretion protein  35.61 
 
 
359 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  28.19 
 
 
422 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  29.25 
 
 
478 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  29.25 
 
 
478 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1234  RND family efflux transporter MFP subunit  26.3 
 
 
359 aa  111  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32 
 
 
368 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4313  RND family efflux transporter MFP subunit  33.77 
 
 
409 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.583259 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45910  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  32.17 
 
 
385 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.170535  normal  0.980017 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.36 
 
 
407 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4341  RND family efflux transporter MFP subunit  31.02 
 
 
394 aa  110  3e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  30.64 
 
 
376 aa  110  3e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  28.29 
 
 
410 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5985  RND family efflux transporter MFP subunit  29.41 
 
 
455 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01940  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  30.72 
 
 
383 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.34804 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4710  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.69 
 
 
383 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.967203  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1955  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.44 
 
 
400 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159137  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5741  RND family efflux transporter MFP subunit  29.12 
 
 
455 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814041  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  29.9 
 
 
424 aa  106  5e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  24.02 
 
 
376 aa  106  6e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0234  RND efflux membrane fusion protein precursor  29.79 
 
 
367 aa  106  7e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.85 
 
 
360 aa  105  9e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  27.85 
 
 
360 aa  105  9e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  27.85 
 
 
360 aa  105  9e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2584  CzcB subfamily membrane fusion protein  26.01 
 
 
409 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  26.3 
 
 
354 aa  105  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03344  acriflavin resistance protein  28.7 
 
 
417 aa  105  2e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1309  efflux protein  29.45 
 
 
364 aa  104  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1749  secretion protein HlyD  27.01 
 
 
398 aa  105  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.145441 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  27.3 
 
 
426 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2322  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.27 
 
 
371 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0437768 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1924  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.39 
 
 
352 aa  104  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.896235 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.3 
 
 
354 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  30.91 
 
 
421 aa  103  3e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  26.3 
 
 
354 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  27.85 
 
 
360 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  27.34 
 
 
361 aa  104  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  26.55 
 
 
360 aa  103  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  27.3 
 
 
426 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7211  RND family efflux transporter MFP subunit  30.03 
 
 
419 aa  103  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00182  acriflavine resistance protein a precursor  27.42 
 
 
381 aa  103  5e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  32.29 
 
 
392 aa  103  6e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>