More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_3128 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_3128  secretion protein HlyD  100 
 
 		 370 aa  706    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000130607  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0392  RND family efflux transporter MFP subunit  63.37 
 
 		 370 aa  414  1e-114  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  57.88 
 
 		 371 aa  385  1e-106  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50 
 
 		 376 aa  365  1e-99  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3936  efflux transporter, RND family, MFP subunit  56.94 
 
 		 365 aa  355  5e-97  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117548 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  55.95 
 
 		 365 aa  352  5e-96  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1389  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.89 
 
 		 374 aa  196  6e-49  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.44 
 
 		 388 aa  181  1e-44  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0206  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.52 
 
 		 386 aa  157  2e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.7 
 
 		 442 aa  156  6e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.36 
 
 		 377 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4180  RND family efflux transporter MFP subunit  33.43 
 
 		 366 aa  144  3e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.249201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  27.51 
 
 		 373 aa  143  4e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0549  secretion protein HlyD  35.28 
 
 		 407 aa  142  9e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5559  secretion protein HlyD  33.95 
 
 		 366 aa  142  9e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 379 aa  140  3e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.49 
 
 		 360 aa  140  3.9999999999999997e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.49 
 
 		 360 aa  140  3.9999999999999997e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3379  RND family efflux transporter MFP subunit  32.58 
 
 		 409 aa  136  7.000000000000001e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.189038 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.46 
 
 		 377 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.77 
 
 		 349 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3056  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.6 
 
 		 395 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1455  RND family efflux transporter MFP subunit  34.53 
 
 		 345 aa  130  5.0000000000000004e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  29.06 
 
 		 374 aa  126  6e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.77 
 
 		 380 aa  124  4e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0605754  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  28.11 
 
 		 350 aa  123  5e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  28.25 
 
 		 376 aa  123  5e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  28.38 
 
 		 364 aa  123  5e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  30.35 
 
 		 367 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.44 
 
 		 354 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  28.72 
 
 		 421 aa  120  3.9999999999999996e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.84 
 
 		 397 aa  119  9e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0583  HlyD family secretion protein  32.06 
 
 		 334 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1234  RND family efflux transporter MFP subunit  28.7 
 
 		 359 aa  118  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2519  secretion protein HlyD  30.67 
 
 		 382 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000015375  normal  0.24357 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2370  secretion protein HlyD  30.69 
 
 		 405 aa  117  3.9999999999999997e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467489 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  33.24 
 
 		 359 aa  116  5e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1267  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 355 aa  115  8.999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  29.51 
 
 		 405 aa  113  5e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1967  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 391 aa  113  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0310111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0664  RND family efflux transporter MFP subunit  28.01 
 
 		 342 aa  113  5e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.295272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2097  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 391 aa  113  6e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.902105  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2903  RND family efflux transporter MFP subunit  32.45 
 
 		 383 aa  113  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  32.18 
 
 		 370 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0816  RND family efflux transporter MFP subunit  32.61 
 
 		 385 aa  112  9e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  27.87 
 
 		 451 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  29.73 
 
 		 366 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  30.28 
 
 		 367 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  28.61 
 
 		 418 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1700  secretion protein HlyD  30.57 
 
 		 417 aa  110  3e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.696744  normal  0.370784 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  29.97 
 
 		 367 aa  110  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.88 
 
 		 372 aa  110  6e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  30.5 
 
 		 390 aa  109  7.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3761  secretion protein HlyD  32.52 
 
 		 364 aa  108  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3707  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.9 
 
 		 354 aa  108  1e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1672  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.51 
 
 		 359 aa  107  2e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2396  secretion protein HlyD  34.1 
 
 		 346 aa  108  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  25.46 
 
 		 357 aa  108  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.17 
 
 		 379 aa  108  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.79 
 
 		 363 aa  107  3e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2514  acriflavin resistance protein B  24.62 
 
 		 371 aa  107  3e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.825279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.79 
 
 		 363 aa  107  3e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2473  RND family efflux transporter MFP subunit  26.71 
 
 		 340 aa  107  3e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000483953  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  27.24 
 
 		 365 aa  107  4e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3664  RND family efflux transporter MFP subunit  28.45 
 
 		 370 aa  107  4e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  26.99 
 
 		 411 aa  106  5e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.47 
 
 		 379 aa  106  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0836  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.51 
 
 		 363 aa  106  6e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0935853  normal  0.864756 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2153  HlyD family secretion protein  32.69 
 
 		 359 aa  106  6e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2181  AcrA/AcrE family protein  31.56 
 
 		 331 aa  106  6e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000164809  normal  0.0114896 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2869  RND family efflux transporter MFP subunit  27.16 
 
 		 337 aa  106  6e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000418866  normal  0.697235 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000105  membrane-fusion protein  28.29 
 
 		 351 aa  106  8e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.860226  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0041  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.39 
 
 		 378 aa  106  8e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.89791  normal  0.261432 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.19 
 
 		 353 aa  105  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.593708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0321  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.27 
 
 		 386 aa  104  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2827  RND family efflux transporter MFP subunit  26.81 
 
 		 352 aa  105  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00918161  hitchhiker  0.00100699 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  28.23 
 
 		 417 aa  104  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.16 
 
 		 337 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000223326  hitchhiker  0.000000000135699 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2774  RND family efflux transporter MFP subunit  26.67 
 
 		 337 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000348854  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  28.75 
 
 		 410 aa  104  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1394  RND family efflux transporter MFP subunit  27.73 
 
 		 337 aa  103  3e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000175067  unclonable  0.0000000000192575 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1741  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.8 
 
 		 381 aa  103  5e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  30.79 
 
 		 366 aa  103  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1206  RND family efflux transporter MFP subunit  29.91 
 
 		 385 aa  103  6e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.91 
 
 		 417 aa  103  6e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2665  RND family efflux transporter MFP subunit  30.2 
 
 		 386 aa  102  8e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2794  RND family efflux transporter MFP subunit  27.16 
 
 		 337 aa  102  8e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190782  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0364  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.84 
 
 		 362 aa  102  8e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.79 
 
 		 366 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0980  RND family efflux transporter MFP subunit  28.12 
 
 		 361 aa  102  9e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233971 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5381  RND family efflux transporter MFP subunit  31.18 
 
 		 364 aa  102  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.996751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1447  RND family efflux transporter MFP subunit  27.1 
 
 		 337 aa  102  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000819965  unclonable  0.000000000091848 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3102  AcrA/AcrE family protein  26.5 
 
 		 337 aa  101  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.11 
 
 		 379 aa  101  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1551  secretion protein HlyD  31.28 
 
 		 398 aa  101  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.828693  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  28.13 
 
 		 415 aa  101  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.607592 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1459  RND family efflux transporter MFP subunit  27.41 
 
 		 337 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000143957  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3248  RND family efflux transporter MFP subunit  28.7 
 
 		 375 aa  101  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000122145  hitchhiker  0.000539204 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.55 
 
 		 372 aa  101  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.320362 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.76 
 
 		 368 aa  101  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>