More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0467 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0467  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 360 aa  726    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.949455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3695  RND family efflux transporter MFP subunit  68.41 
 
 		 360 aa  484  1e-135  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.101272  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0630  RND family efflux transporter MFP subunit  63.06 
 
 		 364 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4314  RND family efflux transporter MFP subunit  62.78 
 
 		 360 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00180968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0664  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.64 
 
 		 360 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0641  RND family efflux transporter MFP subunit  53.64 
 
 		 360 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0668  RND family efflux transporter MFP subunit  52.79 
 
 		 360 aa  368  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0697  RND family efflux transporter MFP subunit  54.36 
 
 		 359 aa  356  3.9999999999999996e-97  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  52.05 
 
 		 360 aa  354  1e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.392528  hitchhiker  0.00103818 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0551  RND family efflux transporter MFP subunit  51.91 
 
 		 360 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.139954 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3571  RND family efflux transporter MFP subunit  52.2 
 
 		 360 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.239658  normal  0.276589 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3712  RND family efflux transporter MFP subunit  52.62 
 
 		 367 aa  352  4e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.975013  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1435  RND family efflux transporter MFP subunit  49.72 
 
 		 359 aa  333  3e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1418  RND family efflux transporter MFP subunit  38.9 
 
 		 384 aa  246  6e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3664  RND family efflux transporter MFP subunit  37.25 
 
 		 370 aa  223  3e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  35.15 
 
 		 432 aa  207  2e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  32.76 
 
 		 354 aa  194  3e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.97 
 
 		 388 aa  192  7e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.631291  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2567  RND family efflux transporter MFP subunit  34.53 
 
 		 331 aa  191  2e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02529  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  34.75 
 
 		 403 aa  188  1e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3992  RND efflux system membrane fusion protein  31.22 
 
 		 366 aa  185  9e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4143  RND family efflux transporter MFP subunit  32.67 
 
 		 343 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.478516 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1730  RND family efflux transporter MFP subunit  33.14 
 
 		 368 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.674972  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3513  RND family efflux transporter MFP subunit  33.05 
 
 		 360 aa  181  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  33.05 
 
 		 360 aa  181  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0849  RND family efflux transporter MFP subunit  33.05 
 
 		 360 aa  181  2e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.880012  normal  0.445386 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2715  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.91 
 
 		 366 aa  177  4e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37732  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2871  RND family efflux transporter MFP subunit  34.19 
 
 		 357 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000228  membrane-fusion protein  36.01 
 
 		 357 aa  174  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  29.46 
 
 		 389 aa  170  3e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.718255  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05965  hypothetical protein  33.33 
 
 		 357 aa  169  8e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  28.7 
 
 		 361 aa  166  8e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.918542  normal  0.711455 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  31.56 
 
 		 364 aa  164  3e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  29.94 
 
 		 357 aa  160  4e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1351  putative multidrug resistance protein precursor  30.62 
 
 		 357 aa  159  7e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0673  multidrug resistance protein  31.91 
 
 		 354 aa  159  9e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1280  putative multidrug resistance protein  31.46 
 
 		 343 aa  159  1e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0034  secretion protein, HlyD family  28.21 
 
 		 369 aa  156  5.0000000000000005e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003811  membrane-fusion protein  30.4 
 
 		 343 aa  156  6e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1352  organic solvent efflux pump precursor (periplasmic linker protein component)  29.77 
 
 		 359 aa  154  2.9999999999999998e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.896212  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1510  secretion protein HlyD  32.66 
 
 		 357 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01875  hypothetical protein  30.4 
 
 		 343 aa  152  8.999999999999999e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1279  HlyD family secretion protein  29.83 
 
 		 359 aa  152  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1511  secretion protein HlyD  29.46 
 
 		 357 aa  150  3e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003810  linker protein putative  29.92 
 
 		 365 aa  149  8e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0674  periplasmic linker protein  30.81 
 
 		 358 aa  142  9e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.79 
 
 		 365 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01876  hypothetical protein  26.72 
 
 		 359 aa  139  7e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4144  RND family efflux transporter MFP subunit  30.28 
 
 		 365 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.473768 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1613  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.32 
 
 		 469 aa  137  3.0000000000000003e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2115  RND family efflux transporter MFP subunit  30.86 
 
 		 358 aa  137  3.0000000000000003e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.243289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02664  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  29.69 
 
 		 359 aa  135  9.999999999999999e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0150101  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0793  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.3 
 
 		 390 aa  134  3e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  31.89 
 
 		 371 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  32 
 
 		 405 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1392  RND family efflux transporter MFP subunit  30.22 
 
 		 369 aa  129  7.000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.484541  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  30.91 
 
 		 523 aa  129  7.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  29.81 
 
 		 369 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  29.81 
 
 		 361 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.95 
 
 		 360 aa  126  5e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  31.01 
 
 		 369 aa  126  6e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1263  efflux transporter  25.83 
 
 		 415 aa  126  6e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.471028  normal  0.778162 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.73 
 
 		 402 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  31.01 
 
 		 369 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  31.01 
 
 		 369 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  29.46 
 
 		 367 aa  125  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.43 
 
 		 379 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  31.13 
 
 		 418 aa  125  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3002  membrane-fusion protein, component of multidrug efflux system  29.32 
 
 		 367 aa  124  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  28.82 
 
 		 392 aa  124  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2778  RND family efflux transporter MFP subunit  30.64 
 
 		 359 aa  124  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  30.38 
 
 		 356 aa  124  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  29.53 
 
 		 366 aa  124  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.98 
 
 		 379 aa  124  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.58 
 
 		 377 aa  123  5e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  30.64 
 
 		 384 aa  123  5e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0827  RND family efflux transporter MFP subunit  30.72 
 
 		 374 aa  123  5e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.308781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  31.37 
 
 		 366 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000227  periplasmic linker protein  27.45 
 
 		 353 aa  120  3.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  31.88 
 
 		 370 aa  119  7e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.86 
 
 		 366 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.25 
 
 		 402 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.66 
 
 		 379 aa  119  9e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.77 
 
 		 381 aa  119  9.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  30.48 
 
 		 356 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5174  RND efflux transporter  30.89 
 
 		 355 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274772  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5193  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.62 
 
 		 372 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4341  RND family efflux transporter MFP subunit  29.46 
 
 		 394 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4902  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.14 
 
 		 368 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  27.58 
 
 		 396 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  30.56 
 
 		 366 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  30.88 
 
 		 402 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0344  secretion protein HlyD  30.77 
 
 		 372 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5081  RND family efflux transporter MFP subunit  30.89 
 
 		 355 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.167851  normal  0.243186 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4710  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.65 
 
 		 383 aa  116  5e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.967203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  29.5 
 
 		 367 aa  116  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2870  RND family efflux transporter MFP subunit  27.21 
 
 		 351 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.551784  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  29.5 
 
 		 367 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3214  putative efflux protein  28.29 
 
 		 367 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5234  RND family efflux transporter MFP subunit  30.46 
 
 		 355 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>