More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_1741 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011901  Tgr7_1741  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 
381 aa  769    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3248  RND family efflux transporter MFP subunit  36.18 
 
 
375 aa  206  4e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000122145  hitchhiker  0.000539204 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0392  RND family efflux transporter MFP subunit  33.77 
 
 
370 aa  104  3e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.11 
 
 
376 aa  100  6e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1047  RND family efflux transporter subunit MFP  26.01 
 
 
461 aa  99  1e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0423833  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.85 
 
 
421 aa  97.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.27 
 
 
360 aa  98.2  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.27 
 
 
360 aa  98.2  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  25.16 
 
 
373 aa  97.8  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.85 
 
 
421 aa  97.8  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.75 
 
 
388 aa  95.9  9e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.99 
 
 
377 aa  95.5  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.13 
 
 
349 aa  93.2  6e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3936  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.88 
 
 
365 aa  93.2  7e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117548 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  27.54 
 
 
379 aa  91.3  3e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  25.92 
 
 
400 aa  90.9  4e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.29 
 
 
365 aa  90.1  6e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2869  RND family efflux transporter MFP subunit  25.7 
 
 
337 aa  89.7  7e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000418866  normal  0.697235 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  29.76 
 
 
362 aa  89.4  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000256578  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2396  secretion protein HlyD  34.13 
 
 
346 aa  88.2  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.66 
 
 
442 aa  88.2  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4563  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.62 
 
 
426 aa  87.4  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.7 
 
 
337 aa  87.8  3e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000223326  hitchhiker  0.000000000135699 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.81 
 
 
358 aa  87  5e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2794  RND family efflux transporter MFP subunit  24.93 
 
 
337 aa  86.7  6e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190782  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1455  RND family efflux transporter MFP subunit  34.1 
 
 
345 aa  86.7  6e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3344  secretion protein HlyD  32.04 
 
 
333 aa  86.3  8e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.144623 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2774  RND family efflux transporter MFP subunit  25.42 
 
 
337 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000348854  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  29.26 
 
 
371 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2181  AcrA/AcrE family protein  27.19 
 
 
331 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000164809  normal  0.0114896 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2688  RND family efflux transporter MFP subunit  26.15 
 
 
353 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000261317  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3379  RND family efflux transporter MFP subunit  34.91 
 
 
409 aa  84.7  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.189038 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0664  RND family efflux transporter MFP subunit  24.23 
 
 
342 aa  84.7  0.000000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.295272  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.63 
 
 
354 aa  84.7  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2827  RND family efflux transporter MFP subunit  27.22 
 
 
352 aa  83.6  0.000000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00918161  hitchhiker  0.00100699 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1615  RND family efflux transporter MFP subunit  26.09 
 
 
347 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000338384  decreased coverage  0.00000142207 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000105  membrane-fusion protein  23.82 
 
 
351 aa  83.2  0.000000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.860226  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3102  AcrA/AcrE family protein  26.39 
 
 
337 aa  83.2  0.000000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1389  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.62 
 
 
374 aa  82.8  0.000000000000009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0206  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.49 
 
 
386 aa  82.8  0.000000000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1234  RND family efflux transporter MFP subunit  29.27 
 
 
359 aa  81.3  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  33.91 
 
 
504 aa  81.3  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2543  secretion protein HlyD  25.91 
 
 
471 aa  80.9  0.00000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.467529  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1267  RND family efflux transporter MFP subunit  24.64 
 
 
355 aa  80.9  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3297  secretion protein HlyD  28.79 
 
 
418 aa  80.5  0.00000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1394  RND family efflux transporter MFP subunit  26.18 
 
 
337 aa  79.7  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000175067  unclonable  0.0000000000192575 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2439  RND family efflux transporter MFP subunit  27.8 
 
 
338 aa  79  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000111994  hitchhiker  0.00120392 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1700  secretion protein HlyD  24.78 
 
 
417 aa  78.2  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.696744  normal  0.370784 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  25.15 
 
 
395 aa  77.4  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2213  secretion protein HlyD  27.8 
 
 
407 aa  77  0.0000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1459  RND family efflux transporter MFP subunit  25.91 
 
 
337 aa  77  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000143957  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1870  secretion protein HlyD  25.57 
 
 
427 aa  76.6  0.0000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  24.56 
 
 
407 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2473  RND family efflux transporter MFP subunit  24.38 
 
 
340 aa  76.6  0.0000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000483953  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5559  secretion protein HlyD  26.79 
 
 
366 aa  76.6  0.0000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.14 
 
 
456 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4180  RND family efflux transporter MFP subunit  26.79 
 
 
366 aa  75.5  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.249201  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  25.13 
 
 
399 aa  75.1  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  24.1 
 
 
376 aa  75.1  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1447  RND family efflux transporter MFP subunit  25.63 
 
 
337 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000819965  unclonable  0.000000000091848 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.78 
 
 
407 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3430  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.11 
 
 
376 aa  74.3  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.516107  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1184  secretion protein HlyD  38.64 
 
 
396 aa  74.3  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  25.82 
 
 
354 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.41 
 
 
377 aa  73.9  0.000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3128  secretion protein HlyD  33.53 
 
 
370 aa  73.6  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000130607  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1621  secretion protein HlyD  24.21 
 
 
407 aa  73.9  0.000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  29.35 
 
 
368 aa  73.6  0.000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  23.53 
 
 
368 aa  73.2  0.000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1818  RND family efflux transporter MFP subunit  25.84 
 
 
352 aa  73.2  0.000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000224471  normal  0.900766 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2447  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.65 
 
 
462 aa  73.2  0.000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2041  RND family mulitdrug efflux protein  28.15 
 
 
374 aa  73.2  0.000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.527576 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1586  secretion protein HlyD family protein  24.42 
 
 
328 aa  72.8  0.000000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.125031  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.46 
 
 
356 aa  72.8  0.000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.57 
 
 
465 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  25.94 
 
 
354 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1048  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.12 
 
 
367 aa  72.4  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0768467 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  24.69 
 
 
354 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5381  RND family efflux transporter MFP subunit  33.53 
 
 
364 aa  71.6  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.996751  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  35.32 
 
 
517 aa  71.6  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  25.94 
 
 
354 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2820  RND family efflux transporter MFP subunit  24.14 
 
 
363 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  0.368522 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0059  RND family efflux transporter MFP subunit  25.98 
 
 
411 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.94 
 
 
354 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4658  secretion protein HlyD  32.56 
 
 
478 aa  71.6  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.211901 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0916  efflux transporter  26.57 
 
 
396 aa  71.6  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.987196  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1311  HlyD family secretion protein  25.68 
 
 
357 aa  71.6  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  24.43 
 
 
348 aa  71.6  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  25.94 
 
 
354 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.6 
 
 
384 aa  72  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  30.26 
 
 
360 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.5 
 
 
355 aa  71.2  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  27.14 
 
 
365 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0775  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.09 
 
 
479 aa  71.2  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3301  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.19 
 
 
366 aa  70.9  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  28.65 
 
 
354 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  23.77 
 
 
367 aa  70.9  0.00000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  26.86 
 
 
472 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  25.31 
 
 
354 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  24.61 
 
 
358 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>