More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_3056 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_3056  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 395 aa  776    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.73 
 
 		 388 aa  140  3e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3936  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.26 
 
 		 365 aa  126  8.000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117548 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30 
 
 		 365 aa  124  4e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.89 
 
 		 376 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.97 
 
 		 349 aa  114  3e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3128  secretion protein HlyD  29.94 
 
 		 370 aa  113  5e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000130607  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0206  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.42 
 
 		 386 aa  103  6e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5559  secretion protein HlyD  30.14 
 
 		 366 aa  103  7e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5274  RND family efflux transporter MFP subunit  30.97 
 
 		 377 aa  102  8e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0726879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  29.91 
 
 		 371 aa  102  9e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4180  RND family efflux transporter MFP subunit  29.57 
 
 		 366 aa  100  4e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.249201  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0392  RND family efflux transporter MFP subunit  30.68 
 
 		 370 aa  100  5e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  29.91 
 
 		 369 aa  97.1  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  29.91 
 
 		 369 aa  96.7  7e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  29.91 
 
 		 369 aa  96.7  7e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0878  secretion protein HlyD  27.76 
 
 		 263 aa  95.9  1e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0949246  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0549  secretion protein HlyD  28.53 
 
 		 407 aa  92.8  9e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.09 
 
 		 383 aa  92  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  29.1 
 
 		 392 aa  92  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0618  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  26.78 
 
 		 268 aa  91.3  2e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  31.11 
 
 		 379 aa  90.9  3e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.38 
 
 		 354 aa  91.3  3e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  28.45 
 
 		 396 aa  90.5  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  26.46 
 
 		 424 aa  90.5  4e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1389  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.58 
 
 		 374 aa  89.4  1e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  28.98 
 
 		 361 aa  88.6  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.71 
 
 		 377 aa  88.2  2e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4651  RND family efflux transporter MFP subunit  28.69 
 
 		 402 aa  88.6  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.611035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4132  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 384 aa  88.2  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  28.82 
 
 		 369 aa  88.6  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01940  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  28.21 
 
 		 383 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.34804 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 360 aa  87.4  4e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.05 
 
 		 377 aa  87.4  4e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 360 aa  87.4  4e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  24.93 
 
 		 410 aa  86.7  7e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1783  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.84 
 
 		 354 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  27.63 
 
 		 360 aa  85.9  0.000000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3379  RND family efflux transporter MFP subunit  28.1 
 
 		 409 aa  85.5  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.189038 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  25.3 
 
 		 451 aa  85.5  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1234  RND family efflux transporter MFP subunit  21.85 
 
 		 359 aa  84.7  0.000000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0031  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.81 
 
 		 392 aa  84.3  0.000000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000323168  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  29.96 
 
 		 376 aa  84.3  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  27.02 
 
 		 390 aa  83.6  0.000000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0793  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.3 
 
 		 390 aa  83.2  0.000000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  29.6 
 
 		 375 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  25.55 
 
 		 365 aa  83.2  0.000000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1455  RND family efflux transporter MFP subunit  26.87 
 
 		 345 aa  83.2  0.000000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 354 aa  82.8  0.000000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2827  RND family efflux transporter MFP subunit  26.89 
 
 		 352 aa  82.8  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00918161  hitchhiker  0.00100699 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0059  RND family efflux transporter MFP subunit  27.43 
 
 		 411 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  26.01 
 
 		 368 aa  81.6  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  25.88 
 
 		 361 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  26.14 
 
 		 349 aa  81.6  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  28.35 
 
 		 372 aa  81.6  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0664  RND family efflux transporter MFP subunit  25.62 
 
 		 342 aa  81.3  0.00000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.295272  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  28.18 
 
 		 372 aa  80.9  0.00000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4143  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 343 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.478516 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  29.13 
 
 		 478 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  29.13 
 
 		 472 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  29.13 
 
 		 478 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  27.23 
 
 		 376 aa  80.5  0.00000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7211  RND family efflux transporter MFP subunit  28.92 
 
 		 419 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  29.73 
 
 		 373 aa  79.7  0.00000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2615  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.1 
 
 		 380 aa  79.7  0.00000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.909785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0234  RND efflux membrane fusion protein precursor  27.17 
 
 		 367 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  26.65 
 
 		 435 aa  79  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.497794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.51 
 
 		 407 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2181  AcrA/AcrE family protein  29.17 
 
 		 331 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000164809  normal  0.0114896 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2738  putative RND efflux membrane fusion protein  26.61 
 
 		 371 aa  77.8  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254191  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  24.42 
 
 		 373 aa  77.8  0.0000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1749  secretion protein HlyD  25.79 
 
 		 398 aa  77.8  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.145441 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  22.92 
 
 		 392 aa  77.4  0.0000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  23.76 
 
 		 372 aa  77  0.0000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1613  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.06 
 
 		 469 aa  77  0.0000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2292  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.59 
 
 		 383 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.516168  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000105  membrane-fusion protein  23.42 
 
 		 351 aa  76.6  0.0000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.860226  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1545  HlyD family heavy metal efflux pump  26.43 
 
 		 415 aa  76.6  0.0000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.453732  normal  0.148664 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.91 
 
 		 380 aa  76.6  0.0000000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2097  RND family efflux transporter MFP subunit  26.07 
 
 		 391 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.902105  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0119  CmeA  26.56 
 
 		 373 aa  76.3  0.0000000000009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.06 
 
 		 377 aa  76.3  0.0000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  28.15 
 
 		 370 aa  76.3  0.0000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  27.3 
 
 		 392 aa  76.3  0.0000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1776  CmeA  26.77 
 
 		 379 aa  75.9  0.000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000125677  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2396  secretion protein HlyD  28.87 
 
 		 346 aa  75.5  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  27.68 
 
 		 366 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  23.84 
 
 		 366 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  22.84 
 
 		 364 aa  75.9  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.19 
 
 		 351 aa  74.7  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.1 
 
 		 422 aa  74.7  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1967  RND family efflux transporter MFP subunit  26.86 
 
 		 391 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0310111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  27.25 
 
 		 403 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2293  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.27 
 
 		 430 aa  75.1  0.000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.7 
 
 		 388 aa  74.7  0.000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.631291  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  22.93 
 
 		 432 aa  74.3  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  24.14 
 
 		 407 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1615  RND family efflux transporter MFP subunit  22.93 
 
 		 347 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000338384  decreased coverage  0.00000142207 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.29 
 
 		 355 aa  73.9  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1564  RND family efflux transporter MFP subunit  26.42 
 
 		 369 aa  73.9  0.000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000112948  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>