More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0674 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0674  periplasmic linker protein  100 
 
 		 358 aa  722    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003810  linker protein putative  33.24 
 
 		 365 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1352  organic solvent efflux pump precursor (periplasmic linker protein component)  34.2 
 
 		 359 aa  186  4e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.896212  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01876  hypothetical protein  31.55 
 
 		 359 aa  181  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1279  HlyD family secretion protein  32.15 
 
 		 359 aa  176  4e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  33.51 
 
 		 432 aa  168  1e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4144  RND family efflux transporter MFP subunit  32.27 
 
 		 365 aa  157  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.473768 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  28.49 
 
 		 354 aa  155  1e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01875  hypothetical protein  30.7 
 
 		 343 aa  154  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3664  RND family efflux transporter MFP subunit  29.85 
 
 		 370 aa  146  4.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003811  membrane-fusion protein  29.25 
 
 		 343 aa  143  5e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2870  RND family efflux transporter MFP subunit  29.21 
 
 		 351 aa  143  5e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.551784  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3712  RND family efflux transporter MFP subunit  29.05 
 
 		 367 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.975013  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0467  RND family efflux transporter MFP subunit  31.63 
 
 		 360 aa  140  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.949455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3695  RND family efflux transporter MFP subunit  31.41 
 
 		 360 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.101272  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4314  RND family efflux transporter MFP subunit  30.14 
 
 		 360 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00180968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0668  RND family efflux transporter MFP subunit  29.05 
 
 		 360 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1730  RND family efflux transporter MFP subunit  28.16 
 
 		 368 aa  139  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.674972  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1435  RND family efflux transporter MFP subunit  28.81 
 
 		 359 aa  138  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3992  RND efflux system membrane fusion protein  28.4 
 
 		 366 aa  138  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0630  RND family efflux transporter MFP subunit  29.69 
 
 		 364 aa  137  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0641  RND family efflux transporter MFP subunit  29.32 
 
 		 360 aa  138  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0664  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.32 
 
 		 360 aa  138  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0034  secretion protein, HlyD family  31.73 
 
 		 369 aa  137  3.0000000000000003e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1418  RND family efflux transporter MFP subunit  29.05 
 
 		 384 aa  136  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  30.13 
 
 		 360 aa  135  9e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.392528  hitchhiker  0.00103818 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0551  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 360 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.139954 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1280  putative multidrug resistance protein  27.49 
 
 		 343 aa  132  7.999999999999999e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.46 
 
 		 388 aa  132  9e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.631291  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0697  RND family efflux transporter MFP subunit  29.2 
 
 		 359 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3571  RND family efflux transporter MFP subunit  29.68 
 
 		 360 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.239658  normal  0.276589 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05965  hypothetical protein  30.26 
 
 		 357 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02529  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  25.84 
 
 		 403 aa  126  6e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  26.65 
 
 		 389 aa  126  6e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.718255  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4143  RND family efflux transporter MFP subunit  29.23 
 
 		 343 aa  126  7e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.478516 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000228  membrane-fusion protein  29.6 
 
 		 357 aa  125  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1510  secretion protein HlyD  26.55 
 
 		 357 aa  124  2e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  28.73 
 
 		 370 aa  123  4e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.53 
 
 		 365 aa  123  4e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  27.75 
 
 		 364 aa  123  4e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2115  RND family efflux transporter MFP subunit  28.69 
 
 		 358 aa  122  9.999999999999999e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.243289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 		 361 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.918542  normal  0.711455 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1511  secretion protein HlyD  26.15 
 
 		 357 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  31.08 
 
 		 384 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  27.32 
 
 		 357 aa  120  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1351  putative multidrug resistance protein precursor  27.3 
 
 		 357 aa  120  4.9999999999999996e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3002  membrane-fusion protein, component of multidrug efflux system  29.38 
 
 		 367 aa  119  9e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2871  RND family efflux transporter MFP subunit  27.62 
 
 		 357 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0849  RND family efflux transporter MFP subunit  26.9 
 
 		 360 aa  118  1.9999999999999998e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.880012  normal  0.445386 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3513  RND family efflux transporter MFP subunit  26.9 
 
 		 360 aa  118  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  26.9 
 
 		 360 aa  118  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1613  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.66 
 
 		 469 aa  117  3e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  27.84 
 
 		 366 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0673  multidrug resistance protein  31.18 
 
 		 354 aa  116  5e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000227  periplasmic linker protein  26.04 
 
 		 353 aa  113  5e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  28.38 
 
 		 367 aa  109  6e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1309  efflux protein  31.27 
 
 		 364 aa  109  7.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  28.44 
 
 		 367 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  31.38 
 
 		 359 aa  108  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.92 
 
 		 379 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.14 
 
 		 367 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1263  efflux transporter  25.89 
 
 		 415 aa  105  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.471028  normal  0.778162 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0793  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.62 
 
 		 390 aa  104  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.53 
 
 		 379 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  30.28 
 
 		 405 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3301  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.62 
 
 		 366 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1455  RND family efflux transporter MFP subunit  28.07 
 
 		 345 aa  101  2e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.65 
 
 		 383 aa  101  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02664  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  24.13 
 
 		 359 aa  101  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0150101  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3214  putative efflux protein  26.93 
 
 		 367 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2778  RND family efflux transporter MFP subunit  26.93 
 
 		 359 aa  100  5e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2715  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.34 
 
 		 366 aa  99.8  7e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37732  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0630  secretion protein HlyD  28.12 
 
 		 357 aa  99.4  8e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0232449  normal  0.116732 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1916  putative efflux protein  26.15 
 
 		 370 aa  99.4  9e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2567  RND family efflux transporter MFP subunit  26.44 
 
 		 331 aa  98.6  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000654  putative efflux protein  25.14 
 
 		 360 aa  99  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.43 
 
 		 379 aa  98.6  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3760  secretion protein HlyD  29.41 
 
 		 362 aa  98.2  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.196565 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1316  secretion protein HlyD  27.06 
 
 		 501 aa  98.2  2e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6002  RND family efflux transporter MFP subunit  29.81 
 
 		 363 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.249457  normal  0.124375 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  27.05 
 
 		 360 aa  97.4  3e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  28.45 
 
 		 371 aa  97.1  4e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2234  RND family efflux transporter MFP subunit  25.31 
 
 		 407 aa  97.1  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.282252  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  28.38 
 
 		 418 aa  96.7  5e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  27.55 
 
 		 368 aa  95.9  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.21 
 
 		 386 aa  95.1  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1861  RND family efflux transporter MFP subunit  26.54 
 
 		 370 aa  94.4  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.680929  hitchhiker  0.00126667 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4926  RND family efflux transporter MFP subunit  29.36 
 
 		 351 aa  94  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2117  RND family efflux transporter MFP subunit  26.54 
 
 		 370 aa  94.4  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00784562 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5211  HlyD family secretion protein  26.86 
 
 		 358 aa  94  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.41 
 
 		 377 aa  93.2  6e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3799  RND family efflux transporter MFP subunit  28.81 
 
 		 361 aa  92.8  9e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  28.53 
 
 		 373 aa  91.7  2e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5274  RND family efflux transporter MFP subunit  27.47 
 
 		 377 aa  90.5  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0726879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.88 
 
 		 417 aa  90.5  4e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4122  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.53 
 
 		 361 aa  90.1  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.01 
 
 		 377 aa  90.1  6e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0827  RND family efflux transporter MFP subunit  28.45 
 
 		 374 aa  89.7  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.308781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.97 
 
 		 361 aa  89.7  7e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  27.63 
 
 		 523 aa  89.4  8e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>