More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1851 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1851  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 361 aa  726    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000181813  hitchhiker  0.00565244 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  73.96 
 
 		 360 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  75.5 
 
 		 361 aa  525  1e-148  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  72.48 
 
 		 361 aa  484  1e-136  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  68.31 
 
 		 360 aa  483  1e-135  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  68.31 
 
 		 360 aa  483  1e-135  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  68.62 
 
 		 360 aa  482  1e-135  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  66.38 
 
 		 361 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  69.75 
 
 		 360 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  69.23 
 
 		 361 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  68.21 
 
 		 360 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  68.21 
 
 		 360 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  68.21 
 
 		 360 aa  457  1e-127  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  68.21 
 
 		 360 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  62.89 
 
 		 385 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000232808  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  61.45 
 
 		 360 aa  425  1e-118  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.64 
 
 		 355 aa  275  7e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  41.38 
 
 		 354 aa  264  1e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  41.06 
 
 		 349 aa  257  2e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.57 
 
 		 368 aa  235  1.0000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  42.9 
 
 		 353 aa  234  2.0000000000000002e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  37.21 
 
 		 392 aa  231  2e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01922  RND efflux membrane fusion protein  43 
 
 		 318 aa  229  4e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  40.51 
 
 		 375 aa  227  3e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  37.22 
 
 		 376 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2322  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.94 
 
 		 371 aa  211  1e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0437768 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3081  RND family efflux transporter MFP subunit  39.6 
 
 		 371 aa  208  9e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  35.03 
 
 		 374 aa  203  3e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.72 
 
 		 369 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  33.72 
 
 		 369 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  33.72 
 
 		 369 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  33.43 
 
 		 369 aa  194  3e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  37.7 
 
 		 369 aa  192  6e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  34.21 
 
 		 372 aa  191  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  35.99 
 
 		 350 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1030  RND family efflux transporter MFP subunit  32.18 
 
 		 365 aa  189  5e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1963  putative secretion protein, HlyD family  33.91 
 
 		 390 aa  189  7e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000072673  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3483  HlyD family secretion protein  33.33 
 
 		 369 aa  188  1e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  34.94 
 
 		 364 aa  187  3e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  35.94 
 
 		 366 aa  186  7e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  33.92 
 
 		 390 aa  183  3e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  33.44 
 
 		 370 aa  182  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.143794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  34.31 
 
 		 370 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  34.31 
 
 		 373 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000335121  normal  0.257402 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  30.85 
 
 		 382 aa  179  9e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  34.41 
 
 		 352 aa  178  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  32.58 
 
 		 417 aa  176  5e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  32.65 
 
 		 381 aa  176  8e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  31.11 
 
 		 406 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  30.56 
 
 		 382 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  38.83 
 
 		 354 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1266  RND family efflux transporter MFP subunit  35.45 
 
 		 371 aa  169  7e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000032302  hitchhiker  0.00027333 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  32.32 
 
 		 382 aa  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  32.53 
 
 		 370 aa  168  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000311518  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.46 
 
 		 388 aa  168  1e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  30.28 
 
 		 375 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0364  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.18 
 
 		 362 aa  166  5e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  30.56 
 
 		 376 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.86 
 
 		 362 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1365  RND family efflux transporter MFP subunit  34.08 
 
 		 370 aa  160  4e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000256097  hitchhiker  0.000707959 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01700  RND family efflux system membrane fusion protein  33.11 
 
 		 328 aa  158  1e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0472  secretion protein HlyD  30.19 
 
 		 359 aa  157  2e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.000402153  normal  0.138011 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  32.59 
 
 		 340 aa  155  8e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  31.51 
 
 		 360 aa  155  9e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5137  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.82 
 
 		 367 aa  155  1e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  29.37 
 
 		 365 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  30.91 
 
 		 365 aa  154  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1969  RND family efflux transporter MFP subunit  33.55 
 
 		 418 aa  152  1e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.728278 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2001  secretion protein HlyD  30.54 
 
 		 375 aa  151  2e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.167131  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2738  putative RND efflux membrane fusion protein  31.4 
 
 		 371 aa  150  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254191  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  32.6 
 
 		 467 aa  149  6e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.47 
 
 		 357 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1021  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.59 
 
 		 390 aa  147  3e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0159772  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.08 
 
 		 380 aa  147  4.0000000000000006e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2174  RND family efflux transporter MFP subunit  29.81 
 
 		 394 aa  145  9e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.290725  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  29.5 
 
 		 415 aa  145  1e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3362  RND family efflux transporter MFP subunit  32.7 
 
 		 358 aa  144  2e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.02 
 
 		 387 aa  143  4e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00241764 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  30.94 
 
 		 366 aa  143  5e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 		 363 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 		 363 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  29.25 
 
 		 380 aa  141  1.9999999999999998e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.48 
 
 		 370 aa  140  3e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  27.54 
 
 		 366 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  31.41 
 
 		 434 aa  139  7e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  30.53 
 
 		 351 aa  139  7.999999999999999e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1089  hypothetical protein  29.6 
 
 		 382 aa  139  8.999999999999999e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5851  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.71 
 
 		 369 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.834667 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  30.22 
 
 		 351 aa  138  2e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  30.62 
 
 		 365 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  30.62 
 
 		 365 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  30.62 
 
 		 365 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  30.62 
 
 		 365 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  30.62 
 
 		 365 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  27.3 
 
 		 372 aa  136  5e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  30.69 
 
 		 365 aa  135  8e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  30.69 
 
 		 365 aa  135  8e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  28.48 
 
 		 369 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  32.9 
 
 		 365 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.12 
 
 		 372 aa  134  3e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>