More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1613 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_1613  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 469 aa  939    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1263  efflux transporter  35.53 
 
 		 415 aa  208  2e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.471028  normal  0.778162 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.82 
 
 		 388 aa  194  3e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.631291  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  30.3 
 
 		 432 aa  181  2e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0034  secretion protein, HlyD family  29.34 
 
 		 369 aa  172  9e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  28.95 
 
 		 354 aa  159  1e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  27.87 
 
 		 357 aa  146  8.000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0793  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.08 
 
 		 390 aa  145  1e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  26.38 
 
 		 364 aa  144  3e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2115  RND family efflux transporter MFP subunit  28.47 
 
 		 358 aa  143  6e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.243289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0467  RND family efflux transporter MFP subunit  28.64 
 
 		 360 aa  139  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.949455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1279  HlyD family secretion protein  25.3 
 
 		 359 aa  139  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2715  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.87 
 
 		 366 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37732  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3695  RND family efflux transporter MFP subunit  27.04 
 
 		 360 aa  134  3e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.101272  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3664  RND family efflux transporter MFP subunit  29.16 
 
 		 370 aa  134  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1730  RND family efflux transporter MFP subunit  28.43 
 
 		 368 aa  134  3e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.674972  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  26.13 
 
 		 389 aa  133  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.718255  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  30.9 
 
 		 367 aa  133  6e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4314  RND family efflux transporter MFP subunit  27.08 
 
 		 360 aa  130  6e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00180968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0630  RND family efflux transporter MFP subunit  27.73 
 
 		 364 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.32 
 
 		 379 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3712  RND family efflux transporter MFP subunit  28.77 
 
 		 367 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.975013  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  28.02 
 
 		 371 aa  121  3e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0664  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.92 
 
 		 360 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0641  RND family efflux transporter MFP subunit  28.92 
 
 		 360 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003810  linker protein putative  24.28 
 
 		 365 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  29.68 
 
 		 367 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  29.68 
 
 		 367 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003811  membrane-fusion protein  26.18 
 
 		 343 aa  117  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1351  putative multidrug resistance protein precursor  26.34 
 
 		 357 aa  117  6e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0674  periplasmic linker protein  25.66 
 
 		 358 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02664  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  26.08 
 
 		 359 aa  116  8.999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0150101  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0827  RND family efflux transporter MFP subunit  30.28 
 
 		 374 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.308781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01876  hypothetical protein  22.67 
 
 		 359 aa  114  4.0000000000000004e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01875  hypothetical protein  25.78 
 
 		 343 aa  114  5e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  26.81 
 
 		 369 aa  113  6e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  26.59 
 
 		 369 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.96 
 
 		 397 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3571  RND family efflux transporter MFP subunit  27.07 
 
 		 360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.239658  normal  0.276589 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0697  RND family efflux transporter MFP subunit  26.78 
 
 		 359 aa  111  3e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  26.59 
 
 		 369 aa  111  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  26.35 
 
 		 360 aa  111  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.392528  hitchhiker  0.00103818 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  26.59 
 
 		 369 aa  111  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  29.62 
 
 		 366 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.24 
 
 		 471 aa  110  4.0000000000000004e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  26.52 
 
 		 361 aa  110  6e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2865  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.32 
 
 		 478 aa  109  8.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0716848 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0630  secretion protein HlyD  26.94 
 
 		 357 aa  108  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0232449  normal  0.116732 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0668  RND family efflux transporter MFP subunit  27.76 
 
 		 360 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1435  RND family efflux transporter MFP subunit  27.6 
 
 		 359 aa  108  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.3 
 
 		 379 aa  108  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  28.34 
 
 		 366 aa  108  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0551  RND family efflux transporter MFP subunit  26.29 
 
 		 360 aa  108  3e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.139954 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  26.33 
 
 		 403 aa  107  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  24.6 
 
 		 374 aa  107  6e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2234  RND family efflux transporter MFP subunit  23.85 
 
 		 407 aa  106  7e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.282252  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.12 
 
 		 366 aa  106  9e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  33.09 
 
 		 405 aa  106  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  26.68 
 
 		 396 aa  105  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.12 
 
 		 377 aa  105  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  25.67 
 
 		 370 aa  104  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  28.87 
 
 		 366 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4143  RND family efflux transporter MFP subunit  26.38 
 
 		 343 aa  104  4e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.478516 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.36 
 
 		 414 aa  104  4e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.152554 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  27.57 
 
 		 370 aa  103  8e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  31.36 
 
 		 523 aa  103  8e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  24.4 
 
 		 360 aa  102  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3513  RND family efflux transporter MFP subunit  24.4 
 
 		 360 aa  102  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0849  RND family efflux transporter MFP subunit  24.4 
 
 		 360 aa  102  1e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.880012  normal  0.445386 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0954  RND family efflux transporter MFP subunit  26.33 
 
 		 371 aa  100  4e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  26.33 
 
 		 371 aa  100  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2162  RND family efflux transporter MFP subunit  26.33 
 
 		 371 aa  100  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  25.85 
 
 		 371 aa  99.8  9e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  28.26 
 
 		 366 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1352  organic solvent efflux pump precursor (periplasmic linker protein component)  23.32 
 
 		 359 aa  99  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.896212  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1511  secretion protein HlyD  24.75 
 
 		 357 aa  99  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  26.16 
 
 		 392 aa  98.6  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2797  secretion protein HlyD  27.32 
 
 		 367 aa  98.2  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.798419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1280  putative multidrug resistance protein  25.32 
 
 		 343 aa  98.2  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0673  multidrug resistance protein  25.9 
 
 		 354 aa  97.8  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1555  secretion protein HlyD  26.92 
 
 		 394 aa  97.1  6e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.95 
 
 		 379 aa  95.9  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  22.67 
 
 		 361 aa  96.3  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.918542  normal  0.711455 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.2 
 
 		 349 aa  94.7  3e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.07 
 
 		 462 aa  94.4  4e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000755017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0963  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 451 aa  94  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0174638  normal  0.124893 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  27.08 
 
 		 384 aa  94  6e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  26.68 
 
 		 418 aa  93.6  7e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4144  RND family efflux transporter MFP subunit  22.58 
 
 		 365 aa  93.6  8e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.473768 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  35.02 
 
 		 402 aa  92.4  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  27.6 
 
 		 376 aa  92.4  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0206  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.53 
 
 		 386 aa  93.2  1e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0949  RND family efflux transporter MFP subunit  28.72 
 
 		 390 aa  92  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3992  RND efflux system membrane fusion protein  29.95 
 
 		 366 aa  92.4  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1392  RND family efflux transporter MFP subunit  25.18 
 
 		 369 aa  92.4  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.484541  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1423  RND family mulitdrug efflux protein  26.49 
 
 		 371 aa  91.7  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.427177  normal  0.182381 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.67 
 
 		 432 aa  91.7  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0659148 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.43 
 
 		 356 aa  90.9  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5211  HlyD family secretion protein  26.63 
 
 		 358 aa  90.9  5e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0259  secretion protein HlyD  28.78 
 
 		 327 aa  90.5  6e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.689376  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>