More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1737 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  100 
 
 
360 aa  719    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  66.95 
 
 
385 aa  480  1e-134  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000232808  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  66.67 
 
 
360 aa  462  1e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  65.63 
 
 
360 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  66.19 
 
 
360 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  66.19 
 
 
360 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  64.86 
 
 
360 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  64.43 
 
 
361 aa  450  1e-125  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  64.86 
 
 
360 aa  451  1e-125  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  64.86 
 
 
360 aa  451  1e-125  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  64.57 
 
 
360 aa  449  1e-125  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  64.49 
 
 
361 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  64.39 
 
 
361 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  62.67 
 
 
361 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  61.9 
 
 
360 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1851  RND family efflux transporter MFP subunit  61.06 
 
 
361 aa  410  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000181813  hitchhiker  0.00565244 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.28 
 
 
355 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  36.98 
 
 
354 aa  227  3e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.79 
 
 
368 aa  226  5.0000000000000005e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  39.05 
 
 
349 aa  226  6e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  38.33 
 
 
353 aa  225  9e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  38.44 
 
 
392 aa  219  7e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  35.71 
 
 
375 aa  216  4e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  34.81 
 
 
376 aa  210  3e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01922  RND efflux membrane fusion protein  38.68 
 
 
318 aa  203  5e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  34.1 
 
 
364 aa  193  4e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  34.2 
 
 
374 aa  192  8e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2322  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.42 
 
 
371 aa  189  5.999999999999999e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0437768 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3081  RND family efflux transporter MFP subunit  38.28 
 
 
371 aa  187  3e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153012  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  32.56 
 
 
390 aa  185  1.0000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  33.54 
 
 
369 aa  183  4.0000000000000006e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1963  putative secretion protein, HlyD family  32.7 
 
 
390 aa  181  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000072673  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  36.43 
 
 
354 aa  179  9e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  33.44 
 
 
350 aa  177  2e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0472  secretion protein HlyD  29.74 
 
 
359 aa  174  1.9999999999999998e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.000402153  normal  0.138011 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  33.43 
 
 
381 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  32.48 
 
 
360 aa  170  4e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  32.07 
 
 
369 aa  170  4e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.07 
 
 
369 aa  169  5e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  32.07 
 
 
369 aa  169  5e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  32.07 
 
 
369 aa  169  7e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3483  HlyD family secretion protein  31.91 
 
 
369 aa  167  2e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  31.07 
 
 
417 aa  167  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  32.63 
 
 
376 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  30.85 
 
 
406 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  30.73 
 
 
382 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 
340 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  31.13 
 
 
382 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  28.37 
 
 
365 aa  163  4.0000000000000004e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  31.56 
 
 
352 aa  162  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  32.02 
 
 
375 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  30.61 
 
 
372 aa  159  9e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  30.99 
 
 
366 aa  158  1e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  30.82 
 
 
382 aa  157  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2001  secretion protein HlyD  28.61 
 
 
375 aa  157  3e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.167131  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  31.43 
 
 
370 aa  157  4e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.143794  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.42 
 
 
388 aa  156  6e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  31.43 
 
 
373 aa  155  8e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000335121  normal  0.257402 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  31.43 
 
 
370 aa  155  9e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120074  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  31.25 
 
 
370 aa  154  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000311518  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  31.01 
 
 
351 aa  154  2.9999999999999998e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1266  RND family efflux transporter MFP subunit  33.68 
 
 
371 aa  153  4e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000032302  hitchhiker  0.00027333 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1365  RND family efflux transporter MFP subunit  32.93 
 
 
370 aa  153  5e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000256097  hitchhiker  0.000707959 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  30.72 
 
 
351 aa  152  7e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  30.52 
 
 
365 aa  152  1e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1030  RND family efflux transporter MFP subunit  29.34 
 
 
365 aa  150  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  30.64 
 
 
415 aa  148  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.29 
 
 
362 aa  146  6e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  29.54 
 
 
376 aa  144  2e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  29.36 
 
 
381 aa  144  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5137  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.32 
 
 
367 aa  144  3e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  31.4 
 
 
376 aa  143  6e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2174  RND family efflux transporter MFP subunit  28.03 
 
 
394 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.290725  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5576  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.24 
 
 
353 aa  140  3e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.36 
 
 
351 aa  138  1e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1089  hypothetical protein  27.45 
 
 
382 aa  137  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.97 
 
 
372 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.65 
 
 
380 aa  137  3.0000000000000003e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  29.56 
 
 
366 aa  137  4e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  30.82 
 
 
467 aa  136  7.000000000000001e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  29.79 
 
 
372 aa  136  7.000000000000001e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1969  RND family efflux transporter MFP subunit  29.87 
 
 
418 aa  135  8e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.728278 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0364  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.53 
 
 
362 aa  135  8e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  31.82 
 
 
348 aa  135  8e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  28.9 
 
 
366 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.11 
 
 
370 aa  135  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  28.39 
 
 
365 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  28.39 
 
 
365 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  28.39 
 
 
365 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01700  RND family efflux system membrane fusion protein  29.15 
 
 
328 aa  135  1.9999999999999998e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  28.39 
 
 
365 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  28.39 
 
 
365 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.02 
 
 
357 aa  134  3e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.91 
 
 
363 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.91 
 
 
363 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  30.49 
 
 
376 aa  133  5e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  25.94 
 
 
380 aa  131  1.0000000000000001e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.58 
 
 
387 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00241764 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  28.08 
 
 
365 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  28.08 
 
 
365 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>