More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2439 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2439  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 338 aa  692    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000111994  hitchhiker  0.00120392 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1615  RND family efflux transporter MFP subunit  65.02 
 
 		 347 aa  414  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000338384  decreased coverage  0.00000142207 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2794  RND family efflux transporter MFP subunit  60.37 
 
 		 337 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190782  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  60.37 
 
 		 337 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000223326  hitchhiker  0.000000000135699 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2869  RND family efflux transporter MFP subunit  60.37 
 
 		 337 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000418866  normal  0.697235 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2774  RND family efflux transporter MFP subunit  60.06 
 
 		 337 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000348854  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3102  AcrA/AcrE family protein  59.94 
 
 		 337 aa  395  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1394  RND family efflux transporter MFP subunit  59.94 
 
 		 337 aa  396  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000175067  unclonable  0.0000000000192575 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1447  RND family efflux transporter MFP subunit  59.63 
 
 		 337 aa  396  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000819965  unclonable  0.000000000091848 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1459  RND family efflux transporter MFP subunit  59.63 
 
 		 337 aa  394  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000143957  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2473  RND family efflux transporter MFP subunit  58.59 
 
 		 340 aa  389  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000483953  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  59.28 
 
 		 362 aa  373  1e-102  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000256578  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0664  RND family efflux transporter MFP subunit  52.12 
 
 		 342 aa  334  1e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.295272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2181  AcrA/AcrE family protein  57.33 
 
 		 331 aa  332  5e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000164809  normal  0.0114896 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2688  RND family efflux transporter MFP subunit  46.08 
 
 		 353 aa  298  1e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000261317  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1413  secretion protein HlyD  47.44 
 
 		 380 aa  273  3e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000766158  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0583  HlyD family secretion protein  47.02 
 
 		 334 aa  258  1e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.46 
 
 		 349 aa  232  6e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.17 
 
 		 354 aa  220  3e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1818  RND family efflux transporter MFP subunit  35.39 
 
 		 352 aa  189  5.999999999999999e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000224471  normal  0.900766 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0980  RND family efflux transporter MFP subunit  34.53 
 
 		 361 aa  186  5e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233971 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2396  secretion protein HlyD  37.59 
 
 		 346 aa  178  2e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3743  RND family efflux transporter MFP subunit  32.62 
 
 		 374 aa  142  6e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.17 
 
 		 358 aa  138  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0059  RND family efflux transporter MFP subunit  31.53 
 
 		 411 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2827  RND family efflux transporter MFP subunit  31.79 
 
 		 352 aa  130  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00918161  hitchhiker  0.00100699 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3344  secretion protein HlyD  29.04 
 
 		 333 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.144623 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3761  secretion protein HlyD  31.63 
 
 		 364 aa  117  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1924  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.69 
 
 		 352 aa  113  6e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.896235 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1234  RND family efflux transporter MFP subunit  28.14 
 
 		 359 aa  110  4.0000000000000004e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  30.56 
 
 		 386 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.92 
 
 		 360 aa  109  6e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.92 
 
 		 360 aa  109  6e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  31.87 
 
 		 381 aa  106  5e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1389  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.79 
 
 		 374 aa  105  8e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  24.19 
 
 		 373 aa  105  9e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  31.99 
 
 		 381 aa  105  9e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.99 
 
 		 381 aa  105  9e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1963  putative secretion protein, HlyD family  28.57 
 
 		 390 aa  105  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000072673  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0392  RND family efflux transporter MFP subunit  31.06 
 
 		 370 aa  105  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003895  membrane fusion protein of RND family multidrug efflux pump  27.16 
 
 		 379 aa  104  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.82 
 
 		 388 aa  104  2e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.13 
 
 		 376 aa  104  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3699  RND family efflux transporter MFP subunit  29.71 
 
 		 390 aa  103  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3248  RND family efflux transporter MFP subunit  27.3 
 
 		 375 aa  102  6e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000122145  hitchhiker  0.000539204 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  26.9 
 
 		 478 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  26.9 
 
 		 478 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  26.58 
 
 		 472 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  25.25 
 
 		 357 aa  101  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  27.71 
 
 		 417 aa  100  3e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00182  acriflavine resistance protein a precursor  25.68 
 
 		 381 aa  100  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2901  RND family efflux transporter MFP subunit  27.01 
 
 		 394 aa  100  4e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1776  CmeA  23.85 
 
 		 379 aa  100  5e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000125677  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0090  RND family efflux transporter MFP subunit  30.4 
 
 		 381 aa  100  5e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3911  multidrug efflux system protein MdtE  29 
 
 		 385 aa  99.4  7e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03361  multidrug resistance efflux transporter  29 
 
 		 385 aa  99.4  8e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0200  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29 
 
 		 385 aa  99.4  8e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3715  multidrug efflux system protein MdtE  29 
 
 		 385 aa  99.4  8e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00203932  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4873  multidrug efflux system protein MdtE  29 
 
 		 385 aa  99.4  8e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0204  multidrug efflux system protein MdtE  29 
 
 		 385 aa  99.4  8e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0378135 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03314  hypothetical protein  29 
 
 		 385 aa  99.4  8e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3999  multidrug efflux system protein MdtE  29 
 
 		 385 aa  99.4  8e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3816  multidrug efflux system protein MdtE  29 
 
 		 385 aa  99.4  8e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3829  secretion protein HlyD  28.75 
 
 		 387 aa  99.4  9e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.192626  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.88 
 
 		 377 aa  98.6  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  28.18 
 
 		 388 aa  98.6  1e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01755  hypothetical protein  26.19 
 
 		 378 aa  98.6  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4693  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  29.67 
 
 		 382 aa  97.8  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  25.96 
 
 		 354 aa  98.2  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  26.74 
 
 		 451 aa  97.8  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  28.18 
 
 		 395 aa  98.6  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  28.18 
 
 		 395 aa  98.6  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  25 
 
 		 356 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4061  RND family efflux transporter MFP subunit  27.05 
 
 		 383 aa  97.4  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000265031  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.98 
 
 		 395 aa  97.1  4e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3837  RND family efflux transporter MFP subunit  29.57 
 
 		 382 aa  97.1  4e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2953  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.28 
 
 		 425 aa  96.7  5e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.104314 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  29.57 
 
 		 382 aa  96.7  6e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03344  acriflavin resistance protein  29.28 
 
 		 417 aa  95.9  9e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4046  RND family efflux transporter MFP subunit  29.27 
 
 		 382 aa  95.5  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2372  secretion protein HlyD  25.4 
 
 		 392 aa  95.5  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.753301 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.11 
 
 		 381 aa  95.5  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.98 
 
 		 356 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  27.38 
 
 		 394 aa  94.7  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  25.92 
 
 		 372 aa  94.7  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5381  RND family efflux transporter MFP subunit  25.97 
 
 		 364 aa  94.7  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.996751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3553  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  29.88 
 
 		 378 aa  94.4  3e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  26.13 
 
 		 364 aa  93.6  4e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  26.09 
 
 		 371 aa  93.6  4e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3863  RND family efflux transporter MFP subunit  29.32 
 
 		 382 aa  94  4e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1392  RND efflux system membrane fusion protein  26.55 
 
 		 419 aa  93.2  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0449025  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3214  putative efflux protein  25.97 
 
 		 367 aa  93.6  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3440  secretion protein HlyD  26.21 
 
 		 415 aa  92.8  7e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  28.61 
 
 		 381 aa  92.8  7e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3414  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.08 
 
 		 1462 aa  92.4  9e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1515  RND family efflux transporter MFP subunit  26.71 
 
 		 405 aa  92.4  1e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 		 395 aa  92  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1255  RND family efflux transporter MFP subunit  27.72 
 
 		 391 aa  92  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.518513 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2427  RND family efflux transporter MFP subunit  28.1 
 
 		 380 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.412114  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.31 
 
 		 455 aa  91.7  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.755082  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>