More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_1554 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 
363 aa  735    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 
363 aa  735    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  41.69 
 
 
380 aa  289  6e-77  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  42.9 
 
 
376 aa  280  3e-74  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.5 
 
 
380 aa  278  1e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2738  putative RND efflux membrane fusion protein  38.78 
 
 
371 aa  261  1e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254191  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  40.5 
 
 
397 aa  256  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  41.05 
 
 
376 aa  256  4e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  37.71 
 
 
373 aa  256  4e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  40.83 
 
 
366 aa  256  6e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  36.13 
 
 
381 aa  256  6e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  40.62 
 
 
365 aa  254  2.0000000000000002e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  41.13 
 
 
369 aa  253  5.000000000000001e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  38.7 
 
 
365 aa  250  3e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  41.64 
 
 
372 aa  249  6e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.71 
 
 
372 aa  248  9e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  39.77 
 
 
376 aa  246  4e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0758  hypothetical protein  34.72 
 
 
420 aa  241  1e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0787  hypothetical protein  34.72 
 
 
420 aa  241  2e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2846  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  41.24 
 
 
396 aa  239  4e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2700  secretion protein HlyD  40.67 
 
 
403 aa  239  6.999999999999999e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  39.02 
 
 
382 aa  238  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  36.86 
 
 
375 aa  238  1e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  39.47 
 
 
397 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  38.15 
 
 
381 aa  237  3e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5959  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.83 
 
 
383 aa  236  6e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.42426  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0109  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.27 
 
 
360 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0110  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.27 
 
 
360 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.81 
 
 
387 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00241764 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  37.78 
 
 
383 aa  233  3e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  40.61 
 
 
377 aa  233  5e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  38.87 
 
 
397 aa  233  5e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  36.41 
 
 
368 aa  232  7.000000000000001e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  36.24 
 
 
376 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1989  RND family efflux transporter MFP subunit  36.55 
 
 
379 aa  230  3e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3371  secretion protein HlyD  38.84 
 
 
370 aa  229  4e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.165029  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  36.19 
 
 
382 aa  229  5e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3475  secretion protein HlyD-like protein  34.08 
 
 
373 aa  229  5e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.555415 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  38.1 
 
 
372 aa  229  6e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  39.55 
 
 
403 aa  228  1e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  35.64 
 
 
406 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.57 
 
 
370 aa  227  2e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  36.19 
 
 
382 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.98 
 
 
397 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  35.75 
 
 
367 aa  225  8e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7712  RND family efflux transporter MFP subunit  36.11 
 
 
383 aa  223  3e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  35.85 
 
 
368 aa  223  3e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0091  RND family efflux transporter MFP subunit  37.11 
 
 
394 aa  223  4e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.666427  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  34.17 
 
 
368 aa  221  9.999999999999999e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  32.77 
 
 
372 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 
372 aa  217  2e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1637  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.94 
 
 
377 aa  217  2.9999999999999998e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1710  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.98 
 
 
377 aa  216  7e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  33.24 
 
 
372 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3268  HlyD family secretion protein  32.49 
 
 
372 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2952  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.91 
 
 
374 aa  211  1e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1089  hypothetical protein  36.93 
 
 
382 aa  211  2e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1023  RND family efflux transporter MFP subunit  38.48 
 
 
378 aa  209  7e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.866452  normal  0.121232 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  31.65 
 
 
372 aa  207  2e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  32.21 
 
 
372 aa  207  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2174  RND family efflux transporter MFP subunit  35.36 
 
 
394 aa  204  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.290725  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  34 
 
 
365 aa  196  6e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  34 
 
 
365 aa  196  6e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  34 
 
 
365 aa  196  6e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  34 
 
 
365 aa  196  6e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  34 
 
 
365 aa  196  6e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  34 
 
 
365 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  34 
 
 
365 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  34.38 
 
 
365 aa  195  9e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2619  RND family efflux transporter MFP subunit  32.49 
 
 
405 aa  188  1e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0892  RND efflux membrane fusion protein precursor  38.54 
 
 
370 aa  185  8e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  33.54 
 
 
360 aa  182  7e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  32.6 
 
 
374 aa  182  9.000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.24 
 
 
388 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  36.91 
 
 
365 aa  179  9e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2064  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.58 
 
 
365 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.64 
 
 
368 aa  176  8e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3679  RND family efflux transporter MFP subunit  36.58 
 
 
365 aa  176  8e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  31.82 
 
 
366 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  32.18 
 
 
351 aa  170  4e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  30.81 
 
 
390 aa  170  4e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  32.06 
 
 
376 aa  169  5e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  35.53 
 
 
392 aa  169  8e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09530  RND efflux membrane fusion protein precursor  38.22 
 
 
370 aa  169  9e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  31.9 
 
 
351 aa  168  1e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2802  multidrug/cation efflux pump, membrane fusion protein subunit  34.26 
 
 
391 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1497  RND family efflux transporter MFP subunit  34.26 
 
 
391 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0655249  normal  0.432966 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  31.34 
 
 
360 aa  166  5e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  31.23 
 
 
354 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0614  membrane fusion protein  30.3 
 
 
404 aa  164  2.0000000000000002e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1154  RND family efflux transporter MFP subunit  34.08 
 
 
375 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.504084  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  30.6 
 
 
375 aa  163  4.0000000000000004e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  32 
 
 
348 aa  162  6e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  30.37 
 
 
349 aa  160  3e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.15 
 
 
362 aa  159  6e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  30.14 
 
 
360 aa  159  8e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  30.15 
 
 
361 aa  159  9e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1050  hypothetical protein  31 
 
 
328 aa  158  1e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1969  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 
418 aa  159  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.728278 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  30.09 
 
 
360 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>