More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3852 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 365 aa  698    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3936  efflux transporter, RND family, MFP subunit  95.07 
 
 		 365 aa  619  1e-176  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117548 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0392  RND family efflux transporter MFP subunit  55.31 
 
 		 370 aa  355  5e-97  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  52.69 
 
 		 371 aa  347  2e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.4 
 
 		 376 aa  344  2e-93  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3128  secretion protein HlyD  55.95 
 
 		 370 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000130607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.21 
 
 		 388 aa  186  6e-46  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1389  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.19 
 
 		 374 aa  182  1e-44  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4180  RND family efflux transporter MFP subunit  36.96 
 
 		 366 aa  171  3e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.249201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5559  secretion protein HlyD  36.39 
 
 		 366 aa  166  5e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  30.73 
 
 		 373 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0549  secretion protein HlyD  34.63 
 
 		 407 aa  154  2e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.3 
 
 		 377 aa  152  1e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0206  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.17 
 
 		 386 aa  146  6e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.86 
 
 		 360 aa  139  7e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.86 
 
 		 360 aa  139  7e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.22 
 
 		 442 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.04 
 
 		 377 aa  138  2e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3379  RND family efflux transporter MFP subunit  32.29 
 
 		 409 aa  133  5e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.189038 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  28.61 
 
 		 376 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.77 
 
 		 349 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3056  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.91 
 
 		 395 aa  125  9e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0321  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.58 
 
 		 386 aa  124  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.89 
 
 		 380 aa  124  3e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0605754  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  33.23 
 
 		 379 aa  124  4e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.04 
 
 		 353 aa  123  5e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.104068  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0583  HlyD family secretion protein  31.53 
 
 		 334 aa  122  9e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2794  RND family efflux transporter MFP subunit  29.22 
 
 		 337 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190782  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  29.59 
 
 		 421 aa  120  3e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.9 
 
 		 337 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000223326  hitchhiker  0.000000000135699 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2774  RND family efflux transporter MFP subunit  29.04 
 
 		 337 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000348854  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0664  RND family efflux transporter MFP subunit  26.56 
 
 		 342 aa  117  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.295272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  29.52 
 
 		 451 aa  117  1.9999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2869  RND family efflux transporter MFP subunit  28.9 
 
 		 337 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000418866  normal  0.697235 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0878  secretion protein HlyD  29.34 
 
 		 263 aa  115  7.999999999999999e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0949246  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1967  RND family efflux transporter MFP subunit  28.82 
 
 		 391 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0310111  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3102  AcrA/AcrE family protein  27.92 
 
 		 337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.46 
 
 		 354 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2097  RND family efflux transporter MFP subunit  28.82 
 
 		 391 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.902105  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2473  RND family efflux transporter MFP subunit  26.95 
 
 		 340 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000483953  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1394  RND family efflux transporter MFP subunit  27.92 
 
 		 337 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000175067  unclonable  0.0000000000192575 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5381  RND family efflux transporter MFP subunit  30.28 
 
 		 364 aa  114  4.0000000000000004e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.996751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2396  secretion protein HlyD  34.88 
 
 		 346 aa  112  9e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1459  RND family efflux transporter MFP subunit  27.6 
 
 		 337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000143957  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1234  RND family efflux transporter MFP subunit  27.87 
 
 		 359 aa  111  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.78 
 
 		 375 aa  111  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.37122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1447  RND family efflux transporter MFP subunit  27.6 
 
 		 337 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000819965  unclonable  0.000000000091848 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  27.32 
 
 		 357 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0031  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.04 
 
 		 392 aa  110  3e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000323168  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  26.02 
 
 		 410 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000105  membrane-fusion protein  31.25 
 
 		 351 aa  111  3e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.860226  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2153  HlyD family secretion protein  33.23 
 
 		 359 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0059  RND family efflux transporter MFP subunit  31.54 
 
 		 411 aa  110  5e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2827  RND family efflux transporter MFP subunit  30.23 
 
 		 352 aa  110  6e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00918161  hitchhiker  0.00100699 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14330  Secretion protein HlyD family  29.14 
 
 		 401 aa  109  7.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774042  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1455  RND family efflux transporter MFP subunit  30.03 
 
 		 345 aa  108  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  28.84 
 
 		 366 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.18 
 
 		 379 aa  107  4e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  27.5 
 
 		 362 aa  106  6e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000256578  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4493  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.03 
 
 		 367 aa  106  7e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.612872 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2492  RND family efflux transporter subunit MFP  29.37 
 
 		 437 aa  105  1e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.311613  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2181  AcrA/AcrE family protein  31.38 
 
 		 331 aa  105  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000164809  normal  0.0114896 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3248  RND family efflux transporter MFP subunit  30.53 
 
 		 375 aa  105  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000122145  hitchhiker  0.000539204 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  27.14 
 
 		 417 aa  104  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  27.69 
 
 		 366 aa  104  2e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0234  RND efflux membrane fusion protein precursor  30.62 
 
 		 367 aa  105  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  28.22 
 
 		 367 aa  105  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01940  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  30.21 
 
 		 383 aa  104  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.34804 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1311  HlyD family secretion protein  30.29 
 
 		 357 aa  103  4e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1144  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.31 
 
 		 368 aa  103  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000422764  normal  0.160912 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4651  RND family efflux transporter MFP subunit  30.53 
 
 		 402 aa  103  5e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.611035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  26.95 
 
 		 360 aa  103  6e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.13 
 
 		 379 aa  103  6e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1476  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.32 
 
 		 366 aa  103  6e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.142053  normal  0.195363 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0816  RND family efflux transporter MFP subunit  31.71 
 
 		 385 aa  102  7e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  27.54 
 
 		 405 aa  103  7e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  30.16 
 
 		 418 aa  102  8e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0711  secretion protein HlyD  28.45 
 
 		 382 aa  102  9e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.577453  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1436  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.7 
 
 		 393 aa  102  1e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.32 
 
 		 372 aa  102  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  28.82 
 
 		 390 aa  101  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1615  RND family efflux transporter MFP subunit  26.64 
 
 		 347 aa  102  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000338384  decreased coverage  0.00000142207 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  28.37 
 
 		 353 aa  101  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  26.95 
 
 		 360 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.01 
 
 		 368 aa  100  3e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2514  acriflavin resistance protein B  27.07 
 
 		 371 aa  100  3e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.825279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2688  RND family efflux transporter MFP subunit  26.52 
 
 		 353 aa  100  3e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000261317  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  26.65 
 
 		 360 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.65 
 
 		 360 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  24.45 
 
 		 350 aa  100  5e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2481  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.02 
 
 		 367 aa  100  5e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  25.34 
 
 		 369 aa  99.8  6e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  27.64 
 
 		 369 aa  99.8  6e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.78 
 
 		 377 aa  99.8  6e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1309  efflux protein  29.97 
 
 		 364 aa  100  6e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  27.05 
 
 		 361 aa  99.8  7e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  28.18 
 
 		 369 aa  99.8  7e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.69 
 
 		 397 aa  99.8  7e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  28.18 
 
 		 369 aa  99.8  7e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.19 
 
 		 383 aa  99.4  9e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>