More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2396 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2396  secretion protein HlyD  100 
 
 		 346 aa  683    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.03 
 
 		 358 aa  247  3e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3344  secretion protein HlyD  44.81 
 
 		 333 aa  235  7e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.144623 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1394  RND family efflux transporter MFP subunit  38.58 
 
 		 337 aa  229  6e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000175067  unclonable  0.0000000000192575 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1447  RND family efflux transporter MFP subunit  37.96 
 
 		 337 aa  227  3e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000819965  unclonable  0.000000000091848 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1459  RND family efflux transporter MFP subunit  37.96 
 
 		 337 aa  225  8e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000143957  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.83 
 
 		 349 aa  224  2e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2827  RND family efflux transporter MFP subunit  43.66 
 
 		 352 aa  223  4.9999999999999996e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00918161  hitchhiker  0.00100699 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.19 
 
 		 354 aa  215  7e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3102  AcrA/AcrE family protein  38.75 
 
 		 337 aa  215  8e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0059  RND family efflux transporter MFP subunit  42.64 
 
 		 411 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.75 
 
 		 337 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000223326  hitchhiker  0.000000000135699 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2869  RND family efflux transporter MFP subunit  38.75 
 
 		 337 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000418866  normal  0.697235 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2473  RND family efflux transporter MFP subunit  37.37 
 
 		 340 aa  211  2e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000483953  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2794  RND family efflux transporter MFP subunit  38.75 
 
 		 337 aa  210  3e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190782  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2774  RND family efflux transporter MFP subunit  38.75 
 
 		 337 aa  208  1e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000348854  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0664  RND family efflux transporter MFP subunit  32.5 
 
 		 342 aa  202  8e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.295272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1615  RND family efflux transporter MFP subunit  36.52 
 
 		 347 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000338384  decreased coverage  0.00000142207 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0980  RND family efflux transporter MFP subunit  38.78 
 
 		 361 aa  200  3e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233971 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3761  secretion protein HlyD  40.76 
 
 		 364 aa  200  3.9999999999999996e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1818  RND family efflux transporter MFP subunit  38.05 
 
 		 352 aa  196  4.0000000000000005e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000224471  normal  0.900766 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2439  RND family efflux transporter MFP subunit  37.59 
 
 		 338 aa  194  2e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000111994  hitchhiker  0.00120392 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  35.33 
 
 		 362 aa  192  9e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000256578  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2181  AcrA/AcrE family protein  38.8 
 
 		 331 aa  191  2e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000164809  normal  0.0114896 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3743  RND family efflux transporter MFP subunit  37.86 
 
 		 374 aa  180  2.9999999999999997e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0583  HlyD family secretion protein  38.62 
 
 		 334 aa  176  5e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2688  RND family efflux transporter MFP subunit  34.97 
 
 		 353 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000261317  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1413  secretion protein HlyD  34.69 
 
 		 380 aa  168  2e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000766158  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1234  RND family efflux transporter MFP subunit  29.38 
 
 		 359 aa  148  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3936  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.42 
 
 		 365 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117548 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5559  secretion protein HlyD  33.57 
 
 		 366 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4180  RND family efflux transporter MFP subunit  33.22 
 
 		 366 aa  125  8.000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.249201  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000105  membrane-fusion protein  30.1 
 
 		 351 aa  123  4e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.860226  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.54 
 
 		 365 aa  123  5e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.51 
 
 		 360 aa  122  7e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.51 
 
 		 360 aa  122  7e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  32.14 
 
 		 371 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0549  secretion protein HlyD  31.29 
 
 		 407 aa  116  5e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1389  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.91 
 
 		 374 aa  115  8.999999999999998e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  31.96 
 
 		 379 aa  115  1.0000000000000001e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  25.53 
 
 		 373 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.27 
 
 		 376 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.88 
 
 		 388 aa  113  6e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  32.09 
 
 		 364 aa  113  6e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0392  RND family efflux transporter MFP subunit  34.15 
 
 		 370 aa  112  8.000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.82 
 
 		 356 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  28.85 
 
 		 356 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.83 
 
 		 377 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  30.03 
 
 		 351 aa  111  2.0000000000000002e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3248  RND family efflux transporter MFP subunit  26.85 
 
 		 375 aa  111  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000122145  hitchhiker  0.000539204 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.07 
 
 		 377 aa  109  5e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0206  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.63 
 
 		 386 aa  109  6e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  30.03 
 
 		 351 aa  109  6e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.39 
 
 		 379 aa  109  7.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000306136  normal  0.19553 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  29.33 
 
 		 370 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.87 
 
 		 442 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  31.11 
 
 		 368 aa  106  5e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  31.08 
 
 		 376 aa  106  7e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3128  secretion protein HlyD  31.48 
 
 		 370 aa  106  7e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000130607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5381  RND family efflux transporter MFP subunit  31.05 
 
 		 364 aa  105  8e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.996751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  30.92 
 
 		 366 aa  105  9e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.02 
 
 		 397 aa  105  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  29.69 
 
 		 478 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  29.69 
 
 		 478 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.76 
 
 		 380 aa  103  3e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0295  secretion protein HlyD  31.4 
 
 		 379 aa  103  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.438063  normal  0.535582 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  29.38 
 
 		 472 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1776  CmeA  26.84 
 
 		 379 aa  102  7e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000125677  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2408  secretion protein HlyD  29.08 
 
 		 404 aa  102  7e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000198894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0321  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.39 
 
 		 386 aa  102  9e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2153  HlyD family secretion protein  31.71 
 
 		 359 aa  102  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1741  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.3 
 
 		 381 aa  102  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1161  RND family efflux transporter MFP subunit  29.17 
 
 		 404 aa  101  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0203325  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 		 462 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267577  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4296  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 		 462 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.72 
 
 		 351 aa  101  2e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  26.28 
 
 		 357 aa  100  3e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.42 
 
 		 336 aa  100  5e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000138483  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  28.15 
 
 		 411 aa  100  5e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3414  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.81 
 
 		 1462 aa  99.8  6e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  29.15 
 
 		 360 aa  99  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  26.16 
 
 		 390 aa  99  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03141  putative resistance transmembrane protein  27.57 
 
 		 449 aa  99  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.704547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.07 
 
 		 353 aa  99  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.104068  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1161  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.38 
 
 		 376 aa  98.6  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.444348  normal  0.334679 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.7 
 
 		 405 aa  98.2  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.831389 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  28.48 
 
 		 380 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  29.81 
 
 		 369 aa  97.8  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.32 
 
 		 367 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  28.32 
 
 		 367 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3056  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.36 
 
 		 395 aa  97.8  3e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.68 
 
 		 380 aa  97.4  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1924  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.17 
 
 		 352 aa  97.4  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.896235 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  28.15 
 
 		 455 aa  97.4  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  26.28 
 
 		 359 aa  97.1  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  28.15 
 
 		 415 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  27.81 
 
 		 415 aa  96.7  5e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1515  RND family efflux transporter MFP subunit  28.88 
 
 		 405 aa  96.7  5e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  27.81 
 
 		 415 aa  96.7  5e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  28.15 
 
 		 415 aa  96.7  5e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>