More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2865 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2865  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 478 aa  955    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0716848 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  66.67 
 
 		 471 aa  575  1.0000000000000001e-163  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1672  RND family efflux transporter MFP subunit  48.5 
 
 		 429 aa  379  1e-104  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.6 
 
 		 414 aa  328  1.0000000000000001e-88  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.68 
 
 		 453 aa  325  1e-87  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0963  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.01 
 
 		 451 aa  324  3e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0174638  normal  0.124893 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.01 
 
 		 453 aa  310  4e-83  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1666  RND family efflux transporter MFP subunit  36.5 
 
 		 418 aa  253  6e-66  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1637  RND family efflux transporter MFP subunit  39.08 
 
 		 465 aa  252  1e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1483  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.18 
 
 		 419 aa  238  1e-61  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.377405 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1334  secretion protein HlyD  36.07 
 
 		 410 aa  235  1.0000000000000001e-60  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1001  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.07 
 
 		 424 aa  233  5e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336631 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1532  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.94 
 
 		 415 aa  231  2e-59  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1634  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35 
 
 		 417 aa  229  6e-59  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0987  secretion protein HlyD  33.7 
 
 		 419 aa  226  7e-58  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4295  RND family efflux transporter MFP subunit  31.64 
 
 		 466 aa  174  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.073476  normal  0.845427 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4154  secretion protein HlyD  31.57 
 
 		 458 aa  169  9e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4307  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.11 
 
 		 458 aa  159  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4285  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.55 
 
 		 458 aa  159  1e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3323  secretion protein HlyD  31.15 
 
 		 459 aa  154  2e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.665109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3038  secretion protein HlyD  30.51 
 
 		 403 aa  137  6.0000000000000005e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2811  RND family efflux transporter MFP subunit  26.67 
 
 		 444 aa  122  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3595  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.49 
 
 		 404 aa  120  6e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0852698  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1129  RND family efflux transporter MFP subunit  30.02 
 
 		 407 aa  117  5e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2617  secretion protein HlyD  28.26 
 
 		 385 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000106145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1685  RND family efflux transporter MFP subunit  26.62 
 
 		 387 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  27.77 
 
 		 400 aa  115  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1814  RND family efflux transporter MFP subunit  26.56 
 
 		 432 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.57 
 
 		 409 aa  115  2.0000000000000002e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3233  RND family efflux transporter MFP subunit  28.5 
 
 		 405 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000196171  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  26.63 
 
 		 376 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1414  secretion protein HlyD  28.04 
 
 		 430 aa  113  9e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3711  RND family efflux transporter MFP subunit  28 
 
 		 389 aa  113  9e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2831  syringolide efflux protein SyfC  26.97 
 
 		 383 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.580145  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.71 
 
 		 419 aa  113  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000305818 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29 
 
 		 419 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2355  secretion protein HlyD  28.05 
 
 		 509 aa  112  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0694634 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4209  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.73 
 
 		 392 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3781  RND family efflux transporter MFP subunit  26.42 
 
 		 407 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1857  secretion protein HlyD  27.14 
 
 		 390 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.779454 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2920  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.14 
 
 		 505 aa  111  3e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.214189 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3523  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.6 
 
 		 438 aa  110  7.000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.51854  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1833  RND family efflux transporter MFP subunit  25.96 
 
 		 464 aa  109  1e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.36059  unclonable  0.000000000906287 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.7 
 
 		 416 aa  108  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2871  hypothetical protein  25.74 
 
 		 391 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.518674  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3533  RND family efflux transporter MFP subunit  25.06 
 
 		 409 aa  108  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.722317 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.98 
 
 		 448 aa  107  4e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3918  secretion protein HlyD  29.21 
 
 		 433 aa  107  5e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1613  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.32 
 
 		 469 aa  107  5e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0496  RND family efflux transporter MFP subunit  28.85 
 
 		 402 aa  107  6e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33770  hypothetical protein  25.49 
 
 		 391 aa  106  9e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.127582  hitchhiker  0.00383681 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6610  RND family efflux transporter MFP subunit  27.21 
 
 		 394 aa  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.260284  normal  0.566522 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.82 
 
 		 377 aa  106  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5333  RND family efflux transporter MFP subunit  25.56 
 
 		 397 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.037024 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3415  secretion protein HlyD  25.56 
 
 		 397 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.89814  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4953  RND family efflux transporter MFP subunit  25.56 
 
 		 397 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.162755  normal  0.0662922 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1970  secretion protein HlyD  25.49 
 
 		 390 aa  104  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0699832  normal  0.38447 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.11 
 
 		 500 aa  104  3e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2777  RND family efflux transporter MFP subunit  27.93 
 
 		 489 aa  104  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000975793  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.23 
 
 		 360 aa  104  4e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3282  RND family efflux transporter MFP subunit  25.37 
 
 		 410 aa  104  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.617182 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.23 
 
 		 360 aa  104  4e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.88 
 
 		 432 aa  103  8e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0949  RND family efflux transporter MFP subunit  26.57 
 
 		 390 aa  103  9e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1863  RND family efflux transporter MFP subunit  25.57 
 
 		 393 aa  102  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2041  secretion protein HlyD  28.44 
 
 		 398 aa  102  1e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  27.71 
 
 		 409 aa  102  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000285815  normal  0.0164702 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0725  HlyD family secretion protein  24.81 
 
 		 397 aa  102  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.897812  normal  0.118835 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2151  RND family efflux transporter MFP subunit  29.93 
 
 		 471 aa  102  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.563694  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.63 
 
 		 428 aa  102  2e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0919  AcrA/AcrE family efflux protein  25.84 
 
 		 377 aa  101  3e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  25.44 
 
 		 395 aa  100  5e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0820  HlyD family secretion protein  26.99 
 
 		 405 aa  100  5e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2160  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.87 
 
 		 390 aa  99.8  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.337788  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0815  membrane-fusion protein  27.05 
 
 		 434 aa  99.4  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  25.34 
 
 		 371 aa  98.6  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1965  secretion protein HlyD  25.93 
 
 		 388 aa  99  2e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.455875 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3168  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.18 
 
 		 430 aa  98.6  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.479459  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  25.34 
 
 		 371 aa  98.6  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.82 
 
 		 390 aa  98.6  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  27.47 
 
 		 413 aa  99  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0899354  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1726  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29 
 
 		 395 aa  98.6  2e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000359698  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.34 
 
 		 371 aa  98.2  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0102  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.36 
 
 		 465 aa  98.2  3e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0927  macrolide efflux protein MacA  23.48 
 
 		 399 aa  97.8  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0832  RND family efflux transporter MFP subunit  26.03 
 
 		 416 aa  97.8  4e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000487508  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3408  RND family efflux transporter MFP subunit  25.89 
 
 		 389 aa  97.8  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0128497  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  25.11 
 
 		 371 aa  97.4  5e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  25.11 
 
 		 371 aa  97.4  5e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  25.11 
 
 		 371 aa  97.4  5e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  25.11 
 
 		 371 aa  97.4  5e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0836  macrolide efflux protein MacA  23.41 
 
 		 435 aa  96.7  7e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0404665  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2186  macrolide efflux protein MacA  23.44 
 
 		 428 aa  97.1  7e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1776  CmeA  30.62 
 
 		 379 aa  97.1  7e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000125677  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  26.26 
 
 		 379 aa  96.7  9e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.52 
 
 		 347 aa  96.7  9e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.175978  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1440  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.37 
 
 		 374 aa  96.7  9e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.266014  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  25.11 
 
 		 371 aa  96.7  9e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  25.11 
 
 		 371 aa  96.3  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2116  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.12 
 
 		 393 aa  96.3  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.419105  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>