More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1762 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1762  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 421 aa  828    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0464275  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0468  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.29 
 
 		 445 aa  279  7e-74  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2586  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.5 
 
 		 388 aa  133  5e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000121955  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1550  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.25 
 
 		 413 aa  117  3e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0505882  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.35 
 
 		 377 aa  116  6e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.37 
 
 		 448 aa  114  3e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1571  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.17 
 
 		 435 aa  114  5e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.334008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1759  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.17 
 
 		 457 aa  110  7.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.9 
 
 		 391 aa  107  4e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.035635  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.59 
 
 		 397 aa  107  5e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  28.57 
 
 		 399 aa  102  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  24.08 
 
 		 376 aa  101  3e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2082  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.75 
 
 		 416 aa  100  5e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2920  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.06 
 
 		 505 aa  100  7e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.214189 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2872  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.1 
 
 		 387 aa  95.9  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0801  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.32 
 
 		 403 aa  94.4  3e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02540  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.42 
 
 		 481 aa  94.7  3e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0229793  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1713  multidrug resistance efflux pump-like protein  25.07 
 
 		 392 aa  94.7  3e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.254154  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2072  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.6 
 
 		 379 aa  93.6  6e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2355  secretion protein HlyD  27.2 
 
 		 509 aa  92.8  9e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0694634 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.19 
 
 		 409 aa  92.4  1e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  29.1 
 
 		 400 aa  92.8  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0080  RND family efflux transporter MFP subunit  23.28 
 
 		 414 aa  89.7  9e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.95759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.68 
 
 		 432 aa  89.4  1e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1830  secretion protein HlyD  23.15 
 
 		 449 aa  89.4  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2456  hypothetical protein  26.46 
 
 		 431 aa  89  1e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60760  hypothetical protein  26.09 
 
 		 425 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0695  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.65 
 
 		 353 aa  88.2  2e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5197  hypothetical protein  23.23 
 
 		 411 aa  88.6  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0742487 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.08 
 
 		 421 aa  88.2  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.08 
 
 		 421 aa  88.6  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.79 
 
 		 500 aa  87.8  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2149  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.06 
 
 		 409 aa  87.4  4e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.111795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3461  secretion protein HlyD  26.11 
 
 		 384 aa  86.3  9e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2617  secretion protein HlyD  26.1 
 
 		 385 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000106145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5231  HlyD family secretion protein  24.44 
 
 		 426 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  23.61 
 
 		 421 aa  84.3  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.64 
 
 		 471 aa  84.7  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0228  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.59 
 
 		 465 aa  84  0.000000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.8 
 
 		 383 aa  83.6  0.000000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1497  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.56 
 
 		 407 aa  83.6  0.000000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.30393  hitchhiker  0.00778895 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1985  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.45 
 
 		 429 aa  83.2  0.000000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0635  macrolide-specific efflux protein macA  24.64 
 
 		 390 aa  83.2  0.000000000000009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0167041  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.22 
 
 		 416 aa  82.8  0.000000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1943  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.58 
 
 		 450 aa  82.8  0.000000000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1719  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.51 
 
 		 517 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0477  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4067  RND family efflux transporter MFP subunit  30.96 
 
 		 621 aa  82  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1080  MacA  24.65 
 
 		 394 aa  82  0.00000000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1203  RND family efflux transporter MFP subunit  30.61 
 
 		 621 aa  81.6  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.59 
 
 		 419 aa  81.3  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0208015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0659  secretion protein HlyD  24.6 
 
 		 335 aa  80.9  0.00000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0195539 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4678  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.81 
 
 		 442 aa  80.9  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00314415  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2831  syringolide efflux protein SyfC  23.5 
 
 		 383 aa  80.5  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.580145  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.78 
 
 		 419 aa  80.5  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.321445  normal  0.921537 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2543  secretion protein HlyD  25.56 
 
 		 471 aa  80.5  0.00000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.467529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  23.33 
 
 		 431 aa  80.5  0.00000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00603978  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3151  secretion protein HlyD family protein  25.59 
 
 		 533 aa  80.5  0.00000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3711  RND family efflux transporter MFP subunit  24.78 
 
 		 383 aa  80.1  0.00000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1672  RND family efflux transporter MFP subunit  25.61 
 
 		 429 aa  80.1  0.00000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0748  putative PAS/PAC sensor protein  24.35 
 
 		 607 aa  80.1  0.00000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3500  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.32 
 
 		 425 aa  79.7  0.00000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226045 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  25.45 
 
 		 364 aa  79.7  0.0000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  23.14 
 
 		 378 aa  79  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3707  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.06 
 
 		 354 aa  79.3  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.87 
 
 		 414 aa  79.3  0.0000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.02 
 
 		 419 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000305818 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2823  HlyD family secretion protein  27.01 
 
 		 329 aa  79  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0913  hypothetical protein  24.88 
 
 		 338 aa  78.6  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.47 
 
 		 419 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  23.22 
 
 		 384 aa  78.6  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2214  secretion protein HlyD  24.34 
 
 		 382 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000155205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1298  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.5 
 
 		 410 aa  78.2  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.61066  normal  0.83964 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0882  hypothetical protein  25.62 
 
 		 338 aa  77.4  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.26 
 
 		 380 aa  77.8  0.0000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0605754  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2740  secretion protein HlyD  33.99 
 
 		 462 aa  77  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.135625  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  26.02 
 
 		 390 aa  77  0.0000000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3233  RND family efflux transporter MFP subunit  24.94 
 
 		 405 aa  77.4  0.0000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000196171  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2865  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 478 aa  76.6  0.0000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0716848 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4521  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 379 aa  76.6  0.0000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  27.92 
 
 		 351 aa  76.3  0.0000000000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0725  HlyD family secretion protein  23.32 
 
 		 397 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.897812  normal  0.118835 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3235  secretion protein HlyD  25.41 
 
 		 391 aa  75.9  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0919  AcrA/AcrE family efflux protein  22.86 
 
 		 377 aa  75.5  0.000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0883  RND family efflux transporter MFP subunit  25.93 
 
 		 363 aa  75.9  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1685  RND family efflux transporter MFP subunit  22.38 
 
 		 387 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.11 
 
 		 356 aa  76.3  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 351 aa  75.1  0.000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1791  macrolide efflux protein MacA  24.02 
 
 		 420 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.23 
 
 		 453 aa  75.5  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68130  multidrug resistance protein  27.57 
 
 		 394 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00130699  normal  0.0310617 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2861  secretion protein HlyD  24.83 
 
 		 489 aa  74.7  0.000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515359  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4261  secretion protein HlyD family protein  26.37 
 
 		 347 aa  74.7  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.95 
 
 		 462 aa  74.3  0.000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000755017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3475  secretion protein HlyD-like protein  23.96 
 
 		 373 aa  74.7  0.000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.555415 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  25.17 
 
 		 360 aa  74.3  0.000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  24.88 
 
 		 372 aa  73.9  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1039  macrolide transporter subunit MacA  24.88 
 
 		 372 aa  73.9  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  27.8 
 
 		 368 aa  73.9  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2825  RND family efflux transporter subunit MFP  25.23 
 
 		 500 aa  73.6  0.000000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.708608  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0927  macrolide efflux protein MacA  24.77 
 
 		 399 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>