More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1176 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 
421 aa  834    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  58.96 
 
 
404 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  58.66 
 
 
404 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  57.22 
 
 
404 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  54.06 
 
 
422 aa  404  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  53.76 
 
 
424 aa  402  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0044  CzcB family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter membrane fusion protein  57.82 
 
 
416 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597635  hitchhiker  0.00000490268 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0061  RND family efflux transporter MFP subunit  57.82 
 
 
416 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00204779 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  57.82 
 
 
416 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.847384 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  57.82 
 
 
416 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.712877  hitchhiker  0.00429069 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  62.54 
 
 
397 aa  380  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31990  cobalt/zinc/cadmium efflux RND transporter, membrane fusion protein, CzcB famil  54.23 
 
 
484 aa  346  5e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2716  RND divalent metal cation efflux membrane fusion protein CzcB precursor  53.64 
 
 
484 aa  343  5e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  48.94 
 
 
401 aa  323  3e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  48.03 
 
 
459 aa  323  4e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1848  RND family efflux transporter MFP subunit  50.43 
 
 
538 aa  321  1.9999999999999998e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.485461  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1715  RND family efflux transporter MFP subunit  43.08 
 
 
456 aa  318  1e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.542005 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3969  secretion protein HlyD  44.85 
 
 
407 aa  314  9.999999999999999e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3844  RND family efflux transporter MFP subunit  46.76 
 
 
489 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.957975 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  46.48 
 
 
489 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.235354  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4685  secretion protein HlyD  46.48 
 
 
489 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160978  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2432  HlyD family secretion protein  47.35 
 
 
488 aa  308  8e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2505  RND family efflux transporter MFP subunit  47.71 
 
 
416 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0949204  normal  0.0148068 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6171  RND family efflux transporter MFP subunit  47.35 
 
 
491 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.442702 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1374  heavy metal resistance protein CzcB  45.43 
 
 
484 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1763  Membrane Fusion Protein cluster 2 protein  45.48 
 
 
520 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.305253 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5981  cation proton antiporter efflux protein CzcB  45.48 
 
 
520 aa  303  3.0000000000000004e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000176523  normal  0.0829956 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3556  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.19 
 
 
433 aa  303  5.000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1441  heavy metal resistance protein CzcB  46.33 
 
 
489 aa  301  2e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.165558  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0012  heavy metal resistance protein CzcB  46.33 
 
 
489 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0400  heavy metal resistance protein CzcB  46.33 
 
 
489 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0829315  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1030  heavy metal resistance protein CzcB  46.33 
 
 
489 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0701844  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0032  heavy metal resistance protein CzcB  46.63 
 
 
516 aa  300  3e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.751867  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1182  heavy metal resistance protein CzcB  46.33 
 
 
489 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.125569  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1526  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB  46.04 
 
 
489 aa  300  4e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0706  heavy metal efflux system membrane fusion protein  47.35 
 
 
491 aa  293  3e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0868485  normal  0.396702 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1328  secretion protein HlyD  45.09 
 
 
503 aa  279  5e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.918511  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0492  cobalt-zinc-cadmium resistance protein  47.08 
 
 
404 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.85 
 
 
531 aa  270  4e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1339  secretion protein HlyD  41.88 
 
 
502 aa  268  1e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1419  secretion protein HlyD  39.4 
 
 
400 aa  260  4e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2107  secretion protein HlyD  42.4 
 
 
509 aa  257  2e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207972  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2552  secretion protein HlyD  39.27 
 
 
410 aa  250  4e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  38.86 
 
 
459 aa  235  9e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205065  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2139  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.73 
 
 
457 aa  210  5e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1071  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.41 
 
 
454 aa  208  1e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4082  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.48 
 
 
457 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4123  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.82 
 
 
454 aa  192  8e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.860452 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  35.26 
 
 
399 aa  187  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  34.22 
 
 
398 aa  183  6e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.22 
 
 
587 aa  182  1e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.609412  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  33.11 
 
 
410 aa  181  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2448  secretion protein HlyD  38.07 
 
 
382 aa  181  2e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2568  secretion protein HlyD  39.08 
 
 
389 aa  181  2e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.363903  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1888  secretion protein HlyD  37.28 
 
 
399 aa  181  2.9999999999999997e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.440468  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1403  RND family efflux transporter MFP subunit  32.58 
 
 
459 aa  178  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0023338 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  33.52 
 
 
424 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.01 
 
 
427 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  32.52 
 
 
423 aa  172  1e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.71 
 
 
428 aa  172  1e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2608  RND family efflux transporter MFP subunit  36.71 
 
 
387 aa  169  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0604654  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.92 
 
 
424 aa  167  2e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.28 
 
 
400 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.31 
 
 
459 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.465461  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.03 
 
 
376 aa  159  8e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1849  secretion protein HlyD  41.88 
 
 
327 aa  152  1e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.134036  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1549  RND family efflux transporter MFP subunit  32.14 
 
 
402 aa  150  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7182  putative cation efflux system protein czcB  43.16 
 
 
330 aa  149  9e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.454767  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  31.85 
 
 
418 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2143  secretion protein HlyD  42.63 
 
 
328 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.139753 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1456  secretion protein HlyD  40.84 
 
 
330 aa  147  3e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.134538  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2345  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.23 
 
 
331 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3647  secretion protein HlyD  42.63 
 
 
318 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.547068 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.05 
 
 
330 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.44 
 
 
512 aa  142  8e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  38.54 
 
 
308 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.419499  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0295  secretion protein HlyD  30.25 
 
 
379 aa  140  3e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.438063  normal  0.535582 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3342  secretion protein HlyD  39.58 
 
 
331 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.135191 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4531  secretion protein HlyD  38.21 
 
 
316 aa  140  3e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1019  secretion protein HlyD  35.12 
 
 
456 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.194662  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5330  heavy metal cation tricomponent efflux protein HmxB  34.85 
 
 
385 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0257182  normal  0.961677 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  32.14 
 
 
517 aa  139  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00705  cation efflux system protein  33.44 
 
 
371 aa  139  1e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333087  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1640  secretion protein HlyD  30.67 
 
 
384 aa  138  2e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3727  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.3 
 
 
359 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00335506  normal  0.0890337 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2578  secretion protein HlyD  33.43 
 
 
385 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.96147 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0448  secretion protein HlyD  29.1 
 
 
388 aa  137  5e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.192124 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2320  RND family efflux transporter MFP subunit  30.52 
 
 
399 aa  135  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7265  putative cobalt-zinc-cadmium resistance protein czcB (cation efflux system protein czcB)  37.2 
 
 
315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0692053  normal  0.624413 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0616  RND family efflux transporter MFP subunit  38.94 
 
 
329 aa  134  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  40 
 
 
329 aa  134  3.9999999999999996e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.500568  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5714  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.04 
 
 
420 aa  133  6.999999999999999e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.171189  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0019  RND family efflux transporter MFP subunit  34.78 
 
 
382 aa  133  7.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1239  RND family efflux transporter MFP subunit  32.84 
 
 
451 aa  132  9e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0830  cation eflux system protein  28.09 
 
 
368 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0187806  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3803  secretion protein HlyD  31.25 
 
 
386 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.545346  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00408  putative cation efflux protein  31.4 
 
 
344 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000967818  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4683  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.04 
 
 
406 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0376338  normal  0.281701 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3606  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.04 
 
 
406 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.335838  normal  0.676056 
 
 
-
 
NC_003296  RS02378  cation transporter transmembrane protein  33.23 
 
 
382 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.571869  normal  0.441465 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>