More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1906 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  100 
 
 		 361 aa  725    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  66.86 
 
 		 360 aa  481  1e-135  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  68.75 
 
 		 361 aa  456  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  66.27 
 
 		 360 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  65.97 
 
 		 360 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1851  RND family efflux transporter MFP subunit  66.38 
 
 		 361 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000181813  hitchhiker  0.00565244 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  65.97 
 
 		 360 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  66.96 
 
 		 360 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  66.96 
 
 		 360 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  61.33 
 
 		 385 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000232808  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  65.97 
 
 		 360 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  65.97 
 
 		 360 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  66.96 
 
 		 360 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  65.38 
 
 		 361 aa  447  1e-125  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  65.28 
 
 		 361 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  62.97 
 
 		 360 aa  434  1e-121  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.33 
 
 		 355 aa  288  1e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  41.16 
 
 		 354 aa  259  4e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  40.96 
 
 		 349 aa  246  4e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  40.62 
 
 		 353 aa  228  9e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  41.85 
 
 		 375 aa  226  4e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01922  RND efflux membrane fusion protein  40.98 
 
 		 318 aa  225  9e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  40.39 
 
 		 376 aa  224  1e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.44 
 
 		 368 aa  223  3e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  39.53 
 
 		 392 aa  221  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  37.91 
 
 		 374 aa  216  5e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2322  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.69 
 
 		 371 aa  212  7e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0437768 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3081  RND family efflux transporter MFP subunit  38.94 
 
 		 371 aa  205  9e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1963  putative secretion protein, HlyD family  35.16 
 
 		 390 aa  189  5e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000072673  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  37.9 
 
 		 354 aa  188  1e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.57 
 
 		 388 aa  187  3e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  35.2 
 
 		 369 aa  186  8e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  33.24 
 
 		 375 aa  183  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  32.96 
 
 		 376 aa  184  3e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  33.98 
 
 		 417 aa  182  6e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  36.36 
 
 		 360 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  35.96 
 
 		 366 aa  181  2e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  32.77 
 
 		 390 aa  179  5.999999999999999e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  33.54 
 
 		 369 aa  179  7e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  33.54 
 
 		 369 aa  179  8e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.54 
 
 		 369 aa  179  8e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  34.65 
 
 		 350 aa  178  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  33.54 
 
 		 369 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  35.17 
 
 		 381 aa  177  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2001  secretion protein HlyD  33.33 
 
 		 375 aa  176  4e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.167131  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  33.65 
 
 		 352 aa  176  6e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  31.53 
 
 		 382 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0472  secretion protein HlyD  31.19 
 
 		 359 aa  172  5.999999999999999e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.000402153  normal  0.138011 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  32.84 
 
 		 372 aa  172  9e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  32.94 
 
 		 370 aa  171  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.143794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  32.94 
 
 		 373 aa  170  4e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000335121  normal  0.257402 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3483  HlyD family secretion protein  31.44 
 
 		 369 aa  169  5e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  31.53 
 
 		 382 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  32.84 
 
 		 364 aa  169  5e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  31.53 
 
 		 406 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  29.45 
 
 		 365 aa  169  6e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 370 aa  169  6e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  32.08 
 
 		 382 aa  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  32.55 
 
 		 370 aa  168  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000311518  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1030  RND family efflux transporter MFP subunit  29.04 
 
 		 365 aa  162  6e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0364  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.32 
 
 		 362 aa  162  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  35.08 
 
 		 365 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  33.12 
 
 		 340 aa  160  4e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.86 
 
 		 380 aa  159  7e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1969  RND family efflux transporter MFP subunit  34.37 
 
 		 418 aa  159  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.728278 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1266  RND family efflux transporter MFP subunit  32.68 
 
 		 371 aa  157  3e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000032302  hitchhiker  0.00027333 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2064  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.43 
 
 		 365 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3679  RND family efflux transporter MFP subunit  34.43 
 
 		 365 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  31.2 
 
 		 351 aa  155  8e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  31.86 
 
 		 348 aa  154  2e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  30.88 
 
 		 351 aa  154  2.9999999999999998e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.28 
 
 		 357 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1021  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.33 
 
 		 390 aa  152  7e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0159772  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.49 
 
 		 362 aa  151  2e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1365  RND family efflux transporter MFP subunit  33.54 
 
 		 370 aa  150  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000256097  hitchhiker  0.000707959 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  32.8 
 
 		 365 aa  149  8e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  32.8 
 
 		 365 aa  149  8e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  32.8 
 
 		 365 aa  149  8e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  32.8 
 
 		 365 aa  149  8e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  32.8 
 
 		 365 aa  149  8e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.48 
 
 		 368 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  28.76 
 
 		 365 aa  147  3e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  32.48 
 
 		 365 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  32.48 
 
 		 365 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  30.57 
 
 		 365 aa  145  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  30.23 
 
 		 366 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.37 
 
 		 363 aa  144  2e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.37 
 
 		 363 aa  144  2e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30 
 
 		 370 aa  143  4e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2174  RND family efflux transporter MFP subunit  28.42 
 
 		 394 aa  143  4e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.290725  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5576  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.23 
 
 		 353 aa  143  5e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  31.13 
 
 		 434 aa  142  8e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  28.9 
 
 		 376 aa  142  8e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  30.95 
 
 		 397 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1089  hypothetical protein  29.23 
 
 		 382 aa  140  3e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2939  RND family efflux transporter MFP subunit  27.62 
 
 		 352 aa  139  4.999999999999999e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0067677  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01700  RND family efflux system membrane fusion protein  30.17 
 
 		 328 aa  140  4.999999999999999e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3829  secretion protein HlyD  32.42 
 
 		 387 aa  139  6e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.192626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  29.65 
 
 		 381 aa  139  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  29.53 
 
 		 373 aa  137  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.347653 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>