More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_1700 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_2036  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 
346 aa  689    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0261077  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1700  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 
346 aa  689    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.116912  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1936  transporter, putative  40.06 
 
 
349 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2192  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.29 
 
 
373 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.92 
 
 
509 aa  94  3e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00959096  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.55 
 
 
397 aa  93.6  4e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  26.52 
 
 
361 aa  91.3  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  25.39 
 
 
392 aa  91.3  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  25.31 
 
 
360 aa  91.3  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1144  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.31 
 
 
368 aa  90.9  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000422764  normal  0.160912 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  25.38 
 
 
340 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  26.83 
 
 
361 aa  90.5  4e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 
381 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  28.29 
 
 
379 aa  90.5  4e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.69 
 
 
377 aa  90.1  6e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  28.07 
 
 
366 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  24.85 
 
 
360 aa  88.6  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  27.41 
 
 
500 aa  88.2  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.67 
 
 
407 aa  87.8  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5559  secretion protein HlyD  28.83 
 
 
366 aa  88.2  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4180  RND family efflux transporter MFP subunit  28.47 
 
 
366 aa  87.4  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.249201  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  28.12 
 
 
374 aa  87  4e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2481  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.37 
 
 
367 aa  85.5  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.73 
 
 
388 aa  84.7  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1239  RND family efflux transporter MFP subunit  30.56 
 
 
451 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  27.11 
 
 
369 aa  84.7  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  31.82 
 
 
427 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5576  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.16 
 
 
353 aa  84  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  25.38 
 
 
376 aa  83.2  0.000000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.65 
 
 
379 aa  82.8  0.000000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  24.3 
 
 
357 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.42 
 
 
355 aa  82  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  31.58 
 
 
394 aa  82  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  28.87 
 
 
366 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  25.56 
 
 
354 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1349  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.72 
 
 
409 aa  82.4  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0580213 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.87 
 
 
366 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2393  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.64 
 
 
369 aa  81.6  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.355185  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0772  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.45 
 
 
353 aa  80.9  0.00000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000602446  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0787  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.3 
 
 
365 aa  80.5  0.00000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.33 
 
 
383 aa  80.5  0.00000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  23.51 
 
 
354 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0883  RND family efflux transporter MFP subunit  26.71 
 
 
363 aa  80.1  0.00000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  26.91 
 
 
373 aa  79.7  0.00000000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  26.42 
 
 
358 aa  78.6  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3372  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.11 
 
 
390 aa  79  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0461986  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4935  RND family efflux transporter MFP subunit  32.62 
 
 
316 aa  79  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.659289  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  28.64 
 
 
385 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.99 
 
 
387 aa  79  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  31.49 
 
 
391 aa  79  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 
354 aa  79  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  22.77 
 
 
365 aa  78.6  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  22.76 
 
 
354 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.79 
 
 
360 aa  78.2  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01700  RND family efflux system membrane fusion protein  25.15 
 
 
328 aa  78.2  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.79 
 
 
365 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  27.76 
 
 
367 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  23.88 
 
 
354 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  23.53 
 
 
358 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.79 
 
 
360 aa  78.2  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  27.76 
 
 
367 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  28.18 
 
 
408 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.88 
 
 
354 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  23.88 
 
 
354 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2377  RND family efflux transporter MFP subunit  27.9 
 
 
609 aa  77.8  0.0000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.40782  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.98 
 
 
356 aa  77.8  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  23.53 
 
 
358 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0321  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.36 
 
 
386 aa  77.8  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  24.4 
 
 
421 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  24.55 
 
 
350 aa  77  0.0000000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  23.88 
 
 
354 aa  77  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1476  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.21 
 
 
366 aa  77  0.0000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.142053  normal  0.195363 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0791  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.81 
 
 
373 aa  76.6  0.0000000000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  25.41 
 
 
376 aa  76.6  0.0000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  25.45 
 
 
360 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  25.1 
 
 
349 aa  76.3  0.0000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3832  RND family efflux transporter MFP subunit  25.63 
 
 
374 aa  76.3  0.0000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2347  RND family efflux transporter MFP subunit  25.63 
 
 
374 aa  76.3  0.0000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.161325  hitchhiker  0.00157605 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  26.89 
 
 
376 aa  76.3  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  25.29 
 
 
353 aa  75.9  0.0000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  25.94 
 
 
403 aa  75.5  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  23.2 
 
 
361 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  28.07 
 
 
366 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0836  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.83 
 
 
363 aa  75.1  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0935853  normal  0.864756 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  24.44 
 
 
366 aa  75.5  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2700  secretion protein HlyD  25.68 
 
 
403 aa  75.5  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.11 
 
 
351 aa  75.1  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  25.96 
 
 
351 aa  74.7  0.000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  28.62 
 
 
406 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  23 
 
 
354 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  25.96 
 
 
351 aa  74.7  0.000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.59 
 
 
396 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2074  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  29.55 
 
 
322 aa  74.7  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.51 
 
 
430 aa  75.1  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.559583  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  26.39 
 
 
382 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4022  RND family efflux transporter MFP subunit  31.58 
 
 
390 aa  74.7  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780048  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  28.95 
 
 
382 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4658  secretion protein HlyD  29.79 
 
 
478 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.211901 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2654  RND family efflux transporter MFP subunit  30.36 
 
 
366 aa  74.3  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.217565 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.59 
 
 
396 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>