More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0963 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0963  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 451 aa  901    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0174638  normal  0.124893 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.64 
 
 		 453 aa  353  5e-96  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1672  RND family efflux transporter MFP subunit  46.15 
 
 		 429 aa  338  9.999999999999999e-92  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2865  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.23 
 
 		 478 aa  334  2e-90  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0716848 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.91 
 
 		 471 aa  328  1.0000000000000001e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.87 
 
 		 414 aa  303  5.000000000000001e-81  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.5 
 
 		 453 aa  291  2e-77  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1666  RND family efflux transporter MFP subunit  37.78 
 
 		 418 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1001  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.73 
 
 		 424 aa  234  3e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336631 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1483  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.91 
 
 		 419 aa  231  2e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.377405 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1334  secretion protein HlyD  38.65 
 
 		 410 aa  231  2e-59  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1637  RND family efflux transporter MFP subunit  35.05 
 
 		 465 aa  225  1e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0987  secretion protein HlyD  33.18 
 
 		 419 aa  219  7.999999999999999e-56  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1532  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.61 
 
 		 415 aa  218  2e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1634  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.63 
 
 		 417 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4154  secretion protein HlyD  30.86 
 
 		 458 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4285  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.69 
 
 		 458 aa  164  3e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4307  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.03 
 
 		 458 aa  164  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4295  RND family efflux transporter MFP subunit  32.55 
 
 		 466 aa  159  7e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.073476  normal  0.845427 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3323  secretion protein HlyD  31.21 
 
 		 459 aa  152  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.665109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3595  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.2 
 
 		 404 aa  145  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0852698  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.27 
 
 		 419 aa  126  8.000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000305818 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0496  RND family efflux transporter MFP subunit  30.77 
 
 		 402 aa  125  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1129  RND family efflux transporter MFP subunit  30.35 
 
 		 407 aa  123  9e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3038  secretion protein HlyD  29.77 
 
 		 403 aa  119  7e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.78 
 
 		 419 aa  116  8.999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1863  RND family efflux transporter MFP subunit  27.93 
 
 		 393 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.28 
 
 		 409 aa  115  2.0000000000000002e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5333  RND family efflux transporter MFP subunit  27.17 
 
 		 397 aa  113  9e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.037024 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3415  secretion protein HlyD  27.17 
 
 		 397 aa  113  9e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.89814  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4953  RND family efflux transporter MFP subunit  27.17 
 
 		 397 aa  113  9e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.162755  normal  0.0662922 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1414  secretion protein HlyD  30.23 
 
 		 430 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2186  macrolide efflux protein MacA  25.76 
 
 		 428 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0927  macrolide efflux protein MacA  26.45 
 
 		 399 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0836  macrolide efflux protein MacA  25.76 
 
 		 435 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0404665  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  26.64 
 
 		 431 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00603978  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  28.04 
 
 		 400 aa  111  3e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1791  macrolide efflux protein MacA  27.27 
 
 		 420 aa  110  5e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0820  HlyD family secretion protein  29.63 
 
 		 405 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2811  RND family efflux transporter MFP subunit  25.73 
 
 		 444 aa  109  8.000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.95 
 
 		 416 aa  109  1e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3233  RND family efflux transporter MFP subunit  27 
 
 		 405 aa  109  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000196171  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  29.97 
 
 		 409 aa  109  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000285815  normal  0.0164702 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  28.07 
 
 		 390 aa  109  1e-22  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0725  HlyD family secretion protein  26.37 
 
 		 397 aa  108  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.897812  normal  0.118835 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1456  RND family efflux transporter MFP subunit  27.84 
 
 		 405 aa  108  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3918  secretion protein HlyD  30 
 
 		 433 aa  107  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1161  RND family efflux transporter MFP subunit  28.42 
 
 		 404 aa  105  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0203325  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1814  RND family efflux transporter MFP subunit  28.35 
 
 		 432 aa  105  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1791  secretion protein HlyD  26.85 
 
 		 402 aa  105  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  29.69 
 
 		 413 aa  105  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0899354  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.41 
 
 		 428 aa  104  3e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0832  RND family efflux transporter MFP subunit  29.14 
 
 		 416 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000487508  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0800  RND family efflux transporter MFP subunit  29.14 
 
 		 416 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000642362  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1571  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.11 
 
 		 435 aa  104  3e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.334008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3536  RND family efflux transporter MFP subunit  29.14 
 
 		 416 aa  103  5e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.14 
 
 		 410 aa  103  6e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000019827  hitchhiker  0.00000000236896 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0770  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.74 
 
 		 399 aa  103  6e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0433625  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2777  RND family efflux transporter MFP subunit  31.13 
 
 		 489 aa  103  6e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000975793  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1983  RND family efflux transporter MFP subunit  26.73 
 
 		 416 aa  102  1e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2220  RND family efflux transporter MFP subunit  28.72 
 
 		 399 aa  101  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3185  secretion protein HlyD  27.07 
 
 		 446 aa  101  3e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0919  AcrA/AcrE family efflux protein  25.06 
 
 		 377 aa  101  3e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1080  MacA  26.24 
 
 		 394 aa  100  4e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1706  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.54 
 
 		 430 aa  100  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1833  RND family efflux transporter MFP subunit  27.84 
 
 		 464 aa  100  4e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.36059  unclonable  0.000000000906287 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0563  secretion protein HlyD  26.83 
 
 		 456 aa  100  6e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.55 
 
 		 430 aa  99  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2116  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.39 
 
 		 393 aa  99.4  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.419105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3265  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.06 
 
 		 404 aa  99  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1007  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.23 
 
 		 398 aa  99  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1613  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 469 aa  99.4  1e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.23 
 
 		 419 aa  99  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.321445  normal  0.921537 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0635  macrolide-specific efflux protein macA  32.82 
 
 		 390 aa  98.6  2e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0167041  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3712  RND family efflux transporter MFP subunit  26.41 
 
 		 450 aa  98.2  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.40893 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1298  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.61 
 
 		 410 aa  97.8  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.61066  normal  0.83964 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1256  membrane fusion protein (MFP) family auxiliary transport protein  26.87 
 
 		 397 aa  97.4  5e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3171  RND family efflux transporter MFP subunit  28.35 
 
 		 416 aa  97.1  6e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000224755  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2151  RND family efflux transporter MFP subunit  27.13 
 
 		 471 aa  96.7  9e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.563694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1084  MacA  26.92 
 
 		 402 aa  96.3  1e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0906  secretion protein HlyD  25.61 
 
 		 449 aa  96.3  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.101628  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5856  secretion protein HlyD  29.74 
 
 		 425 aa  95.5  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.249167  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2920  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.08 
 
 		 505 aa  94.7  3e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.214189 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0573  macrolide secretion protein MacA  26.16 
 
 		 455 aa  94.4  3e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000123833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1101  RND family efflux transporter MFP subunit  26.23 
 
 		 414 aa  94.4  4e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.402678  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.95 
 
 		 405 aa  94.4  4e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.831389 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  25.65 
 
 		 376 aa  94.4  4e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0709  macrolide-specific efflux protein macA  32.49 
 
 		 390 aa  94  5e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3403  HlyD family secretion protein  27.89 
 
 		 401 aa  94  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00376035  normal  0.420161 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6610  RND family efflux transporter MFP subunit  28.83 
 
 		 394 aa  94  5e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.260284  normal  0.566522 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0815  membrane-fusion protein  26.68 
 
 		 434 aa  94  6e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0607  RND family efflux transporter MFP subunit  25.87 
 
 		 406 aa  93.6  6e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.26 
 
 		 421 aa  93.6  7e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2617  secretion protein HlyD  26.15 
 
 		 385 aa  93.6  7e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000106145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1857  secretion protein HlyD  25.46 
 
 		 390 aa  93.6  7e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.779454 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0635  RND family efflux transporter MFP subunit  25.47 
 
 		 406 aa  93.6  7e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.320707  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0949  RND family efflux transporter MFP subunit  26.52 
 
 		 390 aa  93.2  9e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1064  macrolide-specific efflux protein macA  32.49 
 
 		 390 aa  93.2  9e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0267322  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1847  putative efflux transporter  23.11 
 
 		 421 aa  93.2  9e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2872  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.28 
 
 		 387 aa  92.4  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>