More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2870 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2870  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 351 aa  723    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.551784  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000227  periplasmic linker protein  51.17 
 
 		 353 aa  337  9.999999999999999e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1510  secretion protein HlyD  43.24 
 
 		 357 aa  286  5e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05964  hypothetical protein  49.66 
 
 		 260 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0674  periplasmic linker protein  29.21 
 
 		 358 aa  143  4e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0668  RND family efflux transporter MFP subunit  28.82 
 
 		 360 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1352  organic solvent efflux pump precursor (periplasmic linker protein component)  31.14 
 
 		 359 aa  139  8.999999999999999e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.896212  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0697  RND family efflux transporter MFP subunit  29.32 
 
 		 359 aa  136  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3712  RND family efflux transporter MFP subunit  28.24 
 
 		 367 aa  136  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.975013  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0641  RND family efflux transporter MFP subunit  29.51 
 
 		 360 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0664  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.51 
 
 		 360 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3695  RND family efflux transporter MFP subunit  27.87 
 
 		 360 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.101272  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  28.01 
 
 		 360 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.392528  hitchhiker  0.00103818 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0551  RND family efflux transporter MFP subunit  28.34 
 
 		 360 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.139954 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4314  RND family efflux transporter MFP subunit  29.12 
 
 		 360 aa  132  9e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00180968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3571  RND family efflux transporter MFP subunit  28.01 
 
 		 360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.239658  normal  0.276589 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1279  HlyD family secretion protein  29.22 
 
 		 359 aa  129  6e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003810  linker protein putative  30.1 
 
 		 365 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0630  RND family efflux transporter MFP subunit  27.83 
 
 		 364 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0034  secretion protein, HlyD family  28.16 
 
 		 369 aa  124  2e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  27.87 
 
 		 364 aa  123  5e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4144  RND family efflux transporter MFP subunit  30.64 
 
 		 365 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.473768 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01876  hypothetical protein  32.13 
 
 		 359 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1351  putative multidrug resistance protein precursor  28.08 
 
 		 357 aa  116  5e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3214  putative efflux protein  27.94 
 
 		 367 aa  116  6e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0467  RND family efflux transporter MFP subunit  27.21 
 
 		 360 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.949455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1435  RND family efflux transporter MFP subunit  25.29 
 
 		 359 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  29.01 
 
 		 357 aa  110  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1418  RND family efflux transporter MFP subunit  25.48 
 
 		 384 aa  109  8.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  31.48 
 
 		 360 aa  108  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3513  RND family efflux transporter MFP subunit  31.48 
 
 		 360 aa  108  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0849  RND family efflux transporter MFP subunit  31.48 
 
 		 360 aa  108  2e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.880012  normal  0.445386 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0630  secretion protein HlyD  27.82 
 
 		 357 aa  108  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0232449  normal  0.116732 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02529  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  26.23 
 
 		 403 aa  106  6e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3664  RND family efflux transporter MFP subunit  25.94 
 
 		 370 aa  105  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4143  RND family efflux transporter MFP subunit  29.21 
 
 		 343 aa  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.478516 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2567  RND family efflux transporter MFP subunit  27.53 
 
 		 331 aa  104  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2778  RND family efflux transporter MFP subunit  25.94 
 
 		 359 aa  103  4e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2115  RND family efflux transporter MFP subunit  25.59 
 
 		 358 aa  103  4e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.243289  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  24.1 
 
 		 389 aa  103  5e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.718255  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1280  putative multidrug resistance protein  27.27 
 
 		 343 aa  102  9e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.05 
 
 		 388 aa  102  1e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.631291  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0673  multidrug resistance protein  29.06 
 
 		 354 aa  102  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2871  RND family efflux transporter MFP subunit  28.97 
 
 		 357 aa  101  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02664  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  26.38 
 
 		 359 aa  100  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0150101  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000228  membrane-fusion protein  26.69 
 
 		 357 aa  99.4  8e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000654  putative efflux protein  26.88 
 
 		 360 aa  99.4  8e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3992  RND efflux system membrane fusion protein  27.2 
 
 		 366 aa  99.4  9e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  26.42 
 
 		 369 aa  96.7  6e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  26.42 
 
 		 369 aa  96.7  6e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  24.79 
 
 		 432 aa  95.9  9e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  26.14 
 
 		 396 aa  95.1  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.6 
 
 		 365 aa  95.1  2e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01875  hypothetical protein  27.46 
 
 		 343 aa  95.1  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05965  hypothetical protein  25.21 
 
 		 357 aa  92.8  8e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003811  membrane-fusion protein  27.33 
 
 		 343 aa  92.8  9e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  26.42 
 
 		 361 aa  92  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  26.55 
 
 		 369 aa  92.4  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  25.53 
 
 		 371 aa  91.7  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1730  RND family efflux transporter MFP subunit  24.7 
 
 		 368 aa  90.1  5e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.674972  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  26.69 
 
 		 370 aa  90.1  5e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2715  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.15 
 
 		 366 aa  89.7  7e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37732  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  25.99 
 
 		 369 aa  89.7  7e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.79 
 
 		 360 aa  88.6  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0739  RND family efflux transporter MFP subunit  33.12 
 
 		 371 aa  89  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.580961  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1296  RND family efflux transporter MFP subunit  26.17 
 
 		 373 aa  87  4e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00794293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0793  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.52 
 
 		 390 aa  87  4e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.06 
 
 		 381 aa  87  5e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000105  membrane-fusion protein  26.8 
 
 		 351 aa  86.3  7e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.860226  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3278  hypothetical protein  26.09 
 
 		 374 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  26.42 
 
 		 372 aa  85.1  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  26.42 
 
 		 372 aa  85.1  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  25.97 
 
 		 367 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  24.25 
 
 		 354 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  27.24 
 
 		 403 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.49 
 
 		 367 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  27.32 
 
 		 371 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0809  hypothetical protein  27.48 
 
 		 360 aa  83.2  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.244326 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1861  RND family efflux transporter MFP subunit  27.2 
 
 		 370 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.680929  hitchhiker  0.00126667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2117  RND family efflux transporter MFP subunit  27.2 
 
 		 370 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00784562 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3445  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.65 
 
 		 403 aa  82.8  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.25741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  26.98 
 
 		 374 aa  82.8  0.000000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  27.27 
 
 		 390 aa  82  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.29 
 
 		 377 aa  82.4  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  24.92 
 
 		 392 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1916  putative efflux protein  25.6 
 
 		 370 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1316  RND family efflux transporter MFP subunit  25.53 
 
 		 373 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0457326  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3155  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.01 
 
 		 403 aa  80.9  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  23.92 
 
 		 354 aa  81.3  0.00000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.62 
 
 		 402 aa  80.5  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0746  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  25.82 
 
 		 366 aa  80.9  0.00000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339879  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.27 
 
 		 383 aa  80.5  0.00000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000507809  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  26.71 
 
 		 354 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1451  RND family efflux transporter MFP subunit  26.05 
 
 		 369 aa  80.5  0.00000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.513769  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.62 
 
 		 402 aa  80.5  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  27.62 
 
 		 418 aa  80.1  0.00000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.03 
 
 		 386 aa  79.7  0.00000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1246  RND family efflux transporter MFP subunit  25.88 
 
 		 373 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  27.53 
 
 		 402 aa  79.7  0.00000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.94 
 
 		 377 aa  79.7  0.00000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>