More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2181 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2181  AcrA/AcrE family protein  100 
 
 		 331 aa  665    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000164809  normal  0.0114896 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2794  RND family efflux transporter MFP subunit  57.36 
 
 		 337 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190782  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2774  RND family efflux transporter MFP subunit  57.06 
 
 		 337 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000348854  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  57.06 
 
 		 337 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000223326  hitchhiker  0.000000000135699 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2869  RND family efflux transporter MFP subunit  57.41 
 
 		 337 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000418866  normal  0.697235 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3102  AcrA/AcrE family protein  56.7 
 
 		 337 aa  358  6e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1447  RND family efflux transporter MFP subunit  57.98 
 
 		 337 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000819965  unclonable  0.000000000091848 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1394  RND family efflux transporter MFP subunit  57.98 
 
 		 337 aa  356  3.9999999999999996e-97  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000175067  unclonable  0.0000000000192575 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2473  RND family efflux transporter MFP subunit  56.17 
 
 		 340 aa  353  2e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000483953  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1459  RND family efflux transporter MFP subunit  57.33 
 
 		 337 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000143957  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1615  RND family efflux transporter MFP subunit  57.32 
 
 		 347 aa  352  4e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000338384  decreased coverage  0.00000142207 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2439  RND family efflux transporter MFP subunit  56.39 
 
 		 338 aa  340  2e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000111994  hitchhiker  0.00120392 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  55.41 
 
 		 362 aa  329  3e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000256578  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0664  RND family efflux transporter MFP subunit  49.67 
 
 		 342 aa  303  3.0000000000000004e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.295272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2688  RND family efflux transporter MFP subunit  48.79 
 
 		 353 aa  294  2e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000261317  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1413  secretion protein HlyD  45.54 
 
 		 380 aa  271  1e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000766158  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0583  HlyD family secretion protein  44.51 
 
 		 334 aa  251  1e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.81 
 
 		 349 aa  228  1e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.62 
 
 		 354 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1818  RND family efflux transporter MFP subunit  34.59 
 
 		 352 aa  184  2.0000000000000003e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000224471  normal  0.900766 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2396  secretion protein HlyD  38.8 
 
 		 346 aa  179  7e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0980  RND family efflux transporter MFP subunit  32.25 
 
 		 361 aa  161  1e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233971 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0059  RND family efflux transporter MFP subunit  36 
 
 		 411 aa  143  4e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  28.98 
 
 		 373 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3743  RND family efflux transporter MFP subunit  31.23 
 
 		 374 aa  132  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3344  secretion protein HlyD  33.22 
 
 		 333 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.144623 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3761  secretion protein HlyD  35.62 
 
 		 364 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2827  RND family efflux transporter MFP subunit  33.22 
 
 		 352 aa  125  7e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00918161  hitchhiker  0.00100699 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.69 
 
 		 358 aa  120  3e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0392  RND family efflux transporter MFP subunit  33.47 
 
 		 370 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2153  HlyD family secretion protein  30.18 
 
 		 359 aa  109  6e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.81 
 
 		 377 aa  107  3e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.99 
 
 		 360 aa  106  5e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.99 
 
 		 360 aa  106  5e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.62 
 
 		 376 aa  105  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  28.87 
 
 		 360 aa  104  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.38 
 
 		 388 aa  104  2e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1234  RND family efflux transporter MFP subunit  26.73 
 
 		 359 aa  103  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2427  RND family efflux transporter MFP subunit  33.54 
 
 		 380 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.412114  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.95 
 
 		 442 aa  102  6e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1389  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.16 
 
 		 374 aa  102  1e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1460  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.97 
 
 		 367 aa  100  4e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1267  RND family efflux transporter MFP subunit  25.87 
 
 		 355 aa  99.8  5e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1924  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.06 
 
 		 352 aa  99.8  6e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.896235 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5559  secretion protein HlyD  29.3 
 
 		 366 aa  99.4  7e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  29.49 
 
 		 371 aa  97.8  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0031  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.71 
 
 		 392 aa  97.1  4e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000323168  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  29.3 
 
 		 478 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  29.3 
 
 		 478 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3248  RND family efflux transporter MFP subunit  26.97 
 
 		 375 aa  96.7  5e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000122145  hitchhiker  0.000539204 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4180  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 366 aa  96.3  6e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.249201  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3936  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.61 
 
 		 365 aa  95.9  8e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117548 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  28.98 
 
 		 472 aa  95.9  8e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0321  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.52 
 
 		 386 aa  95.5  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.62 
 
 		 397 aa  95.1  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00182  acriflavine resistance protein a precursor  27.69 
 
 		 381 aa  95.5  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.85 
 
 		 365 aa  95.5  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.84 
 
 		 377 aa  94.7  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  29.35 
 
 		 351 aa  94.4  3e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0836  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.09 
 
 		 363 aa  94  3e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0935853  normal  0.864756 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.32 
 
 		 350 aa  92.8  6e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000250075  normal  0.807389 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  29.01 
 
 		 351 aa  92.8  7e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0323  RND family efflux transporter MFP subunit  32.8 
 
 		 433 aa  92  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.827014 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60850  multidrug efflux RND membrane fusion protein  30.15 
 
 		 387 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  26.21 
 
 		 376 aa  91.3  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2283  secretion protein HlyD  31.27 
 
 		 386 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00947214 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3414  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.75 
 
 		 1462 aa  91.3  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2372  secretion protein HlyD  26.62 
 
 		 392 aa  91.3  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.753301 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.8 
 
 		 353 aa  90.5  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.104068  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5381  RND family efflux transporter MFP subunit  26.95 
 
 		 364 aa  90.9  3e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.996751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2758  secretion protein HlyD  30.16 
 
 		 385 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5240  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexC precursor  31.23 
 
 		 387 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3128  secretion protein HlyD  31.56 
 
 		 370 aa  90.1  5e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000130607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7211  RND family efflux transporter MFP subunit  28.86 
 
 		 419 aa  90.1  5e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1455  RND family efflux transporter MFP subunit  31.79 
 
 		 345 aa  90.1  5e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  27.65 
 
 		 364 aa  89.4  7e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  26.12 
 
 		 372 aa  89.7  7e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  25.67 
 
 		 451 aa  89.4  8e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  29.03 
 
 		 356 aa  89  9e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.92 
 
 		 362 aa  89  1e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02155  putative transport transmembrane protein  28.53 
 
 		 421 aa  89  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.58284 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  26.12 
 
 		 372 aa  89  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2593  multidrug resistance protein, AcrA/AcrE family  29.91 
 
 		 386 aa  89  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.800698  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.89 
 
 		 377 aa  88.6  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  28.94 
 
 		 422 aa  88.6  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1741  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.98 
 
 		 381 aa  87.8  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.6 
 
 		 462 aa  88.2  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267577  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4296  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.6 
 
 		 462 aa  88.2  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4873  multidrug efflux system protein MdtE  27.52 
 
 		 385 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  28.42 
 
 		 394 aa  88.2  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3911  multidrug efflux system protein MdtE  27.52 
 
 		 385 aa  87.4  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03361  multidrug resistance efflux transporter  27.52 
 
 		 385 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0200  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.52 
 
 		 385 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3816  multidrug efflux system protein MdtE  27.52 
 
 		 385 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.31 
 
 		 395 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0204  multidrug efflux system protein MdtE  27.52 
 
 		 385 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0378135 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3699  RND family efflux transporter MFP subunit  31.29 
 
 		 390 aa  87.8  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0380  secretion protein HlyD  30.64 
 
 		 400 aa  87.4  3e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  29.58 
 
 		 428 aa  87.4  3e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3999  multidrug efflux system protein MdtE  27.52 
 
 		 385 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>