More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3401 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 360 aa  730    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.392528  hitchhiker  0.00103818 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0551  RND family efflux transporter MFP subunit  99.44 
 
 		 360 aa  724    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.139954 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3571  RND family efflux transporter MFP subunit  96.39 
 
 		 360 aa  660    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.239658  normal  0.276589 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0697  RND family efflux transporter MFP subunit  86.67 
 
 		 359 aa  600  1e-170  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0668  RND family efflux transporter MFP subunit  83.06 
 
 		 360 aa  598  1e-170  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3712  RND family efflux transporter MFP subunit  83.33 
 
 		 367 aa  587  1e-166  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.975013  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0664  efflux transporter, RND family, MFP subunit  84.44 
 
 		 360 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0641  RND family efflux transporter MFP subunit  84.44 
 
 		 360 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1435  RND family efflux transporter MFP subunit  69.44 
 
 		 359 aa  484  1e-136  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0630  RND family efflux transporter MFP subunit  52.78 
 
 		 364 aa  382  1e-105  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4314  RND family efflux transporter MFP subunit  52.81 
 
 		 360 aa  379  1e-104  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00180968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3695  RND family efflux transporter MFP subunit  52.31 
 
 		 360 aa  379  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.101272  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0467  RND family efflux transporter MFP subunit  52.05 
 
 		 360 aa  368  1e-101  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.949455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1418  RND family efflux transporter MFP subunit  35.89 
 
 		 384 aa  213  4.9999999999999996e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.87 
 
 		 388 aa  204  1e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.631291  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3992  RND efflux system membrane fusion protein  33.33 
 
 		 366 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3664  RND family efflux transporter MFP subunit  32.38 
 
 		 370 aa  194  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  33.97 
 
 		 432 aa  192  6e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  33.33 
 
 		 354 aa  187  3e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000228  membrane-fusion protein  34.68 
 
 		 357 aa  184  3e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2871  RND family efflux transporter MFP subunit  33.81 
 
 		 357 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003811  membrane-fusion protein  33.33 
 
 		 343 aa  181  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02529  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  31.98 
 
 		 403 aa  181  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1511  secretion protein HlyD  33.61 
 
 		 357 aa  180  4e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2567  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 331 aa  178  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05965  hypothetical protein  34 
 
 		 357 aa  177  3e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  32.87 
 
 		 360 aa  175  9e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0849  RND family efflux transporter MFP subunit  32.87 
 
 		 360 aa  175  9e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.880012  normal  0.445386 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3513  RND family efflux transporter MFP subunit  32.87 
 
 		 360 aa  175  9e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01875  hypothetical protein  32.12 
 
 		 343 aa  174  2.9999999999999996e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0673  multidrug resistance protein  30.71 
 
 		 354 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  33.43 
 
 		 364 aa  172  6.999999999999999e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1730  RND family efflux transporter MFP subunit  30.7 
 
 		 368 aa  170  4e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.674972  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0034  secretion protein, HlyD family  33.14 
 
 		 369 aa  169  5e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4143  RND family efflux transporter MFP subunit  30.92 
 
 		 343 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.478516 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1351  putative multidrug resistance protein precursor  30.94 
 
 		 357 aa  164  3e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1280  putative multidrug resistance protein  30.97 
 
 		 343 aa  163  5.0000000000000005e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1510  secretion protein HlyD  32.95 
 
 		 357 aa  160  4e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  29.33 
 
 		 361 aa  159  6e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.918542  normal  0.711455 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2115  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 358 aa  158  2e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.243289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1352  organic solvent efflux pump precursor (periplasmic linker protein component)  30.77 
 
 		 359 aa  156  7e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.896212  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  30.85 
 
 		 389 aa  155  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.718255  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1279  HlyD family secretion protein  30.91 
 
 		 359 aa  152  5.9999999999999996e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  31.37 
 
 		 357 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0793  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.41 
 
 		 390 aa  150  3e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  31.83 
 
 		 371 aa  147  3e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0674  periplasmic linker protein  29.72 
 
 		 358 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01876  hypothetical protein  29.86 
 
 		 359 aa  145  1e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1263  efflux transporter  28.35 
 
 		 415 aa  144  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.471028  normal  0.778162 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02664  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  31.42 
 
 		 359 aa  143  5e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0150101  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003810  linker protein putative  30.08 
 
 		 365 aa  142  6e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000227  periplasmic linker protein  26.65 
 
 		 353 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2715  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.44 
 
 		 366 aa  140  3e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37732  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2870  RND family efflux transporter MFP subunit  28.01 
 
 		 351 aa  139  6e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.551784  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4144  RND family efflux transporter MFP subunit  29.03 
 
 		 365 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.473768 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.15 
 
 		 365 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  29.97 
 
 		 405 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3002  membrane-fusion protein, component of multidrug efflux system  29.33 
 
 		 367 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1613  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.65 
 
 		 469 aa  124  3e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  30.52 
 
 		 366 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0730  RND family efflux transporter MFP subunit  27.45 
 
 		 350 aa  118  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.13685  normal  0.700394 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 		 369 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2778  RND family efflux transporter MFP subunit  26.63 
 
 		 359 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.65 
 
 		 356 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5192  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 		 356 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  28.49 
 
 		 396 aa  114  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  28.25 
 
 		 361 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.3 
 
 		 379 aa  113  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  28.77 
 
 		 392 aa  113  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  28.41 
 
 		 369 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  28.77 
 
 		 370 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  27.9 
 
 		 523 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.49 
 
 		 379 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  28.41 
 
 		 369 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  28.41 
 
 		 369 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  27.45 
 
 		 384 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  26.74 
 
 		 402 aa  110  5e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.06 
 
 		 379 aa  110  5e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.41 
 
 		 402 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.41 
 
 		 402 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  30.34 
 
 		 366 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  29.11 
 
 		 359 aa  108  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0345  secretion protein HlyD  28.57 
 
 		 361 aa  107  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  28 
 
 		 366 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1265  RND family efflux transporter MFP subunit  30.23 
 
 		 396 aa  107  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  28.18 
 
 		 367 aa  106  6e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  27.22 
 
 		 356 aa  106  8e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.69 
 
 		 366 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0809  hypothetical protein  28.13 
 
 		 360 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.244326 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  28.48 
 
 		 366 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  27.13 
 
 		 367 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  29.21 
 
 		 390 aa  104  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.89 
 
 		 356 aa  104  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  27.2 
 
 		 416 aa  103  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2867  RND family efflux transporter MFP subunit  29.3 
 
 		 401 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.5 
 
 		 360 aa  103  6e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  30.19 
 
 		 376 aa  102  8e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  28.12 
 
 		 365 aa  102  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  26.91 
 
 		 403 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5274  RND family efflux transporter MFP subunit  27.7 
 
 		 377 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0726879  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>