More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4143 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4143  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 343 aa  704    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.478516 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1280  putative multidrug resistance protein  48.07 
 
 		 343 aa  303  3.0000000000000004e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01875  hypothetical protein  47.83 
 
 		 343 aa  301  1e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003811  membrane-fusion protein  47.66 
 
 		 343 aa  301  1e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1351  putative multidrug resistance protein precursor  47.62 
 
 		 357 aa  290  2e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0673  multidrug resistance protein  37.1 
 
 		 354 aa  203  3e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1511  secretion protein HlyD  34.59 
 
 		 357 aa  193  4e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3695  RND family efflux transporter MFP subunit  33.62 
 
 		 360 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.101272  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0467  RND family efflux transporter MFP subunit  33.14 
 
 		 360 aa  183  3e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.949455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4314  RND family efflux transporter MFP subunit  31.91 
 
 		 360 aa  182  6e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00180968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05965  hypothetical protein  31.01 
 
 		 357 aa  177  2e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3992  RND efflux system membrane fusion protein  31.96 
 
 		 366 aa  176  4e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0630  RND family efflux transporter MFP subunit  32.49 
 
 		 364 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  30.79 
 
 		 432 aa  173  3.9999999999999995e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3664  RND family efflux transporter MFP subunit  32.53 
 
 		 370 aa  171  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1730  RND family efflux transporter MFP subunit  31.23 
 
 		 368 aa  170  4e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.674972  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1418  RND family efflux transporter MFP subunit  33.06 
 
 		 384 aa  169  5e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000228  membrane-fusion protein  30.36 
 
 		 357 aa  169  9e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2871  RND family efflux transporter MFP subunit  32.5 
 
 		 357 aa  168  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0697  RND family efflux transporter MFP subunit  32.16 
 
 		 359 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.6 
 
 		 388 aa  162  5.0000000000000005e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.631291  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0664  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.61 
 
 		 360 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0641  RND family efflux transporter MFP subunit  30.61 
 
 		 360 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3712  RND family efflux transporter MFP subunit  30.59 
 
 		 367 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.975013  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3513  RND family efflux transporter MFP subunit  31.75 
 
 		 360 aa  160  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0668  RND family efflux transporter MFP subunit  30.43 
 
 		 360 aa  160  3e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  31.75 
 
 		 360 aa  160  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0849  RND family efflux transporter MFP subunit  31.75 
 
 		 360 aa  160  3e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.880012  normal  0.445386 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02529  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  31.17 
 
 		 403 aa  160  4e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3571  RND family efflux transporter MFP subunit  30.41 
 
 		 360 aa  158  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.239658  normal  0.276589 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  30.32 
 
 		 360 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.392528  hitchhiker  0.00103818 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0551  RND family efflux transporter MFP subunit  30.12 
 
 		 360 aa  154  2e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.139954 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1435  RND family efflux transporter MFP subunit  32.29 
 
 		 359 aa  154  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2567  RND family efflux transporter MFP subunit  29.48 
 
 		 331 aa  144  3e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  27.35 
 
 		 354 aa  137  4e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  30.28 
 
 		 364 aa  130  4.0000000000000003e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  31.2 
 
 		 357 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1352  organic solvent efflux pump precursor (periplasmic linker protein component)  29.51 
 
 		 359 aa  129  6e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.896212  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  28.85 
 
 		 369 aa  129  6e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 		 361 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  28.96 
 
 		 389 aa  126  5e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.718255  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0674  periplasmic linker protein  29.23 
 
 		 358 aa  126  7e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0034  secretion protein, HlyD family  30.58 
 
 		 369 aa  125  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003810  linker protein putative  29.07 
 
 		 365 aa  125  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4144  RND family efflux transporter MFP subunit  29.38 
 
 		 365 aa  123  5e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.473768 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1279  HlyD family secretion protein  27.98 
 
 		 359 aa  122  8e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01876  hypothetical protein  26.65 
 
 		 359 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  27.87 
 
 		 361 aa  120  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.918542  normal  0.711455 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  29.71 
 
 		 371 aa  120  3.9999999999999996e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1510  secretion protein HlyD  28.85 
 
 		 357 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  27.07 
 
 		 369 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  27.07 
 
 		 369 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  27.62 
 
 		 396 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  27.07 
 
 		 369 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  26.52 
 
 		 370 aa  116  5e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  30 
 
 		 360 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2115  RND family efflux transporter MFP subunit  26.61 
 
 		 358 aa  115  1.0000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.243289  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  28.45 
 
 		 392 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000227  periplasmic linker protein  29.69 
 
 		 353 aa  113  4.0000000000000004e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  28.22 
 
 		 403 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2715  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.94 
 
 		 366 aa  108  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37732  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0630  secretion protein HlyD  28.15 
 
 		 357 aa  108  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0232449  normal  0.116732 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2778  RND family efflux transporter MFP subunit  26.72 
 
 		 359 aa  108  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  28.1 
 
 		 371 aa  106  5e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.53 
 
 		 365 aa  106  7e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3002  membrane-fusion protein, component of multidrug efflux system  25.57 
 
 		 367 aa  105  8e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2870  RND family efflux transporter MFP subunit  29.21 
 
 		 351 aa  105  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.551784  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1613  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.38 
 
 		 469 aa  103  3e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0954  RND family efflux transporter MFP subunit  27.67 
 
 		 371 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2162  RND family efflux transporter MFP subunit  27.67 
 
 		 371 aa  103  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  27.67 
 
 		 371 aa  103  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000654  putative efflux protein  25.5 
 
 		 360 aa  102  8e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0793  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.48 
 
 		 390 aa  102  8e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  29.83 
 
 		 523 aa  102  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  26.48 
 
 		 366 aa  100  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3214  putative efflux protein  27.3 
 
 		 367 aa  99.8  6e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0913  hypothetical protein  28.88 
 
 		 338 aa  97.8  2e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5274  RND family efflux transporter MFP subunit  28.93 
 
 		 377 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0726879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1555  secretion protein HlyD  27.65 
 
 		 394 aa  97.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  28.86 
 
 		 367 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0882  hypothetical protein  28.52 
 
 		 338 aa  97.1  4e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.37 
 
 		 356 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.36 
 
 		 357 aa  96.3  7e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02664  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  24.03 
 
 		 359 aa  95.1  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0150101  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2781  RND family efflux transporter MFP subunit  29.61 
 
 		 364 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3238  RND family efflux transporter MFP subunit  25.07 
 
 		 368 aa  95.1  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  27.74 
 
 		 366 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  29.27 
 
 		 390 aa  94.7  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0746  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  27.35 
 
 		 366 aa  94.4  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339879  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1001  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.81 
 
 		 347 aa  93.6  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.612781  normal  0.0455845 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  25.23 
 
 		 380 aa  92.8  7e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.46 
 
 		 360 aa  92.8  7e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  27.81 
 
 		 381 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4651  RND family efflux transporter MFP subunit  27.64 
 
 		 402 aa  92.4  9e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.611035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1924  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.29 
 
 		 352 aa  92.4  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.896235 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1263  efflux transporter  26.72 
 
 		 415 aa  91.3  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.471028  normal  0.778162 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1356  secretion protein HlyD  29.53 
 
 		 365 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1536  RND family efflux transporter MFP subunit  26.3 
 
 		 367 aa  90.9  3e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  25.96 
 
 		 366 aa  89.7  6e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  26.1 
 
 		 340 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>