More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2871 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2871  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 357 aa  734    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000228  membrane-fusion protein  49.58 
 
 		 357 aa  346  3e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05965  hypothetical protein  47.62 
 
 		 357 aa  342  5.999999999999999e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1511  secretion protein HlyD  39.72 
 
 		 357 aa  261  1e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1351  putative multidrug resistance protein precursor  38.66 
 
 		 357 aa  215  8e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1280  putative multidrug resistance protein  36.68 
 
 		 343 aa  206  6e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01875  hypothetical protein  37.62 
 
 		 343 aa  204  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003811  membrane-fusion protein  33.91 
 
 		 343 aa  197  3e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4314  RND family efflux transporter MFP subunit  34.36 
 
 		 360 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00180968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3695  RND family efflux transporter MFP subunit  35.16 
 
 		 360 aa  179  8e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.101272  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0467  RND family efflux transporter MFP subunit  34.8 
 
 		 360 aa  171  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.949455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0673  multidrug resistance protein  33.03 
 
 		 354 aa  170  3e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1435  RND family efflux transporter MFP subunit  33.05 
 
 		 359 aa  169  5e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  34.11 
 
 		 360 aa  169  8e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.392528  hitchhiker  0.00103818 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0551  RND family efflux transporter MFP subunit  34.11 
 
 		 360 aa  169  8e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.139954 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3571  RND family efflux transporter MFP subunit  34.49 
 
 		 360 aa  168  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.239658  normal  0.276589 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4143  RND family efflux transporter MFP subunit  32.5 
 
 		 343 aa  168  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.478516 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3664  RND family efflux transporter MFP subunit  33.14 
 
 		 370 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3992  RND efflux system membrane fusion protein  30.73 
 
 		 366 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3712  RND family efflux transporter MFP subunit  33.62 
 
 		 367 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.975013  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0668  RND family efflux transporter MFP subunit  33.15 
 
 		 360 aa  162  1e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0664  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.62 
 
 		 360 aa  160  3e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1730  RND family efflux transporter MFP subunit  31.79 
 
 		 368 aa  160  3e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.674972  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0641  RND family efflux transporter MFP subunit  33.62 
 
 		 360 aa  160  3e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0630  RND family efflux transporter MFP subunit  32.39 
 
 		 364 aa  157  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0697  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 359 aa  155  9e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0849  RND family efflux transporter MFP subunit  30.03 
 
 		 360 aa  154  2e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.880012  normal  0.445386 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  30.03 
 
 		 360 aa  154  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3513  RND family efflux transporter MFP subunit  30.03 
 
 		 360 aa  154  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1418  RND family efflux transporter MFP subunit  27.7 
 
 		 384 aa  152  5.9999999999999996e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  29.2 
 
 		 364 aa  147  4.0000000000000006e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02529  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  27.99 
 
 		 403 aa  144  2e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  26.72 
 
 		 361 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.918542  normal  0.711455 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1279  HlyD family secretion protein  31.76 
 
 		 359 aa  139  7.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0034  secretion protein, HlyD family  28.25 
 
 		 369 aa  137  3.0000000000000003e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  25.82 
 
 		 389 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.718255  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4144  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 		 365 aa  130  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.473768 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  27.38 
 
 		 354 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  28.41 
 
 		 432 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  28.76 
 
 		 367 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2115  RND family efflux transporter MFP subunit  26.42 
 
 		 358 aa  124  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.243289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1352  organic solvent efflux pump precursor (periplasmic linker protein component)  29.33 
 
 		 359 aa  122  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.896212  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.35 
 
 		 379 aa  121  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01876  hypothetical protein  27.87 
 
 		 359 aa  120  3e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.98 
 
 		 379 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.33 
 
 		 388 aa  119  6e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.631291  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  27.16 
 
 		 367 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.84 
 
 		 367 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003810  linker protein putative  30.19 
 
 		 365 aa  119  7.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0674  periplasmic linker protein  27.62 
 
 		 358 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  29.97 
 
 		 356 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  28.98 
 
 		 390 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  27.89 
 
 		 371 aa  118  1.9999999999999998e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  29.31 
 
 		 418 aa  117  3e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  26.07 
 
 		 357 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2567  RND family efflux transporter MFP subunit  26.89 
 
 		 331 aa  116  6.9999999999999995e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0793  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.3 
 
 		 390 aa  116  7.999999999999999e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.43 
 
 		 379 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  29.82 
 
 		 405 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2778  RND family efflux transporter MFP subunit  26.92 
 
 		 359 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3131  secretion protein HlyD  26.84 
 
 		 363 aa  113  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.735534  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3301  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.84 
 
 		 366 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  28.17 
 
 		 523 aa  112  9e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2715  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.99 
 
 		 366 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37732  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  27.97 
 
 		 384 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  28.93 
 
 		 356 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  26.39 
 
 		 366 aa  110  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  27.05 
 
 		 366 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  28.05 
 
 		 370 aa  107  3e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000227  periplasmic linker protein  27.09 
 
 		 353 aa  107  5e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.97 
 
 		 417 aa  105  8e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0746  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  26.18 
 
 		 366 aa  105  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339879  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.68 
 
 		 360 aa  105  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1423  RND family mulitdrug efflux protein  28.82 
 
 		 371 aa  103  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.427177  normal  0.182381 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0288  RND family efflux transporter MFP subunit  28.91 
 
 		 355 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527133 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  27.36 
 
 		 366 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  27.32 
 
 		 359 aa  103  4e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3214  putative efflux protein  26.24 
 
 		 367 aa  103  5e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.65 
 
 		 402 aa  103  5e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  29.93 
 
 		 369 aa  102  8e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.37 
 
 		 402 aa  102  8e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  28.33 
 
 		 367 aa  102  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  29.81 
 
 		 369 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6002  RND family efflux transporter MFP subunit  27.16 
 
 		 363 aa  101  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.249457  normal  0.124375 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  29.49 
 
 		 369 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1206  RND family efflux transporter MFP subunit  29.25 
 
 		 385 aa  101  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2870  RND family efflux transporter MFP subunit  28.97 
 
 		 351 aa  101  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.551784  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  29.49 
 
 		 369 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.53 
 
 		 361 aa  100  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  29.61 
 
 		 361 aa  101  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.7 
 
 		 357 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.434682  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  26.97 
 
 		 368 aa  100  4e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1510  secretion protein HlyD  27.48 
 
 		 357 aa  100  5e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  27.05 
 
 		 366 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2532  secretion protein HlyD  31.27 
 
 		 363 aa  99.8  7e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.75 
 
 		 366 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  27.87 
 
 		 372 aa  99  1e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2797  secretion protein HlyD  26.46 
 
 		 367 aa  97.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.798419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2960  RND family efflux transporter MFP subunit  29.03 
 
 		 387 aa  98.2  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.147665  hitchhiker  0.0025793 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2574  RND family efflux transporter MFP subunit  30.6 
 
 		 416 aa  97.8  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0205378 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>