More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3214 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3214  putative efflux protein  100 
 
 		 367 aa  748    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000654  putative efflux protein  42.81 
 
 		 360 aa  288  7e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1916  putative efflux protein  40.99 
 
 		 370 aa  252  6e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1861  RND family efflux transporter MFP subunit  41.53 
 
 		 370 aa  251  1e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.680929  hitchhiker  0.00126667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2117  RND family efflux transporter MFP subunit  41.53 
 
 		 370 aa  251  1e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00784562 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  28.91 
 
 		 432 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0730  RND family efflux transporter MFP subunit  29.05 
 
 		 350 aa  131  2.0000000000000002e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.13685  normal  0.700394 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1551  secretion protein HlyD  30.06 
 
 		 398 aa  130  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.828693  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  29.71 
 
 		 371 aa  129  6e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  30.18 
 
 		 402 aa  126  7e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.06 
 
 		 402 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  30.23 
 
 		 356 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.18 
 
 		 402 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2826  RND family efflux transporter MFP subunit  28.82 
 
 		 396 aa  123  6e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0174041 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  30.73 
 
 		 356 aa  123  6e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1289  putative transport/efflux transmembrane protein  30.29 
 
 		 378 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  28.17 
 
 		 390 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01940  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  30.9 
 
 		 383 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.34804 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  27.95 
 
 		 405 aa  120  6e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3992  RND efflux system membrane fusion protein  27.32 
 
 		 366 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  27.07 
 
 		 354 aa  118  9.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.4 
 
 		 360 aa  118  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  27.79 
 
 		 418 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1351  putative multidrug resistance protein precursor  29.53 
 
 		 357 aa  118  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3664  RND family efflux transporter MFP subunit  28.4 
 
 		 370 aa  118  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2574  RND family efflux transporter MFP subunit  29.58 
 
 		 416 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0205378 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3002  membrane-fusion protein, component of multidrug efflux system  30.7 
 
 		 367 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2781  RND family efflux transporter MFP subunit  30.19 
 
 		 364 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0234  RND efflux membrane fusion protein precursor  30.5 
 
 		 367 aa  117  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2870  RND family efflux transporter MFP subunit  27.94 
 
 		 351 aa  116  6e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.551784  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1511  secretion protein HlyD  28.61 
 
 		 357 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  26.74 
 
 		 523 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  28.07 
 
 		 361 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1418  RND family efflux transporter MFP subunit  27.39 
 
 		 384 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  28.07 
 
 		 369 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3301  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.46 
 
 		 366 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0630  RND family efflux transporter MFP subunit  27.45 
 
 		 364 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  28.99 
 
 		 370 aa  113  5e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.13 
 
 		 417 aa  113  5e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2234  RND family efflux transporter MFP subunit  25.77 
 
 		 407 aa  113  6e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.282252  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2508  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.26 
 
 		 397 aa  112  7.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3410  secretion protein HlyD  28.12 
 
 		 357 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.795724  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3695  RND family efflux transporter MFP subunit  27.37 
 
 		 360 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.101272  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.57 
 
 		 379 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.57 
 
 		 379 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  28.53 
 
 		 396 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  28.45 
 
 		 358 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1048  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.96 
 
 		 367 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0768467 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0467  RND family efflux transporter MFP subunit  28.05 
 
 		 360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.949455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.33 
 
 		 388 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.631291  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  26.51 
 
 		 366 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6009  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.27 
 
 		 356 aa  111  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.359632  normal  0.895367 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3131  secretion protein HlyD  26.46 
 
 		 363 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.735534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4074  secretion protein HlyD  27.38 
 
 		 368 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  29.35 
 
 		 359 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02529  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  24.93 
 
 		 403 aa  110  4.0000000000000004e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05965  hypothetical protein  27.61 
 
 		 357 aa  110  5e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.67 
 
 		 381 aa  110  6e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2214  putative component of multidrug efflux system  27.17 
 
 		 368 aa  109  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.082194  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1206  RND family efflux transporter MFP subunit  28.44 
 
 		 385 aa  109  7.000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  27.65 
 
 		 369 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  27.04 
 
 		 392 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  25.33 
 
 		 389 aa  108  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.718255  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01875  hypothetical protein  27.79 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0673  multidrug resistance protein  28.46 
 
 		 354 aa  107  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2960  RND family efflux transporter MFP subunit  27.54 
 
 		 387 aa  108  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.147665  hitchhiker  0.0025793 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2170  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.62 
 
 		 362 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.923896  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  27.35 
 
 		 369 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  27.35 
 
 		 369 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0746  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  27.99 
 
 		 366 aa  107  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339879  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2038  secretion protein HlyD  26.74 
 
 		 357 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.213803 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003811  membrane-fusion protein  27.49 
 
 		 343 aa  107  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.57 
 
 		 377 aa  106  5e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  30.61 
 
 		 357 aa  106  7e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2715  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.02 
 
 		 366 aa  106  8e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37732  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.54 
 
 		 357 aa  105  8e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.434682  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0231  secretion protein HlyD  27.94 
 
 		 354 aa  105  9e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4314  RND family efflux transporter MFP subunit  26.23 
 
 		 360 aa  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00180968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2752  RND family efflux transporter MFP subunit  28.44 
 
 		 365 aa  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.239628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4926  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 		 351 aa  105  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1265  RND family efflux transporter MFP subunit  28.79 
 
 		 396 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  25.14 
 
 		 367 aa  104  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2178  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.42 
 
 		 371 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.53 
 
 		 349 aa  104  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3411  secretion protein HlyD  26.24 
 
 		 363 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.591463  normal  0.695679 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1356  secretion protein HlyD  27.51 
 
 		 365 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0697  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 		 359 aa  103  4e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2037  secretion protein HlyD  27.98 
 
 		 363 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  24.34 
 
 		 367 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2871  RND family efflux transporter MFP subunit  26.24 
 
 		 357 aa  103  5e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2041  RND family mulitdrug efflux protein  26 
 
 		 374 aa  103  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.527576 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  28.15 
 
 		 371 aa  103  6e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2903  RND family efflux transporter MFP subunit  25.07 
 
 		 383 aa  103  6e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1081  secretion protein HlyD  26.74 
 
 		 374 aa  102  7e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.157732  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000227  periplasmic linker protein  25.56 
 
 		 353 aa  102  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  26.33 
 
 		 403 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1555  secretion protein HlyD  24.38 
 
 		 394 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2292  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 		 383 aa  101  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.516168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1968  multidrug efflux pump, membrane fusion protein CzcB subfamily  28.15 
 
 		 394 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0347448 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 384 aa  101  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>