More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3761 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3761  secretion protein HlyD  100 
 
 		 364 aa  703    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3743  RND family efflux transporter MFP subunit  47.97 
 
 		 374 aa  254  2.0000000000000002e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2396  secretion protein HlyD  39.64 
 
 		 346 aa  189  7e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0059  RND family efflux transporter MFP subunit  39.93 
 
 		 411 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0583  HlyD family secretion protein  37.5 
 
 		 334 aa  173  5e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.52 
 
 		 349 aa  171  1e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1818  RND family efflux transporter MFP subunit  37.5 
 
 		 352 aa  164  2.0000000000000002e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000224471  normal  0.900766 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2827  RND family efflux transporter MFP subunit  39.25 
 
 		 352 aa  163  5.0000000000000005e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00918161  hitchhiker  0.00100699 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.16 
 
 		 358 aa  161  2e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3344  secretion protein HlyD  36.28 
 
 		 333 aa  156  6e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.144623 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.43 
 
 		 354 aa  153  4e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2869  RND family efflux transporter MFP subunit  31.76 
 
 		 337 aa  142  8e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000418866  normal  0.697235 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 362 aa  142  9e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000256578  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2794  RND family efflux transporter MFP subunit  31.85 
 
 		 337 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190782  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2473  RND family efflux transporter MFP subunit  31.33 
 
 		 340 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000483953  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.85 
 
 		 337 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000223326  hitchhiker  0.000000000135699 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2181  AcrA/AcrE family protein  35.62 
 
 		 331 aa  140  3e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000164809  normal  0.0114896 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2774  RND family efflux transporter MFP subunit  31.85 
 
 		 337 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000348854  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0980  RND family efflux transporter MFP subunit  31.42 
 
 		 361 aa  139  6e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233971 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1615  RND family efflux transporter MFP subunit  33.11 
 
 		 347 aa  139  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000338384  decreased coverage  0.00000142207 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3102  AcrA/AcrE family protein  33.22 
 
 		 337 aa  138  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1447  RND family efflux transporter MFP subunit  31.94 
 
 		 337 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000819965  unclonable  0.000000000091848 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1394  RND family efflux transporter MFP subunit  31.94 
 
 		 337 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000175067  unclonable  0.0000000000192575 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0664  RND family efflux transporter MFP subunit  30.27 
 
 		 342 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.295272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1459  RND family efflux transporter MFP subunit  31.34 
 
 		 337 aa  133  5e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000143957  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2439  RND family efflux transporter MFP subunit  30.06 
 
 		 338 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000111994  hitchhiker  0.00120392 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.19 
 
 		 388 aa  122  8e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1413  secretion protein HlyD  29.28 
 
 		 380 aa  120  3e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000766158  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  30.82 
 
 		 373 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2688  RND family efflux transporter MFP subunit  28.62 
 
 		 353 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000261317  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5559  secretion protein HlyD  33.87 
 
 		 366 aa  110  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4180  RND family efflux transporter MFP subunit  33.88 
 
 		 366 aa  110  5e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.249201  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000105  membrane-fusion protein  29.53 
 
 		 351 aa  108  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.860226  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.93 
 
 		 360 aa  108  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.93 
 
 		 360 aa  108  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  32.01 
 
 		 356 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1924  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 		 352 aa  101  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.896235 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1234  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 359 aa  101  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.82 
 
 		 442 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3214  putative efflux protein  29.77 
 
 		 367 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0549  secretion protein HlyD  30.41 
 
 		 407 aa  100  4e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  30.65 
 
 		 356 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  29.52 
 
 		 370 aa  99.8  6e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.17 
 
 		 377 aa  99.8  6e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1455  RND family efflux transporter MFP subunit  30.55 
 
 		 345 aa  99.8  8e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3689  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.12 
 
 		 414 aa  98.6  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.82 
 
 		 405 aa  99  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.831389 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.16 
 
 		 376 aa  97.1  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.15 
 
 		 377 aa  96.7  5e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0206  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.44 
 
 		 386 aa  96.7  6e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3265  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.41 
 
 		 404 aa  96.7  6e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  25.66 
 
 		 354 aa  96.3  7e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  29.91 
 
 		 357 aa  95.9  9e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0392  RND family efflux transporter MFP subunit  29.91 
 
 		 370 aa  94  4e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.67 
 
 		 360 aa  94  4e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.75 
 
 		 354 aa  93.6  4e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.26 
 
 		 407 aa  93.6  4e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  25.75 
 
 		 354 aa  93.6  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3936  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.57 
 
 		 365 aa  93.6  5e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117548 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.53 
 
 		 365 aa  93.2  7e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1776  CmeA  27.49 
 
 		 379 aa  92.8  8e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000125677  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  25.42 
 
 		 354 aa  92  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1389  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.16 
 
 		 374 aa  92.4  1e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3248  RND family efflux transporter MFP subunit  27.51 
 
 		 375 aa  92.4  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000122145  hitchhiker  0.000539204 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  30.33 
 
 		 371 aa  92.4  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  25.42 
 
 		 354 aa  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3301  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.06 
 
 		 366 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  32.43 
 
 		 418 aa  91.3  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  29.04 
 
 		 410 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3128  secretion protein HlyD  29.75 
 
 		 370 aa  91.3  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000130607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1129  secretion protein HlyD  30.21 
 
 		 368 aa  90.5  4e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.827247  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2607  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.5 
 
 		 422 aa  90.1  6e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.113369  normal  0.140751 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  30.15 
 
 		 370 aa  90.1  6e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3414  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.13 
 
 		 1462 aa  89.4  8e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1971  secretion protein HlyD  30.47 
 
 		 362 aa  89  1e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0467  RND family efflux transporter MFP subunit  30.06 
 
 		 360 aa  89  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.949455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1621  secretion protein HlyD  27.81 
 
 		 407 aa  89  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2153  HlyD family secretion protein  31.91 
 
 		 359 aa  87.8  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.97 
 
 		 386 aa  87.8  2e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1267  RND family efflux transporter MFP subunit  26.15 
 
 		 355 aa  88.6  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2356  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  38.51 
 
 		 285 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000721779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03982  membrane fusion protein  29.62 
 
 		 414 aa  87.4  3e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4296  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.9 
 
 		 462 aa  87.8  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.9 
 
 		 462 aa  87.8  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267577  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.75 
 
 		 381 aa  87.8  3e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45910  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  32.81 
 
 		 385 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.170535  normal  0.980017 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1996  secretion protein HlyD family protein  38.51 
 
 		 285 aa  87  4e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000694745  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1985  secretion protein HlyD family protein  38.51 
 
 		 285 aa  87  4e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.172504  hitchhiker  0.00138161 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3760  secretion protein HlyD  30.58 
 
 		 362 aa  87.4  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.196565 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1721  MFP family transporter  38.51 
 
 		 285 aa  87  4e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.336288  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4709  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.9 
 
 		 383 aa  87.4  4e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2584  CzcB subfamily membrane fusion protein  27.39 
 
 		 409 aa  86.7  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  26.57 
 
 		 354 aa  87  5e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0318  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.4 
 
 		 436 aa  86.7  6e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199682  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1206  RND family efflux transporter MFP subunit  33.02 
 
 		 385 aa  86.7  6e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  28.45 
 
 		 366 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_003296  RS02155  putative transport transmembrane protein  30.92 
 
 		 421 aa  86.3  7e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.58284 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3894  RND family efflux transporter MFP subunit  28.48 
 
 		 425 aa  86.3  7e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.366041 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1983  RND family efflux transporter MFP subunit  28.34 
 
 		 416 aa  86.3  7e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  29.85 
 
 		 396 aa  86.3  8e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>