More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4180 on replicon NC_008757
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008757  Pnap_4180  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 366 aa  715    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.249201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5559  secretion protein HlyD  96.99 
 
 		 366 aa  635    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0321  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.29 
 
 		 386 aa  243  5e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.51 
 
 		 353 aa  242  7e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.104068  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  37.25 
 
 		 373 aa  238  2e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5381  RND family efflux transporter MFP subunit  43.15 
 
 		 364 aa  228  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.996751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.23 
 
 		 360 aa  190  4e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.23 
 
 		 360 aa  190  4e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.92 
 
 		 377 aa  186  7e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.31 
 
 		 365 aa  169  9e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3936  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.75 
 
 		 365 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117548 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1389  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.61 
 
 		 374 aa  162  1e-38  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.81 
 
 		 376 aa  161  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  36.3 
 
 		 371 aa  144  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.48 
 
 		 388 aa  142  9.999999999999999e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.6 
 
 		 349 aa  139  8.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  34.48 
 
 		 379 aa  138  1e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0392  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 370 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0206  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.5 
 
 		 386 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.18 
 
 		 442 aa  132  7.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.03 
 
 		 377 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  26.72 
 
 		 376 aa  127  3e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0549  secretion protein HlyD  32.76 
 
 		 407 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0878  secretion protein HlyD  30.47 
 
 		 263 aa  125  8.000000000000001e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0949246  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000105  membrane-fusion protein  28.41 
 
 		 351 aa  125  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.860226  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0059  RND family efflux transporter MFP subunit  32.43 
 
 		 411 aa  122  9e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3128  secretion protein HlyD  32.79 
 
 		 370 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000130607  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0836  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.74 
 
 		 363 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0935853  normal  0.864756 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1234  RND family efflux transporter MFP subunit  28.09 
 
 		 359 aa  117  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.07 
 
 		 407 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0618  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  27.08 
 
 		 268 aa  116  7.999999999999999e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  29.86 
 
 		 367 aa  114  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6009  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.16 
 
 		 356 aa  113  5e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.359632  normal  0.895367 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1455  RND family efflux transporter MFP subunit  29.19 
 
 		 345 aa  113  5e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  30.03 
 
 		 384 aa  112  8.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4802  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.11 
 
 		 398 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000012488 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0175  hypothetical protein  28.96 
 
 		 380 aa  111  2.0000000000000002e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.109936  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  29.49 
 
 		 366 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  25.94 
 
 		 358 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  31.36 
 
 		 392 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25.94 
 
 		 358 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3379  RND family efflux transporter MFP subunit  29.45 
 
 		 409 aa  108  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.189038 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  28.2 
 
 		 357 aa  108  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2396  secretion protein HlyD  32.32 
 
 		 346 aa  107  4e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25.87 
 
 		 354 aa  107  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.74 
 
 		 379 aa  106  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2097  RND family efflux transporter MFP subunit  29.28 
 
 		 391 aa  106  6e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.902105  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1818  RND family efflux transporter MFP subunit  28.77 
 
 		 352 aa  106  6e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000224471  normal  0.900766 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.77 
 
 		 354 aa  106  7e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1967  RND family efflux transporter MFP subunit  28.95 
 
 		 391 aa  105  9e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0310111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  24.86 
 
 		 354 aa  104  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1001  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.93 
 
 		 347 aa  104  3e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.612781  normal  0.0455845 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  29.39 
 
 		 478 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31 
 
 		 358 aa  103  3e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  29.39 
 
 		 478 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3056  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.14 
 
 		 395 aa  103  4e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3874  secretion protein HlyD  34.55 
 
 		 337 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  26.27 
 
 		 354 aa  102  8e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3761  secretion protein HlyD  35 
 
 		 364 aa  102  9e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.7 
 
 		 379 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.27 
 
 		 354 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  29.09 
 
 		 472 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4286  RND family efflux transporter MFP subunit  23.9 
 
 		 361 aa  102  1e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.749975  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  26.27 
 
 		 354 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  26.27 
 
 		 354 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  27.18 
 
 		 399 aa  101  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.78 
 
 		 356 aa  101  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.98 
 
 		 383 aa  101  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2360  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.35 
 
 		 380 aa  100  3e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.347608  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0816  RND family efflux transporter MFP subunit  29.46 
 
 		 385 aa  100  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.06 
 
 		 397 aa  100  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3707  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.39 
 
 		 354 aa  100  4e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  26.72 
 
 		 421 aa  100  5e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2903  RND family efflux transporter MFP subunit  31.52 
 
 		 383 aa  100  6e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6592  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.21 
 
 		 378 aa  99.8  7e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  24.42 
 
 		 357 aa  99.8  7e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1392  RND efflux system membrane fusion protein  26.75 
 
 		 419 aa  99.4  9e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0449025  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.06 
 
 		 380 aa  99  1e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0605754  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.94 
 
 		 421 aa  99  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.73 
 
 		 356 aa  98.6  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.870184  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.94 
 
 		 421 aa  99  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  28.04 
 
 		 407 aa  98.6  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0583  HlyD family secretion protein  27.27 
 
 		 334 aa  98.2  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.6 
 
 		 377 aa  98.6  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  28.04 
 
 		 390 aa  97.4  3e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4313  RND family efflux transporter MFP subunit  30.41 
 
 		 409 aa  97.4  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.583259 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  25.68 
 
 		 376 aa  97.4  3e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  28.33 
 
 		 386 aa  97.1  5e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2827  RND family efflux transporter MFP subunit  28.82 
 
 		 352 aa  96.7  6e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00918161  hitchhiker  0.00100699 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  27.15 
 
 		 352 aa  96.7  7e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  31.06 
 
 		 366 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.43 
 
 		 389 aa  96.3  7e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.374762  normal  0.534332 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3265  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.17 
 
 		 404 aa  95.9  9e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.17 
 
 		 455 aa  95.9  9e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.755082  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.27 
 
 		 405 aa  95.5  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.831389 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2181  AcrA/AcrE family protein  30.56 
 
 		 331 aa  95.5  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000164809  normal  0.0114896 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  26.84 
 
 		 364 aa  95.9  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  28.9 
 
 		 390 aa  95.5  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1791  secretion protein HlyD  30 
 
 		 402 aa  95.9  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.4 
 
 		 358 aa  95.5  1e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>