More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_5163 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_5163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 298 aa  581  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1002  secretion protein HlyD  72.6 
 
 		 307 aa  381  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.677003  normal  0.658036 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0890  secretion protein HlyD  68.31 
 
 		 306 aa  363  2e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.459513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4685  secretion protein HlyD  64.52 
 
 		 312 aa  323  2e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.543199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0549  hypothetical protein  62.06 
 
 		 296 aa  289  4e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3039  secretion protein HlyD  62.45 
 
 		 301 aa  289  5.0000000000000004e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3605  secretion protein HlyD  57.34 
 
 		 300 aa  288  7e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.550781  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0091  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.04 
 
 		 306 aa  178  8e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.718467 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1328  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.91 
 
 		 297 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0918  RND family efflux transporter MFP subunit  39.33 
 
 		 302 aa  170  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.523672  normal  0.981132 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3611  secretion protein HlyD  38.71 
 
 		 295 aa  165  9e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.711693  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3030  secretion protein HlyD  39.15 
 
 		 306 aa  163  4.0000000000000004e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0446257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0886  secretion protein HlyD  39.92 
 
 		 306 aa  157  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.795308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.48 
 
 		 351 aa  151  1e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0556  HlyD family secretion protein  36.12 
 
 		 308 aa  151  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.230089 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0908  HlyD family secretion protein  36.24 
 
 		 300 aa  149  7e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1007  secretion protein HlyD  34.97 
 
 		 317 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163323  normal  0.0478945 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5160  secretion protein HlyD  34.53 
 
 		 295 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0895  secretion protein HlyD  35.2 
 
 		 322 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.08 
 
 		 396 aa  135  9e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.167372 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1337  HlyD family secretion protein  35.89 
 
 		 293 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3044  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.08 
 
 		 396 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.52 
 
 		 414 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  41.05 
 
 		 385 aa  125  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  40.61 
 
 		 402 aa  122  8e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316668 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  39.47 
 
 		 408 aa  122  9e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  39.2 
 
 		 427 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4289  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.61 
 
 		 402 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0321009 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  37.23 
 
 		 395 aa  120  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  34.41 
 
 		 378 aa  120  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.06 
 
 		 396 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.06 
 
 		 396 aa  119  7e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  40.32 
 
 		 426 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1373  RND family efflux transporter MFP subunit  39.78 
 
 		 409 aa  115  6e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000149577 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  36.46 
 
 		 391 aa  112  6e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  37.63 
 
 		 413 aa  109  5e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.63 
 
 		 413 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.63 
 
 		 413 aa  108  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3888  Fis family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 389 aa  108  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0700006  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1439  RND family efflux transporter MFP subunit  38.17 
 
 		 390 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2854  cation efflux transporter  37.1 
 
 		 386 aa  102  6e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.405755  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1504  RND family efflux transporter MFP subunit  35.48 
 
 		 397 aa  99.4  6e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583737 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0040  secretion protein HlyD  32.61 
 
 		 389 aa  81.3  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4022  RND family efflux transporter MFP subunit  32.07 
 
 		 390 aa  81.6  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4745  RND family efflux transporter MFP subunit  30.65 
 
 		 393 aa  78.6  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.19985 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  32.61 
 
 		 394 aa  77.8  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3372  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.07 
 
 		 390 aa  78.2  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0461986  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  31.12 
 
 		 391 aa  74.7  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  28.44 
 
 		 366 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7484  HlyD family secretion protein  29.17 
 
 		 351 aa  73.9  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.832684  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  28.87 
 
 		 392 aa  71.6  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2292  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.65 
 
 		 383 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.516168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  30.6 
 
 		 363 aa  69.3  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0471  secretion protein HlyD  32.24 
 
 		 404 aa  69.3  0.00000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4105  secretion protein HlyD  30.65 
 
 		 383 aa  68.2  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0739298  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  30.1 
 
 		 354 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2411  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.26 
 
 		 410 aa  67  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.733291  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3686  RND family efflux transporter MFP subunit  30.56 
 
 		 440 aa  66.6  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  31.47 
 
 		 386 aa  66.6  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0257  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.44 
 
 		 376 aa  66.6  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0635655  hitchhiker  0.00588714 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2353  RND family efflux transporter MFP subunit  26.98 
 
 		 442 aa  65.9  0.0000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  28.49 
 
 		 366 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.81 
 
 		 357 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 		 366 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0458  secretion protein HlyD  29.32 
 
 		 378 aa  65.1  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217472  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.42 
 
 		 366 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  27.42 
 
 		 366 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_003296  RS02378  cation transporter transmembrane protein  29.58 
 
 		 382 aa  63.5  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.571869  normal  0.441465 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0019  RND family efflux transporter MFP subunit  28.81 
 
 		 382 aa  63.2  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  29.08 
 
 		 354 aa  62.8  0.000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1700  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.75 
 
 		 346 aa  62.8  0.000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.116912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2036  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.75 
 
 		 346 aa  62.8  0.000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0261077  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  28.1 
 
 		 361 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5330  heavy metal cation tricomponent efflux protein HmxB  29.05 
 
 		 385 aa  62.8  0.000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0257182  normal  0.961677 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  30.81 
 
 		 371 aa  62.4  0.000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1968  multidrug efflux pump, membrane fusion protein CzcB subfamily  29.15 
 
 		 394 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0347448 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4592  RND family efflux transporter MFP subunit  30.96 
 
 		 477 aa  62  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.246658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  31.43 
 
 		 380 aa  62  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  29.03 
 
 		 354 aa  62  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.43 
 
 		 380 aa  61.6  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0764  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 385 aa  62  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  28.65 
 
 		 380 aa  62  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.34 
 
 		 367 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  30.69 
 
 		 347 aa  61.2  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  29.03 
 
 		 354 aa  61.6  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.03 
 
 		 354 aa  61.6  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  26.83 
 
 		 367 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  29 
 
 		 358 aa  60.5  0.00000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.26 
 
 		 379 aa  59.7  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4832  RND family efflux transporter MFP subunit  30.39 
 
 		 472 aa  59.3  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0873289 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  27.14 
 
 		 369 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2352  chemiosmotic efflux system C protein B  25.36 
 
 		 322 aa  58.9  0.0000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3130  secretion protein HlyD  30.46 
 
 		 473 aa  58.5  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.308652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  28.5 
 
 		 358 aa  58.5  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  26.53 
 
 		 354 aa  58.5  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  29.38 
 
 		 399 aa  58.2  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 		 354 aa  58.2  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  27.72 
 
 		 354 aa  58.2  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4041  hypothetical protein  27.32 
 
 		 366 aa  57.8  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3379  RND family efflux transporter MFP subunit  31.18 
 
 		 409 aa  58.2  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.189038 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>