More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3992 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3992  RND efflux system membrane fusion protein  100 
 
 		 366 aa  743    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1730  RND family efflux transporter MFP subunit  47.99 
 
 		 368 aa  336  3.9999999999999995e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.674972  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3664  RND family efflux transporter MFP subunit  34.48 
 
 		 370 aa  208  1e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1435  RND family efflux transporter MFP subunit  37.22 
 
 		 359 aa  207  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3695  RND family efflux transporter MFP subunit  32.49 
 
 		 360 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.101272  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1280  putative multidrug resistance protein  34.07 
 
 		 343 aa  193  3e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0668  RND family efflux transporter MFP subunit  33.7 
 
 		 360 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4314  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 360 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00180968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3712  RND family efflux transporter MFP subunit  33.98 
 
 		 367 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.975013  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3571  RND family efflux transporter MFP subunit  34.72 
 
 		 360 aa  186  7e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.239658  normal  0.276589 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0697  RND family efflux transporter MFP subunit  34.29 
 
 		 359 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0467  RND family efflux transporter MFP subunit  31.36 
 
 		 360 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.949455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0641  RND family efflux transporter MFP subunit  33.71 
 
 		 360 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0664  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.71 
 
 		 360 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0551  RND family efflux transporter MFP subunit  33.83 
 
 		 360 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.139954 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0630  RND family efflux transporter MFP subunit  33.15 
 
 		 364 aa  182  6e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  33.83 
 
 		 360 aa  182  7e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.392528  hitchhiker  0.00103818 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01875  hypothetical protein  32.31 
 
 		 343 aa  181  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1352  organic solvent efflux pump precursor (periplasmic linker protein component)  32.71 
 
 		 359 aa  181  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.896212  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003811  membrane-fusion protein  31.67 
 
 		 343 aa  177  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  31.34 
 
 		 354 aa  178  2e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4143  RND family efflux transporter MFP subunit  31.96 
 
 		 343 aa  176  4e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.478516 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1351  putative multidrug resistance protein precursor  32.2 
 
 		 357 aa  176  5e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3513  RND family efflux transporter MFP subunit  31.97 
 
 		 360 aa  175  9e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0849  RND family efflux transporter MFP subunit  31.97 
 
 		 360 aa  175  9e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.880012  normal  0.445386 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  31.97 
 
 		 360 aa  175  9e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  30.66 
 
 		 432 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1418  RND family efflux transporter MFP subunit  30.48 
 
 		 384 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1279  HlyD family secretion protein  31.75 
 
 		 359 aa  170  3e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003810  linker protein putative  31.16 
 
 		 365 aa  171  3e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01876  hypothetical protein  30.45 
 
 		 359 aa  170  4e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1511  secretion protein HlyD  32.51 
 
 		 357 aa  169  8e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2871  RND family efflux transporter MFP subunit  30.73 
 
 		 357 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.51 
 
 		 388 aa  164  3e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.631291  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02529  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  32.42 
 
 		 403 aa  162  7e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  30.33 
 
 		 364 aa  162  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4144  RND family efflux transporter MFP subunit  32.21 
 
 		 365 aa  162  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.473768 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05965  hypothetical protein  30.62 
 
 		 357 aa  160  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000228  membrane-fusion protein  30.36 
 
 		 357 aa  160  5e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2567  RND family efflux transporter MFP subunit  31.25 
 
 		 331 aa  158  2e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2778  RND family efflux transporter MFP subunit  30.3 
 
 		 359 aa  149  7e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0034  secretion protein, HlyD family  29.72 
 
 		 369 aa  145  1e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2715  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.85 
 
 		 366 aa  142  7e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37732  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0673  multidrug resistance protein  30.92 
 
 		 354 aa  142  9e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  28.38 
 
 		 389 aa  141  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.718255  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0674  periplasmic linker protein  28.4 
 
 		 358 aa  138  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  25.77 
 
 		 357 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2115  RND family efflux transporter MFP subunit  26.69 
 
 		 358 aa  127  3e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.243289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  26.45 
 
 		 361 aa  127  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.918542  normal  0.711455 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000227  periplasmic linker protein  25 
 
 		 353 aa  124  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1263  efflux transporter  27.85 
 
 		 415 aa  124  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.471028  normal  0.778162 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02664  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  25.89 
 
 		 359 aa  123  6e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0150101  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3214  putative efflux protein  27.32 
 
 		 367 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2234  RND family efflux transporter MFP subunit  27.48 
 
 		 407 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.282252  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  25.88 
 
 		 371 aa  113  4.0000000000000004e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000654  putative efflux protein  33.33 
 
 		 360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0630  secretion protein HlyD  26.94 
 
 		 357 aa  110  3e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0232449  normal  0.116732 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  29.64 
 
 		 356 aa  110  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.92 
 
 		 386 aa  109  7.000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0231  secretion protein HlyD  27.08 
 
 		 354 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3002  membrane-fusion protein, component of multidrug efflux system  27.57 
 
 		 367 aa  108  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1510  secretion protein HlyD  24.52 
 
 		 357 aa  108  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1001  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.51 
 
 		 347 aa  107  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.612781  normal  0.0455845 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0793  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.08 
 
 		 390 aa  105  9e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  24.8 
 
 		 392 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  26.05 
 
 		 368 aa  105  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.49 
 
 		 365 aa  105  1e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5174  RND efflux transporter  25.75 
 
 		 355 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274772  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.59 
 
 		 356 aa  103  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5192  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.9 
 
 		 356 aa  104  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.61 
 
 		 367 aa  104  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 379 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  27.91 
 
 		 367 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.47 
 
 		 379 aa  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.44 
 
 		 366 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  28.44 
 
 		 366 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0288  RND family efflux transporter MFP subunit  25.22 
 
 		 355 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527133 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  27.35 
 
 		 366 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0746  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  27.09 
 
 		 366 aa  100  3e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339879  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  29.36 
 
 		 356 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5081  RND family efflux transporter MFP subunit  25.54 
 
 		 355 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.167851  normal  0.243186 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2870  RND family efflux transporter MFP subunit  27.2 
 
 		 351 aa  99.4  9e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.551784  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0345  secretion protein HlyD  26.25 
 
 		 361 aa  99  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  26.3 
 
 		 366 aa  99  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2797  secretion protein HlyD  27.38 
 
 		 367 aa  99.4  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.798419  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  28.35 
 
 		 370 aa  98.2  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.38 
 
 		 379 aa  97.8  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.9 
 
 		 357 aa  97.1  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5234  RND family efflux transporter MFP subunit  26.29 
 
 		 355 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  24.8 
 
 		 523 aa  96.3  7e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2178  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.47 
 
 		 371 aa  95.9  9e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  26.32 
 
 		 372 aa  95.5  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4709  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.73 
 
 		 383 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.94 
 
 		 384 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1100  RND family efflux transporter MFP subunit  25.14 
 
 		 361 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  27.09 
 
 		 367 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  25 
 
 		 352 aa  94.4  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3301  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.07 
 
 		 366 aa  94  4e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  25.48 
 
 		 369 aa  94  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  25.48 
 
 		 369 aa  94  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>