More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1177 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 417 aa  838    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  61.09 
 
 		 369 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  59.52 
 
 		 372 aa  412  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  60.77 
 
 		 369 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  60.77 
 
 		 369 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  60.77 
 
 		 369 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  61.74 
 
 		 370 aa  402  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.143794  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3483  HlyD family secretion protein  61.41 
 
 		 369 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  61.09 
 
 		 370 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  61.09 
 
 		 373 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000335121  normal  0.257402 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1266  RND family efflux transporter MFP subunit  63.99 
 
 		 371 aa  389  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000032302  hitchhiker  0.00027333 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  61.95 
 
 		 370 aa  387  1e-106  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000311518  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1030  RND family efflux transporter MFP subunit  58.84 
 
 		 365 aa  384  1e-105  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  58.2 
 
 		 369 aa  379  1e-104  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  57.14 
 
 		 350 aa  375  1e-103  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1365  RND family efflux transporter MFP subunit  62.38 
 
 		 370 aa  375  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000256097  hitchhiker  0.000707959 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0472  secretion protein HlyD  56.41 
 
 		 359 aa  377  1e-103  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.000402153  normal  0.138011 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  61.86 
 
 		 352 aa  365  1e-99  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1963  putative secretion protein, HlyD family  56.55 
 
 		 390 aa  359  6e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000072673  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  36.89 
 
 		 364 aa  200  3e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  36.11 
 
 		 374 aa  196  5.000000000000001e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.5 
 
 		 355 aa  195  2e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  33.74 
 
 		 361 aa  186  5e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  34.09 
 
 		 349 aa  186  7e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  33.97 
 
 		 361 aa  182  1e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  34.82 
 
 		 375 aa  177  4e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  32.79 
 
 		 360 aa  176  8e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  33.03 
 
 		 360 aa  176  9e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  33.03 
 
 		 360 aa  176  9e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  32.8 
 
 		 360 aa  176  9e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  33.55 
 
 		 360 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  34.03 
 
 		 360 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.03 
 
 		 360 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  32.89 
 
 		 360 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  33.68 
 
 		 360 aa  173  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  32.37 
 
 		 361 aa  172  9e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  31.58 
 
 		 361 aa  171  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1851  RND family efflux transporter MFP subunit  32.8 
 
 		 361 aa  171  3e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000181813  hitchhiker  0.00565244 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  33.98 
 
 		 360 aa  169  7e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  32.11 
 
 		 376 aa  169  9e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.47 
 
 		 368 aa  169  1e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  33.22 
 
 		 354 aa  168  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  31.07 
 
 		 360 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  36.24 
 
 		 353 aa  164  3e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  30.86 
 
 		 385 aa  164  3e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000232808  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2322  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.24 
 
 		 371 aa  161  2e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0437768 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  32.93 
 
 		 381 aa  159  7e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2001  secretion protein HlyD  30.47 
 
 		 375 aa  158  2e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.167131  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01922  RND efflux membrane fusion protein  34.14 
 
 		 318 aa  157  3e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.25 
 
 		 388 aa  157  4e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3679  RND family efflux transporter MFP subunit  32.31 
 
 		 365 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2064  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.31 
 
 		 365 aa  155  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  32.72 
 
 		 392 aa  154  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  32.02 
 
 		 434 aa  155  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  31.69 
 
 		 365 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  30.5 
 
 		 351 aa  154  2.9999999999999998e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  30.5 
 
 		 351 aa  153  5e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  33.67 
 
 		 365 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  33.67 
 
 		 365 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  33.67 
 
 		 365 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  33.67 
 
 		 365 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  31.03 
 
 		 340 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  32.8 
 
 		 381 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  33.67 
 
 		 365 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  33.67 
 
 		 365 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  33.67 
 
 		 365 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.48 
 
 		 380 aa  152  1e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  32.91 
 
 		 365 aa  152  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  30.56 
 
 		 366 aa  152  2e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3081  RND family efflux transporter MFP subunit  33.55 
 
 		 371 aa  149  6e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.21 
 
 		 351 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  31.97 
 
 		 373 aa  147  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  30.23 
 
 		 365 aa  146  5e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  30.72 
 
 		 365 aa  146  7.0000000000000006e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  31.29 
 
 		 467 aa  146  9e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.69 
 
 		 397 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3475  secretion protein HlyD-like protein  29.78 
 
 		 373 aa  145  1e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.555415 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  30.1 
 
 		 366 aa  145  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  31.01 
 
 		 360 aa  143  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0892  RND efflux membrane fusion protein precursor  30.77 
 
 		 370 aa  143  6e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  32.23 
 
 		 390 aa  142  9.999999999999999e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2034  RND family efflux transporter MFP subunit  28.65 
 
 		 403 aa  142  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  31.49 
 
 		 354 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  28.62 
 
 		 372 aa  140  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  31.08 
 
 		 397 aa  141  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  31.25 
 
 		 382 aa  141  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.56 
 
 		 362 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  31.12 
 
 		 382 aa  140  6e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2700  secretion protein HlyD  30.49 
 
 		 403 aa  139  7e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  30.46 
 
 		 397 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  29.69 
 
 		 406 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  29.43 
 
 		 403 aa  138  2e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1023  RND family efflux transporter MFP subunit  31.4 
 
 		 378 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.866452  normal  0.121232 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  29.69 
 
 		 382 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  30.2 
 
 		 376 aa  137  4e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  28.39 
 
 		 368 aa  136  7.000000000000001e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  31.29 
 
 		 377 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  30.15 
 
 		 397 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  28.8 
 
 		 367 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  31.61 
 
 		 415 aa  135  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>