More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1234 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1234  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 359 aa  723    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1389  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.87 
 
 		 374 aa  166  5e-40  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000105  membrane-fusion protein  28.88 
 
 		 351 aa  166  6.9999999999999995e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.860226  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0206  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.35 
 
 		 386 aa  158  1e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0549  secretion protein HlyD  31.12 
 
 		 407 aa  157  2e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3379  RND family efflux transporter MFP subunit  28.17 
 
 		 409 aa  147  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.189038 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2153  HlyD family secretion protein  28.69 
 
 		 359 aa  143  4e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  29.58 
 
 		 373 aa  135  9e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2396  secretion protein HlyD  28.99 
 
 		 346 aa  126  7e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.72 
 
 		 349 aa  125  8.000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0980  RND family efflux transporter MFP subunit  27.21 
 
 		 361 aa  117  3.9999999999999997e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233971 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1455  RND family efflux transporter MFP subunit  29.51 
 
 		 345 aa  117  3.9999999999999997e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.95 
 
 		 377 aa  116  6.9999999999999995e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.09 
 
 		 360 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.09 
 
 		 360 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.49 
 
 		 353 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.104068  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  25.77 
 
 		 370 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.87 
 
 		 358 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.6 
 
 		 388 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3344  secretion protein HlyD  29.82 
 
 		 333 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.144623 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5559  secretion protein HlyD  27.01 
 
 		 366 aa  110  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4180  RND family efflux transporter MFP subunit  27.36 
 
 		 366 aa  110  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.249201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1394  RND family efflux transporter MFP subunit  27.37 
 
 		 337 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000175067  unclonable  0.0000000000192575 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2439  RND family efflux transporter MFP subunit  27.09 
 
 		 338 aa  109  6e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000111994  hitchhiker  0.00120392 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1447  RND family efflux transporter MFP subunit  27.37 
 
 		 337 aa  109  6e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000819965  unclonable  0.000000000091848 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0664  RND family efflux transporter MFP subunit  27.72 
 
 		 342 aa  108  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.295272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.66 
 
 		 442 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1459  RND family efflux transporter MFP subunit  27.02 
 
 		 337 aa  107  4e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000143957  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0392  RND family efflux transporter MFP subunit  29.34 
 
 		 370 aa  106  5e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.2 
 
 		 376 aa  106  7e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.08 
 
 		 377 aa  106  7e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.158537  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0618  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  28.22 
 
 		 268 aa  104  2e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2827  RND family efflux transporter MFP subunit  27.54 
 
 		 352 aa  105  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00918161  hitchhiker  0.00100699 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3102  AcrA/AcrE family protein  26.51 
 
 		 337 aa  104  3e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0321  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.5 
 
 		 386 aa  103  4e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2181  AcrA/AcrE family protein  26.91 
 
 		 331 aa  101  3e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000164809  normal  0.0114896 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  27.11 
 
 		 369 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2774  RND family efflux transporter MFP subunit  25.69 
 
 		 337 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000348854  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2794  RND family efflux transporter MFP subunit  25.69 
 
 		 337 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190782  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  27.11 
 
 		 369 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  25.91 
 
 		 390 aa  100  4e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  26.21 
 
 		 380 aa  99.8  6e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3936  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.98 
 
 		 365 aa  99.8  6e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117548 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.69 
 
 		 337 aa  99.8  6e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000223326  hitchhiker  0.000000000135699 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.26 
 
 		 365 aa  99.8  7e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.48 
 
 		 388 aa  99.8  7e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0059  RND family efflux transporter MFP subunit  27.65 
 
 		 411 aa  99.4  8e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2869  RND family efflux transporter MFP subunit  25.69 
 
 		 337 aa  98.6  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000418866  normal  0.697235 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  26.84 
 
 		 396 aa  99  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  26.98 
 
 		 369 aa  99  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3265  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.01 
 
 		 404 aa  97.4  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0878  secretion protein HlyD  26.94 
 
 		 263 aa  96.7  6e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0949246  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3128  secretion protein HlyD  27.79 
 
 		 370 aa  95.9  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000130607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  26.39 
 
 		 361 aa  95.9  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3002  membrane-fusion protein, component of multidrug efflux system  28.4 
 
 		 367 aa  94.7  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2316  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.71 
 
 		 379 aa  94.4  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.144925 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.16 
 
 		 405 aa  94.7  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.831389 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1615  RND family efflux transporter MFP subunit  26.48 
 
 		 347 aa  94  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000338384  decreased coverage  0.00000142207 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2473  RND family efflux transporter MFP subunit  24.91 
 
 		 340 aa  94.4  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000483953  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1818  RND family efflux transporter MFP subunit  24.47 
 
 		 352 aa  94.4  3e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000224471  normal  0.900766 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  25.76 
 
 		 371 aa  94.4  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3761  secretion protein HlyD  29.17 
 
 		 364 aa  94  4e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2370  secretion protein HlyD  27.93 
 
 		 405 aa  93.6  5e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467489 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  27.11 
 
 		 369 aa  93.2  6e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0212  secretion protein HlyD  27.27 
 
 		 364 aa  92.8  8e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.59943 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.3 
 
 		 354 aa  92.8  9e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  26.9 
 
 		 403 aa  92.8  9e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1413  secretion protein HlyD  24.49 
 
 		 380 aa  92.4  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000766158  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3803  secretion protein HlyD  25.87 
 
 		 386 aa  91.3  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.545346  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 377 aa  91.3  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1361  HlyD family secretion protein  27.78 
 
 		 387 aa  90.5  4e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.70378  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  25.33 
 
 		 362 aa  90.5  4e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000256578  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  26.1 
 
 		 371 aa  90.5  4e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  26.96 
 
 		 349 aa  90.5  4e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  24.32 
 
 		 379 aa  88.6  1e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0583  HlyD family secretion protein  26.39 
 
 		 334 aa  88.6  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5381  RND family efflux transporter MFP subunit  25.07 
 
 		 364 aa  88.2  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.996751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1668  secretion protein HlyD  24.44 
 
 		 409 aa  88.2  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.223118  normal  0.732087 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  27.91 
 
 		 370 aa  87.8  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05965  hypothetical protein  30 
 
 		 357 aa  87.4  4e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.95 
 
 		 380 aa  86.7  6e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0605754  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2214  putative component of multidrug efflux system  26.74 
 
 		 368 aa  85.5  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.082194  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  27.13 
 
 		 370 aa  85.5  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  23.86 
 
 		 365 aa  85.5  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6178  RND family efflux transporter MFP subunit  27.55 
 
 		 367 aa  85.9  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.19288  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0954  RND family efflux transporter MFP subunit  26.9 
 
 		 371 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2162  RND family efflux transporter MFP subunit  26.9 
 
 		 371 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  26.9 
 
 		 371 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2688  RND family efflux transporter MFP subunit  25.09 
 
 		 353 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000261317  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1281  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.53 
 
 		 357 aa  84.7  0.000000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.036609  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4902  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.92 
 
 		 368 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3325  RND family efflux transporter MFP subunit  26.05 
 
 		 412 aa  84  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2213  secretion protein HlyD  26.52 
 
 		 407 aa  84  0.000000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  26.23 
 
 		 405 aa  84  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1731  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.07 
 
 		 402 aa  84  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  24.83 
 
 		 392 aa  83.6  0.000000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  25.28 
 
 		 366 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  26.18 
 
 		 376 aa  83.2  0.000000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3056  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.38 
 
 		 395 aa  83.2  0.000000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.08 
 
 		 510 aa  83.2  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>