More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4941 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_4941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 
419 aa  855    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.321445  normal  0.921537 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  56.06 
 
 
416 aa  442  1e-123  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.24 
 
 
409 aa  330  3e-89  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  48.03 
 
 
390 aa  252  9.000000000000001e-66  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3595  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.59 
 
 
404 aa  239  6.999999999999999e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0852698  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0496  RND family efflux transporter MFP subunit  39.56 
 
 
402 aa  239  9e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3233  RND family efflux transporter MFP subunit  45.27 
 
 
405 aa  236  7e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000196171  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.76 
 
 
419 aa  231  3e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000305818 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3038  secretion protein HlyD  39.53 
 
 
403 aa  230  3e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167095  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.59 
 
 
419 aa  229  9e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  35.41 
 
 
455 aa  226  4e-58  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.384349  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1166  secretion protein HlyD  39.48 
 
 
412 aa  225  1e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.912906  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1129  RND family efflux transporter MFP subunit  45.08 
 
 
407 aa  217  2.9999999999999998e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  38.05 
 
 
493 aa  214  1.9999999999999998e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.787622 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  37.44 
 
 
413 aa  212  1e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0899354  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2777  RND family efflux transporter MFP subunit  36.71 
 
 
489 aa  207  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000975793  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3060  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.34 
 
 
424 aa  205  1e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3168  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.82 
 
 
430 aa  205  1e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.479459  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2041  secretion protein HlyD  37.38 
 
 
398 aa  204  2e-51  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2972  secretion protein HlyD  34.47 
 
 
429 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.37 
 
 
428 aa  202  9.999999999999999e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0365  membrane-fusion protein  39.62 
 
 
394 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2151  RND family efflux transporter MFP subunit  33.18 
 
 
471 aa  201  3e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.563694  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1814  RND family efflux transporter MFP subunit  32.91 
 
 
432 aa  199  9e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  33.17 
 
 
429 aa  197  2.0000000000000003e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1414  secretion protein HlyD  33.74 
 
 
430 aa  197  3e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1706  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.87 
 
 
430 aa  196  7e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353178  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.6 
 
 
430 aa  196  8.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3707  RND family efflux transporter MFP subunit  33.26 
 
 
437 aa  195  1e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00914113 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0102  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.6 
 
 
465 aa  191  2e-47  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2825  Fis family transcriptional regulator  36.72 
 
 
466 aa  187  4e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.506795  normal  0.45265 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3548  RND family efflux transporter MFP subunit  34.38 
 
 
442 aa  186  5e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489121  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.39 
 
 
466 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2811  RND family efflux transporter MFP subunit  30.79 
 
 
444 aa  185  2.0000000000000003e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3918  secretion protein HlyD  38.95 
 
 
433 aa  183  5.0000000000000004e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1726  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.77 
 
 
395 aa  179  8e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000359698  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3185  secretion protein HlyD  35 
 
 
446 aa  176  7e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3375  HlyD family membrane fusion protein  36.88 
 
 
425 aa  176  9e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3021  RND family efflux transporter MFP subunit  36.88 
 
 
418 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0354964  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3605  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.47 
 
 
429 aa  169  8e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0906  secretion protein HlyD  30.28 
 
 
449 aa  164  3e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.101628  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3864  ABC transporter related  36.57 
 
 
418 aa  164  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.606554  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  34.3 
 
 
384 aa  158  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0815  membrane-fusion protein  32.6 
 
 
434 aa  157  4e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2037  secretion protein HlyD  30.08 
 
 
446 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.35853  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0820  HlyD family secretion protein  29.26 
 
 
405 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1080  MacA  28.37 
 
 
394 aa  146  5e-34  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0800  RND family efflux transporter MFP subunit  30.75 
 
 
416 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000642362  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0832  RND family efflux transporter MFP subunit  30.75 
 
 
416 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000487508  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2355  secretion protein HlyD  29.3 
 
 
509 aa  144  2e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0694634 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  29.83 
 
 
409 aa  144  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000285815  normal  0.0164702 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1101  RND family efflux transporter MFP subunit  33.22 
 
 
414 aa  142  8e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.402678  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.5 
 
 
410 aa  142  8e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000019827  hitchhiker  0.00000000236896 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3536  RND family efflux transporter MFP subunit  30.25 
 
 
416 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0322  RND family efflux transporter MFP subunit  28.68 
 
 
353 aa  141  1.9999999999999998e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0619651 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3721  putative membrane-fusion protein  31.29 
 
 
569 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45383  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2920  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.39 
 
 
505 aa  139  1e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.214189 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  31.02 
 
 
400 aa  139  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3523  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.99 
 
 
438 aa  139  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.51854  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.83 
 
 
500 aa  137  5e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1259  RND family efflux transporter MFP subunit  30.77 
 
 
415 aa  135  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1857  secretion protein HlyD  31.38 
 
 
390 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.779454 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3171  RND family efflux transporter MFP subunit  28.15 
 
 
416 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000224755  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  31.15 
 
 
408 aa  133  5e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  31.15 
 
 
408 aa  133  5e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  30.13 
 
 
370 aa  133  6.999999999999999e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  30.13 
 
 
370 aa  133  6.999999999999999e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0607  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 
406 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0635  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 
406 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.320707  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1672  RND family efflux transporter MFP subunit  28.44 
 
 
429 aa  132  2.0000000000000002e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  29.87 
 
 
370 aa  132  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  28.25 
 
 
417 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6610  RND family efflux transporter MFP subunit  29.39 
 
 
394 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.260284  normal  0.566522 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1685  RND family efflux transporter MFP subunit  32.16 
 
 
387 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261181  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3282  RND family efflux transporter MFP subunit  30.39 
 
 
410 aa  127  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.617182 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1375  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.39 
 
 
401 aa  125  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3533  RND family efflux transporter MFP subunit  29.18 
 
 
409 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.722317 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3781  RND family efflux transporter MFP subunit  33.1 
 
 
407 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2938  RND family efflux transporter MFP subunit  29.11 
 
 
444 aa  125  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2146  RND family efflux transporter MFP subunit  31.18 
 
 
417 aa  124  3e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0449485  normal  0.0115764 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4209  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.1 
 
 
392 aa  123  6e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122721  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0096  putative macrolide-specific efflux protein MacA  31.35 
 
 
399 aa  123  6e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1340  secretion protein HlyD  27.73 
 
 
424 aa  123  7e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.68 
 
 
414 aa  123  8e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6201  putative accessory protein to ABC-type macrolide transport protein MacB  29.5 
 
 
430 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.655632  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2317  RND family efflux transporter MFP subunit  28.65 
 
 
393 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.788366  normal  0.425659 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3445  RND family efflux transporter MFP subunit  29.87 
 
 
401 aa  120  6e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.655677  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2452  RND family efflux transporter MFP subunit  29.16 
 
 
428 aa  120  6e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.591296 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33770  hypothetical protein  32.04 
 
 
391 aa  119  9e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.127582  hitchhiker  0.00383681 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1970  secretion protein HlyD  29.7 
 
 
390 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0699832  normal  0.38447 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0635  macrolide-specific efflux protein macA  31.97 
 
 
390 aa  117  3e-25  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0167041  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0770  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26 
 
 
399 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0433625  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2871  hypothetical protein  31.44 
 
 
391 aa  117  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.518674  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1007  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.59 
 
 
398 aa  116  6e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2116  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.94 
 
 
393 aa  116  6e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.419105  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1868  secretion protein HlyD  26.78 
 
 
405 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1039  macrolide transporter subunit MacA  27.82 
 
 
372 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303516  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1833  RND family efflux transporter MFP subunit  26.15 
 
 
464 aa  115  1.0000000000000001e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.36059  unclonable  0.000000000906287 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1483  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.42 
 
 
419 aa  115  1.0000000000000001e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.377405 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  27.58 
 
 
372 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>