More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1861 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1861  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 370 aa  754    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.680929  hitchhiker  0.00126667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2117  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 370 aa  754    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00784562 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1916  putative efflux protein  90.54 
 
 		 370 aa  662    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3214  putative efflux protein  41.53 
 
 		 367 aa  257  2e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000654  putative efflux protein  37.9 
 
 		 360 aa  229  4e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  29.13 
 
 		 432 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0730  RND family efflux transporter MFP subunit  29.09 
 
 		 350 aa  124  3e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.13685  normal  0.700394 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1418  RND family efflux transporter MFP subunit  27.84 
 
 		 384 aa  115  8.999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0034  secretion protein, HlyD family  27.64 
 
 		 369 aa  114  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.97 
 
 		 360 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5211  HlyD family secretion protein  27.55 
 
 		 358 aa  110  5e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3695  RND family efflux transporter MFP subunit  28.22 
 
 		 360 aa  110  5e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.101272  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3301  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.91 
 
 		 366 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0697  RND family efflux transporter MFP subunit  28.37 
 
 		 359 aa  108  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  27.47 
 
 		 523 aa  108  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1873  RND family efflux transporter MFP subunit  27.62 
 
 		 369 aa  106  6e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.540389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01876  hypothetical protein  27.61 
 
 		 359 aa  106  7e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2781  RND family efflux transporter MFP subunit  28.34 
 
 		 364 aa  106  8e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  27.22 
 
 		 368 aa  105  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2826  RND family efflux transporter MFP subunit  27.2 
 
 		 396 aa  104  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0174041 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1511  secretion protein HlyD  25.35 
 
 		 357 aa  104  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  28.18 
 
 		 403 aa  103  7e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1452  RND family efflux transporter MFP subunit  28 
 
 		 369 aa  102  7e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0187105  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  28.17 
 
 		 370 aa  102  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  29.17 
 
 		 389 aa  102  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.718255  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  28.74 
 
 		 358 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.99 
 
 		 369 aa  102  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.331949  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4314  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 		 360 aa  102  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00180968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2162  RND family efflux transporter MFP subunit  28.45 
 
 		 371 aa  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0954  RND family efflux transporter MFP subunit  28.45 
 
 		 371 aa  101  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  28.45 
 
 		 371 aa  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5088  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.89 
 
 		 361 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.857117  normal  0.0828727 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02529  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  27.52 
 
 		 403 aa  101  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.56 
 
 		 402 aa  101  3e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2678  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.1 
 
 		 369 aa  100  3e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1100  RND family efflux transporter MFP subunit  28.75 
 
 		 361 aa  100  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3445  secretion protein HlyD  27.15 
 
 		 369 aa  100  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.153008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.59 
 
 		 386 aa  100  3e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003810  linker protein putative  26.67 
 
 		 365 aa  100  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3992  RND efflux system membrane fusion protein  27.7 
 
 		 366 aa  100  6e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.81 
 
 		 402 aa  99.8  7e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2484  secretion protein HlyD  27.84 
 
 		 369 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00634188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1279  HlyD family secretion protein  25.49 
 
 		 359 aa  99.8  7e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0231  secretion protein HlyD  25.91 
 
 		 354 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3410  secretion protein HlyD  28.05 
 
 		 357 aa  99.4  9e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.795724  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.72 
 
 		 381 aa  98.6  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  25.93 
 
 		 418 aa  99  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  27.07 
 
 		 402 aa  98.6  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3002  membrane-fusion protein, component of multidrug efflux system  28.99 
 
 		 367 aa  97.8  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3140  RND family efflux transporter MFP subunit  27.87 
 
 		 369 aa  98.2  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0674  periplasmic linker protein  27.01 
 
 		 358 aa  97.4  3e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0467  RND family efflux transporter MFP subunit  26.84 
 
 		 360 aa  97.8  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.949455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  26.44 
 
 		 405 aa  97.1  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  26.4 
 
 		 390 aa  97.1  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2115  RND family efflux transporter MFP subunit  26.94 
 
 		 358 aa  97.1  4e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.243289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0630  RND family efflux transporter MFP subunit  27.17 
 
 		 364 aa  96.7  5e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  26.89 
 
 		 364 aa  96.7  6e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  27.87 
 
 		 361 aa  96.7  6e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.79 
 
 		 388 aa  96.7  6e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.631291  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1424  RND family mulitdrug efflux protein  26.48 
 
 		 358 aa  96.7  7e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  27.71 
 
 		 369 aa  95.9  9e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5640  secretion protein HlyD  26.07 
 
 		 375 aa  95.5  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1280  putative multidrug resistance protein  28.85 
 
 		 343 aa  95.9  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.36 
 
 		 377 aa  95.9  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.57 
 
 		 365 aa  95.1  2e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3664  RND family efflux transporter MFP subunit  25.9 
 
 		 370 aa  95.1  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01940  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  26.32 
 
 		 383 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.34804 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46580  putative multidrug efflux gene product  25.62 
 
 		 371 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000561033  hitchhiker  0.00000166961 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3571  RND family efflux transporter MFP subunit  27.64 
 
 		 360 aa  95.1  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.239658  normal  0.276589 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000228  membrane-fusion protein  26.18 
 
 		 357 aa  94.4  3e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5368  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.72 
 
 		 362 aa  94.4  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0514804  normal  0.515508 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2041  RND family mulitdrug efflux protein  25.69 
 
 		 374 aa  93.6  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.527576 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3131  secretion protein HlyD  25.96 
 
 		 363 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.735534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3547  RND family efflux transporter MFP subunit  26.99 
 
 		 371 aa  92.8  8e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0793  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.7 
 
 		 390 aa  92.8  9e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1352  organic solvent efflux pump precursor (periplasmic linker protein component)  27.03 
 
 		 359 aa  92.8  1e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.896212  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4709  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.2 
 
 		 383 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  27.04 
 
 		 396 aa  92.4  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  26.33 
 
 		 384 aa  92.4  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.51 
 
 		 357 aa  92  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.434682  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0234  RND efflux membrane fusion protein precursor  25.76 
 
 		 367 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  24.38 
 
 		 356 aa  92  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.33 
 
 		 384 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.62 
 
 		 379 aa  91.3  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3712  RND family efflux transporter MFP subunit  27 
 
 		 367 aa  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.975013  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5234  RND family efflux transporter MFP subunit  27.68 
 
 		 355 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  26.09 
 
 		 359 aa  91.3  3e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  28.79 
 
 		 354 aa  90.9  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0827  RND family efflux transporter MFP subunit  28.71 
 
 		 374 aa  91.3  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.308781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1265  RND family efflux transporter MFP subunit  28.71 
 
 		 396 aa  90.9  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  26.48 
 
 		 369 aa  90.1  5e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2871  RND family efflux transporter MFP subunit  24.64 
 
 		 357 aa  90.1  5e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000227  periplasmic linker protein  24.18 
 
 		 353 aa  90.1  5e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  27.16 
 
 		 360 aa  90.1  5e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.392528  hitchhiker  0.00103818 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1309  efflux protein  25.95 
 
 		 364 aa  89.7  6e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0551  RND family efflux transporter MFP subunit  27.16 
 
 		 360 aa  89.7  6e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.139954 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5174  RND efflux transporter  27.68 
 
 		 355 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274772  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3206  transport lipoprotein  27.93 
 
 		 371 aa  89.7  7e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0443249  normal  0.0512525 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0668  RND family efflux transporter MFP subunit  26.37 
 
 		 360 aa  89.7  8e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05965  hypothetical protein  26.11 
 
 		 357 aa  89.7  8e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>