More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4314 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4314  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 360 aa  728    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00180968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0630  RND family efflux transporter MFP subunit  68.33 
 
 		 364 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3695  RND family efflux transporter MFP subunit  68.7 
 
 		 360 aa  484  1e-135  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.101272  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0467  RND family efflux transporter MFP subunit  64.43 
 
 		 360 aa  455  1e-127  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.949455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0668  RND family efflux transporter MFP subunit  54.21 
 
 		 360 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0664  efflux transporter, RND family, MFP subunit  54.52 
 
 		 360 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0641  RND family efflux transporter MFP subunit  54.52 
 
 		 360 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3571  RND family efflux transporter MFP subunit  55.13 
 
 		 360 aa  362  8e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.239658  normal  0.276589 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3712  RND family efflux transporter MFP subunit  53.43 
 
 		 367 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.975013  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  53.67 
 
 		 360 aa  355  5.999999999999999e-97  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.392528  hitchhiker  0.00103818 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0551  RND family efflux transporter MFP subunit  53.37 
 
 		 360 aa  354  1e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.139954 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0697  RND family efflux transporter MFP subunit  53.35 
 
 		 359 aa  345  7e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1435  RND family efflux transporter MFP subunit  51.98 
 
 		 359 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1418  RND family efflux transporter MFP subunit  38.25 
 
 		 384 aa  254  2.0000000000000002e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3664  RND family efflux transporter MFP subunit  34.1 
 
 		 370 aa  206  5e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  32.97 
 
 		 432 aa  203  3e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02529  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  34.92 
 
 		 403 aa  202  9.999999999999999e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3992  RND efflux system membrane fusion protein  33.33 
 
 		 366 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1280  putative multidrug resistance protein  33.62 
 
 		 343 aa  189  9e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  34.21 
 
 		 354 aa  187  2e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.95 
 
 		 388 aa  186  4e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.631291  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01875  hypothetical protein  35.39 
 
 		 343 aa  186  8e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  31.44 
 
 		 389 aa  185  1.0000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.718255  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4143  RND family efflux transporter MFP subunit  31.91 
 
 		 343 aa  182  6e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.478516 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2871  RND family efflux transporter MFP subunit  34.36 
 
 		 357 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2567  RND family efflux transporter MFP subunit  32.73 
 
 		 331 aa  177  2e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003811  membrane-fusion protein  32.87 
 
 		 343 aa  173  5e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05965  hypothetical protein  33.43 
 
 		 357 aa  172  6.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1351  putative multidrug resistance protein precursor  33.33 
 
 		 357 aa  172  9e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000228  membrane-fusion protein  34.08 
 
 		 357 aa  171  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3513  RND family efflux transporter MFP subunit  30.36 
 
 		 360 aa  170  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  30.36 
 
 		 360 aa  170  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0849  RND family efflux transporter MFP subunit  30.36 
 
 		 360 aa  170  3e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.880012  normal  0.445386 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1730  RND family efflux transporter MFP subunit  30.88 
 
 		 368 aa  170  4e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.674972  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0034  secretion protein, HlyD family  30.66 
 
 		 369 aa  163  5.0000000000000005e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  30.77 
 
 		 361 aa  160  4e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.918542  normal  0.711455 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1511  secretion protein HlyD  30.14 
 
 		 357 aa  160  5e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0673  multidrug resistance protein  33.24 
 
 		 354 aa  158  1e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  30.12 
 
 		 364 aa  155  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1279  HlyD family secretion protein  31.25 
 
 		 359 aa  155  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1352  organic solvent efflux pump precursor (periplasmic linker protein component)  32.45 
 
 		 359 aa  154  2e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.896212  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0793  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.4 
 
 		 390 aa  151  1e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01876  hypothetical protein  30.72 
 
 		 359 aa  146  5e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2115  RND family efflux transporter MFP subunit  30.62 
 
 		 358 aa  145  1e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.243289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2715  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.39 
 
 		 366 aa  143  5e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37732  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  28.95 
 
 		 357 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  30.68 
 
 		 523 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003810  linker protein putative  30.52 
 
 		 365 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0674  periplasmic linker protein  30.14 
 
 		 358 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  30.34 
 
 		 371 aa  137  2e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  31.64 
 
 		 405 aa  138  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4144  RND family efflux transporter MFP subunit  29.22 
 
 		 365 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.473768 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02664  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  30.99 
 
 		 359 aa  133  3.9999999999999996e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0150101  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.39 
 
 		 402 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2870  RND family efflux transporter MFP subunit  29.12 
 
 		 351 aa  132  9e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.551784  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.95 
 
 		 365 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1510  secretion protein HlyD  27.41 
 
 		 357 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.64 
 
 		 402 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2778  RND family efflux transporter MFP subunit  31.64 
 
 		 359 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  30.4 
 
 		 402 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.8 
 
 		 379 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3002  membrane-fusion protein, component of multidrug efflux system  28.42 
 
 		 367 aa  126  7e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1613  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.18 
 
 		 469 aa  126  7e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  29.06 
 
 		 384 aa  126  7e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000227  periplasmic linker protein  26.57 
 
 		 353 aa  125  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.55 
 
 		 379 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.09 
 
 		 379 aa  124  3e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0234  RND efflux membrane fusion protein precursor  31.97 
 
 		 367 aa  123  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5234  RND family efflux transporter MFP subunit  30.41 
 
 		 355 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5174  RND efflux transporter  31.23 
 
 		 355 aa  122  8e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  29.86 
 
 		 356 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1289  putative transport/efflux transmembrane protein  32.51 
 
 		 378 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5081  RND family efflux transporter MFP subunit  30.96 
 
 		 355 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.167851  normal  0.243186 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01940  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  31.78 
 
 		 383 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.34804 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  30.29 
 
 		 418 aa  119  7.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  28.06 
 
 		 369 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  28.06 
 
 		 361 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5192  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.43 
 
 		 356 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  27.98 
 
 		 366 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3301  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.77 
 
 		 366 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  29.97 
 
 		 356 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  28.88 
 
 		 416 aa  114  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  27.47 
 
 		 392 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  28.49 
 
 		 369 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 		 369 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0630  secretion protein HlyD  29.46 
 
 		 357 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0232449  normal  0.116732 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 		 369 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  30.19 
 
 		 368 aa  113  6e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0345  secretion protein HlyD  30.64 
 
 		 361 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.25 
 
 		 417 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  27.99 
 
 		 367 aa  110  5e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5274  RND family efflux transporter MFP subunit  29.36 
 
 		 377 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0726879  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.67 
 
 		 360 aa  109  9.000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1206  RND family efflux transporter MFP subunit  31.7 
 
 		 385 aa  109  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6002  RND family efflux transporter MFP subunit  27.64 
 
 		 363 aa  108  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.249457  normal  0.124375 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0288  RND family efflux transporter MFP subunit  29.28 
 
 		 355 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527133 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  28.13 
 
 		 396 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2781  RND family efflux transporter MFP subunit  28.03 
 
 		 364 aa  106  6e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2214  putative component of multidrug efflux system  29.46 
 
 		 368 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.082194  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3214  putative efflux protein  26.23 
 
 		 367 aa  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>