More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3679 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2064  efflux transporter, RND family, MFP subunit  99.73 
 
 
365 aa  712    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3679  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 
365 aa  714    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  94.52 
 
 
365 aa  625  1e-178  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0892  RND efflux membrane fusion protein precursor  53.74 
 
 
370 aa  347  1e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09530  RND efflux membrane fusion protein precursor  53.59 
 
 
370 aa  323  3e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  43.56 
 
 
366 aa  241  1e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.03 
 
 
356 aa  226  4e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0623416  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  40.76 
 
 
397 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  39.81 
 
 
397 aa  216  5e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2700  secretion protein HlyD  39.22 
 
 
403 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2846  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  42.04 
 
 
396 aa  211  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  39.49 
 
 
397 aa  210  3e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  39.08 
 
 
403 aa  209  6e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.06 
 
 
397 aa  207  3e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.54 
 
 
372 aa  206  4e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  41 
 
 
365 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  41 
 
 
365 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  41 
 
 
365 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  41 
 
 
365 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  41 
 
 
365 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  41 
 
 
365 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  41 
 
 
365 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  40.48 
 
 
365 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.53 
 
 
380 aa  200  3.9999999999999996e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  40.96 
 
 
360 aa  195  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  39.02 
 
 
365 aa  193  3e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  37.43 
 
 
372 aa  191  2e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2738  putative RND efflux membrane fusion protein  38.73 
 
 
371 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254191  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  38.05 
 
 
381 aa  189  5e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  38.94 
 
 
382 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  36.09 
 
 
382 aa  189  7e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  39.34 
 
 
376 aa  186  4e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  37.95 
 
 
382 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  37.31 
 
 
376 aa  185  9e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  39.31 
 
 
366 aa  185  9e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  37.95 
 
 
406 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5959  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.76 
 
 
383 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.42426  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  38.11 
 
 
365 aa  182  5.0000000000000004e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  37.76 
 
 
381 aa  181  1e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0091  RND family efflux transporter MFP subunit  34.92 
 
 
394 aa  182  1e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.666427  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  36.13 
 
 
369 aa  181  2e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  33.52 
 
 
372 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  37.08 
 
 
377 aa  179  5.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  35.69 
 
 
372 aa  177  3e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  36.21 
 
 
380 aa  177  3e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  40.27 
 
 
376 aa  177  4e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1989  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 
379 aa  176  6e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.58 
 
 
363 aa  176  7e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.58 
 
 
363 aa  176  7e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  32.9 
 
 
372 aa  176  8e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3268  HlyD family secretion protein  36.01 
 
 
372 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.98 
 
 
370 aa  175  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  32.89 
 
 
372 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  35.31 
 
 
368 aa  173  2.9999999999999996e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  36.33 
 
 
368 aa  173  5e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  36.54 
 
 
383 aa  173  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  35 
 
 
367 aa  172  9e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  33.98 
 
 
373 aa  172  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.26 
 
 
368 aa  171  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  34.21 
 
 
372 aa  170  3e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1023  RND family efflux transporter MFP subunit  36.91 
 
 
378 aa  170  3e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.866452  normal  0.121232 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  35.28 
 
 
375 aa  169  6e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2952  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.59 
 
 
374 aa  169  6e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1710  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.99 
 
 
377 aa  169  6e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  35.93 
 
 
376 aa  169  6e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  36.8 
 
 
434 aa  169  8e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7712  RND family efflux transporter MFP subunit  36.64 
 
 
383 aa  168  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1637  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.69 
 
 
377 aa  167  2e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  33.81 
 
 
390 aa  167  2.9999999999999998e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.88 
 
 
387 aa  166  4e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00241764 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  33.67 
 
 
368 aa  167  4e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  31.79 
 
 
372 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3475  secretion protein HlyD-like protein  34.2 
 
 
373 aa  163  4.0000000000000004e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.555415 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.76 
 
 
388 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0787  hypothetical protein  32.11 
 
 
420 aa  162  7e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3371  secretion protein HlyD  37.35 
 
 
370 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.165029  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0758  hypothetical protein  31.62 
 
 
420 aa  161  2e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  34.43 
 
 
361 aa  157  3e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  36.2 
 
 
467 aa  155  8e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  32.32 
 
 
417 aa  155  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1089  hypothetical protein  32.04 
 
 
382 aa  153  5e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  33.71 
 
 
364 aa  152  5.9999999999999996e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.43 
 
 
362 aa  149  7e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2174  RND family efflux transporter MFP subunit  30.09 
 
 
394 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.290725  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  34.63 
 
 
349 aa  146  5e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  33.44 
 
 
360 aa  146  7.0000000000000006e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2619  RND family efflux transporter MFP subunit  31.14 
 
 
405 aa  145  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  34.48 
 
 
374 aa  145  1e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  32.21 
 
 
392 aa  144  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.5 
 
 
357 aa  144  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.21 
 
 
355 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  33.45 
 
 
351 aa  142  8e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.78 
 
 
369 aa  142  8e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  29.78 
 
 
369 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  33.1 
 
 
351 aa  141  9.999999999999999e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  29.78 
 
 
369 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  35.24 
 
 
415 aa  140  3e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3483  HlyD family secretion protein  30.88 
 
 
369 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0110  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.17 
 
 
360 aa  140  3.9999999999999997e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0109  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.17 
 
 
360 aa  140  3.9999999999999997e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>