More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_1730 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_1730  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 
368 aa  757    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.674972  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3992  RND efflux system membrane fusion protein  47.32 
 
 
366 aa  342  7e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3664  RND family efflux transporter MFP subunit  34.67 
 
 
370 aa  207  3e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01875  hypothetical protein  32.86 
 
 
343 aa  187  3e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  32.13 
 
 
354 aa  186  7e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0467  RND family efflux transporter MFP subunit  32.86 
 
 
360 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.949455  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0630  RND family efflux transporter MFP subunit  32.09 
 
 
364 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  32.89 
 
 
432 aa  182  6e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0849  RND family efflux transporter MFP subunit  33.7 
 
 
360 aa  182  7e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.880012  normal  0.445386 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3513  RND family efflux transporter MFP subunit  33.7 
 
 
360 aa  182  7e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  33.7 
 
 
360 aa  182  7e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3695  RND family efflux transporter MFP subunit  32.58 
 
 
360 aa  176  4e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.101272  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1280  putative multidrug resistance protein  29.97 
 
 
343 aa  176  4e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0668  RND family efflux transporter MFP subunit  32.25 
 
 
360 aa  176  7e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0664  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.05 
 
 
360 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0641  RND family efflux transporter MFP subunit  33.05 
 
 
360 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4314  RND family efflux transporter MFP subunit  30.94 
 
 
360 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00180968  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1351  putative multidrug resistance protein precursor  30.89 
 
 
357 aa  172  9e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003811  membrane-fusion protein  30.64 
 
 
343 aa  171  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4143  RND family efflux transporter MFP subunit  30.39 
 
 
343 aa  171  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.478516 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1435  RND family efflux transporter MFP subunit  31.72 
 
 
359 aa  171  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3712  RND family efflux transporter MFP subunit  32.34 
 
 
367 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.975013  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4144  RND family efflux transporter MFP subunit  32.46 
 
 
365 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.473768 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0551  RND family efflux transporter MFP subunit  31.29 
 
 
360 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.139954 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2567  RND family efflux transporter MFP subunit  32.23 
 
 
331 aa  162  9e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0697  RND family efflux transporter MFP subunit  31.43 
 
 
359 aa  161  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  30.7 
 
 
360 aa  161  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.392528  hitchhiker  0.00103818 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2871  RND family efflux transporter MFP subunit  31.27 
 
 
357 aa  160  3e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0673  multidrug resistance protein  31.44 
 
 
354 aa  160  3e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1511  secretion protein HlyD  31.11 
 
 
357 aa  159  8e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3571  RND family efflux transporter MFP subunit  31.1 
 
 
360 aa  159  9e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.239658  normal  0.276589 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1279  HlyD family secretion protein  31.13 
 
 
359 aa  158  1e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1352  organic solvent efflux pump precursor (periplasmic linker protein component)  30.56 
 
 
359 aa  155  1e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.896212  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05965  hypothetical protein  29.71 
 
 
357 aa  154  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02529  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  30.56 
 
 
403 aa  154  2e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1418  RND family efflux transporter MFP subunit  28.65 
 
 
384 aa  152  8e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003810  linker protein putative  28.69 
 
 
365 aa  148  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01876  hypothetical protein  28.65 
 
 
359 aa  147  4.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0034  secretion protein, HlyD family  27.81 
 
 
369 aa  143  5e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0674  periplasmic linker protein  28.61 
 
 
358 aa  140  3e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1613  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.95 
 
 
469 aa  138  1e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000228  membrane-fusion protein  28.08 
 
 
357 aa  136  5e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  28.24 
 
 
364 aa  132  6.999999999999999e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2715  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.03 
 
 
366 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37732  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  28.31 
 
 
389 aa  127  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.718255  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.49 
 
 
379 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2778  RND family efflux transporter MFP subunit  28.77 
 
 
359 aa  124  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.16 
 
 
379 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5193  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.02 
 
 
372 aa  123  6e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.36 
 
 
388 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.631291  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0344  secretion protein HlyD  30.31 
 
 
372 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2115  RND family efflux transporter MFP subunit  27.71 
 
 
358 aa  120  3e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.243289  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1510  secretion protein HlyD  27.03 
 
 
357 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  24.93 
 
 
357 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0230  secretion protein HlyD  29.7 
 
 
367 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02664  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  26.67 
 
 
359 aa  114  3e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0150101  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1263  efflux transporter  24.63 
 
 
415 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.471028  normal  0.778162 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  29.81 
 
 
356 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  28.14 
 
 
384 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  32.42 
 
 
392 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  29.52 
 
 
356 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  28.72 
 
 
367 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0231  secretion protein HlyD  28.35 
 
 
354 aa  110  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.39 
 
 
395 aa  109  6e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000227  periplasmic linker protein  27.73 
 
 
353 aa  109  9.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  26.74 
 
 
366 aa  108  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0630  secretion protein HlyD  27.35 
 
 
357 aa  108  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0232449  normal  0.116732 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  24.54 
 
 
371 aa  107  3e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  27.66 
 
 
366 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.36 
 
 
366 aa  106  8e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3301  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.66 
 
 
366 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  25.82 
 
 
369 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  25.74 
 
 
418 aa  104  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  25.83 
 
 
369 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  25.83 
 
 
369 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  26.3 
 
 
368 aa  103  5e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  26.11 
 
 
396 aa  103  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0234  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.38 
 
 
367 aa  103  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01940  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  29.22 
 
 
383 aa  103  6e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.34804 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  25.56 
 
 
369 aa  102  8e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3002  membrane-fusion protein, component of multidrug efflux system  26.65 
 
 
367 aa  102  1e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  25.54 
 
 
361 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6002  RND family efflux transporter MFP subunit  28.48 
 
 
363 aa  102  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.249457  normal  0.124375 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  25.53 
 
 
370 aa  101  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  26.53 
 
 
523 aa  101  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  24.41 
 
 
361 aa  101  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.918542  normal  0.711455 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1452  RND family efflux transporter MFP subunit  25.82 
 
 
369 aa  100  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0187105  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  27.88 
 
 
366 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2170  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.6 
 
 
362 aa  100  6e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.923896  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0288  RND family efflux transporter MFP subunit  26.51 
 
 
355 aa  100  6e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.527133 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1289  putative transport/efflux transmembrane protein  28.3 
 
 
378 aa  100  6e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5174  RND efflux transporter  27.35 
 
 
355 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274772  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.79 
 
 
379 aa  99.4  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  25.41 
 
 
359 aa  99  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0730  RND family efflux transporter MFP subunit  28.1 
 
 
350 aa  98.6  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.13685  normal  0.700394 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  25.35 
 
 
370 aa  97.8  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0793  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.23 
 
 
390 aa  98.6  2e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5192  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.57 
 
 
356 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1206  RND family efflux transporter MFP subunit  27.06 
 
 
385 aa  97.8  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.27 
 
 
417 aa  97.1  4e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>