More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1263 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1263  efflux transporter  100 
 
 		 415 aa  808    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.471028  normal  0.778162 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1613  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.53 
 
 		 469 aa  205  1e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  29.08 
 
 		 432 aa  163  6e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  24.5 
 
 		 354 aa  154  4e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2115  RND family efflux transporter MFP subunit  33.06 
 
 		 358 aa  152  7e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.243289  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.39 
 
 		 388 aa  150  5e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.631291  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3664  RND family efflux transporter MFP subunit  26.67 
 
 		 370 aa  139  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0551  RND family efflux transporter MFP subunit  28.28 
 
 		 360 aa  137  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.139954 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0641  RND family efflux transporter MFP subunit  28.13 
 
 		 360 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0664  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.13 
 
 		 360 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3712  RND family efflux transporter MFP subunit  28.13 
 
 		 367 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.975013  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  28.11 
 
 		 360 aa  134  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.392528  hitchhiker  0.00103818 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3571  RND family efflux transporter MFP subunit  28.72 
 
 		 360 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.239658  normal  0.276589 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3992  RND efflux system membrane fusion protein  27.38 
 
 		 366 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0668  RND family efflux transporter MFP subunit  27.67 
 
 		 360 aa  133  5e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0697  RND family efflux transporter MFP subunit  29.12 
 
 		 359 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  28.36 
 
 		 361 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.918542  normal  0.711455 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0793  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.57 
 
 		 390 aa  130  5.0000000000000004e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1435  RND family efflux transporter MFP subunit  28.15 
 
 		 359 aa  127  3e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0467  RND family efflux transporter MFP subunit  25.95 
 
 		 360 aa  126  6e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.949455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2715  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.76 
 
 		 366 aa  123  6e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37732  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1730  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 368 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.674972  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000228  membrane-fusion protein  25.26 
 
 		 357 aa  117  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003810  linker protein putative  26.83 
 
 		 365 aa  117  5e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3695  RND family efflux transporter MFP subunit  26.13 
 
 		 360 aa  117  5e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.101272  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05965  hypothetical protein  25.14 
 
 		 357 aa  114  3e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  28.78 
 
 		 369 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1280  putative multidrug resistance protein  25 
 
 		 343 aa  114  4.0000000000000004e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  24.55 
 
 		 357 aa  113  6e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01876  hypothetical protein  25.67 
 
 		 359 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1279  HlyD family secretion protein  25.2 
 
 		 359 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  29.33 
 
 		 369 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  29.33 
 
 		 369 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0674  periplasmic linker protein  25.91 
 
 		 358 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0730  RND family efflux transporter MFP subunit  28.54 
 
 		 350 aa  111  3e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.13685  normal  0.700394 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  25.18 
 
 		 364 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  29.09 
 
 		 369 aa  110  6e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8104  secretion protein HlyD family protein  31.7 
 
 		 354 aa  110  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  28.64 
 
 		 403 aa  110  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  29.33 
 
 		 370 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  28.23 
 
 		 396 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4314  RND family efflux transporter MFP subunit  27.53 
 
 		 360 aa  109  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00180968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1351  putative multidrug resistance protein precursor  24.94 
 
 		 357 aa  108  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  28.36 
 
 		 361 aa  107  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  29.06 
 
 		 367 aa  106  8e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2823  HlyD family secretion protein  30.6 
 
 		 329 aa  105  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3278  secretion protein HlyD family protein  32.85 
 
 		 333 aa  105  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2567  RND family efflux transporter MFP subunit  26.39 
 
 		 331 aa  105  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1418  RND family efflux transporter MFP subunit  25.58 
 
 		 384 aa  104  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  28.16 
 
 		 371 aa  104  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  27.73 
 
 		 367 aa  104  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  30.83 
 
 		 371 aa  103  4e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  26.55 
 
 		 366 aa  103  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0954  RND family efflux transporter MFP subunit  28.64 
 
 		 371 aa  102  9e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  28.64 
 
 		 371 aa  102  9e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2162  RND family efflux transporter MFP subunit  28.64 
 
 		 371 aa  102  9e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0971  secretion protein HlyD family protein  30.96 
 
 		 333 aa  102  9e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.70003 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1555  secretion protein HlyD  29.02 
 
 		 394 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01875  hypothetical protein  25.9 
 
 		 343 aa  102  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  27.47 
 
 		 367 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0630  secretion protein HlyD  26.42 
 
 		 357 aa  100  7e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0232449  normal  0.116732 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0849  RND family efflux transporter MFP subunit  26.11 
 
 		 360 aa  99.4  9e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.880012  normal  0.445386 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3513  RND family efflux transporter MFP subunit  26.11 
 
 		 360 aa  99.4  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  26.11 
 
 		 360 aa  99.4  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  28.22 
 
 		 370 aa  97.8  3e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0034  secretion protein, HlyD family  23.26 
 
 		 369 aa  97.1  5e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0129  hypothetical protein  32.23 
 
 		 344 aa  97.4  5e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.993938  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  27.37 
 
 		 392 aa  95.9  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  28.57 
 
 		 359 aa  95.5  2e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3892  secretion protein HlyD family protein  33.95 
 
 		 352 aa  95.5  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.79 
 
 		 414 aa  95.1  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.152554 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.19 
 
 		 379 aa  95.5  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1352  organic solvent efflux pump precursor (periplasmic linker protein component)  24.6 
 
 		 359 aa  95.5  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.896212  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4143  RND family efflux transporter MFP subunit  26.72 
 
 		 343 aa  94.4  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.478516 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.85 
 
 		 379 aa  94.4  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3464  secretion protein HlyD  31.34 
 
 		 335 aa  94  4e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2871  RND family efflux transporter MFP subunit  23.87 
 
 		 357 aa  94.4  4e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.48 
 
 		 365 aa  93.6  6e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.56 
 
 		 397 aa  93.6  6e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  26.24 
 
 		 384 aa  93.6  7e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.77 
 
 		 432 aa  93.2  7e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0659148 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2826  RND family efflux transporter MFP subunit  28.1 
 
 		 396 aa  93.2  8e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0174041 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003811  membrane-fusion protein  23.6 
 
 		 343 aa  92.8  9e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0110  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.18 
 
 		 360 aa  92.8  9e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0109  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.18 
 
 		 360 aa  92.8  9e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2178  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.56 
 
 		 371 aa  92.8  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.86 
 
 		 380 aa  91.7  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  29.59 
 
 		 349 aa  92  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0630  RND family efflux transporter MFP subunit  26.96 
 
 		 364 aa  91.7  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2370  secretion protein HlyD  33.85 
 
 		 344 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.972198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1511  secretion protein HlyD  23.36 
 
 		 357 aa  90.9  3e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0225  RND family efflux transporter MFP subunit  28.26 
 
 		 461 aa  90.9  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.540049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2797  secretion protein HlyD  26.16 
 
 		 367 aa  90.5  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.798419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3037  secretion protein HlyD  28.69 
 
 		 344 aa  90.5  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.714598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  28.88 
 
 		 366 aa  90.1  6e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4736  secretion protein HlyD  25.86 
 
 		 510 aa  90.1  6e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.325985  normal  0.292104 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2900  hypothetical protein  27.56 
 
 		 328 aa  90.1  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.441654  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2812  hypothetical protein  27.56 
 
 		 328 aa  90.1  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.659594  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  25.96 
 
 		 523 aa  89.7  8e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4698  hypothetical protein  30.51 
 
 		 334 aa  89.7  8e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.528303  normal  0.639413 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>