More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1791 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_1791  secretion protein HlyD  100 
 
 
402 aa  793    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5856  secretion protein HlyD  72.89 
 
 
425 aa  557  1e-157  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.249167  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3712  RND family efflux transporter MFP subunit  71.14 
 
 
450 aa  547  1e-154  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.40893 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3403  HlyD family secretion protein  70.65 
 
 
401 aa  526  1e-148  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00376035  normal  0.420161 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0285  RND family efflux transporter MFP subunit  69.15 
 
 
401 aa  521  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.140483  hitchhiker  0.000000766037 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0207  RND family efflux transporter MFP subunit  69.65 
 
 
400 aa  518  1e-146  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000100142 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2802  secretion protein HlyD  69.4 
 
 
401 aa  511  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0304  RND family efflux transporter MFP subunit  69.4 
 
 
401 aa  511  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0944915  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0231  RND family efflux transporter MFP subunit  69.15 
 
 
401 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000683509 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0223  RND family efflux transporter MFP subunit  69.4 
 
 
401 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2408  secretion protein HlyD  54.57 
 
 
404 aa  393  1e-108  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000198894  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1456  RND family efflux transporter MFP subunit  51.36 
 
 
405 aa  378  1e-104  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3265  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.48 
 
 
404 aa  373  1e-102  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.88 
 
 
405 aa  362  8e-99  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.831389 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1161  RND family efflux transporter MFP subunit  51.85 
 
 
404 aa  349  4e-95  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0203325  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1983  RND family efflux transporter MFP subunit  50 
 
 
416 aa  348  7e-95  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2213  secretion protein HlyD  47.52 
 
 
407 aa  348  8e-95  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2520  RND family efflux transporter MFP subunit  43.6 
 
 
406 aa  296  4e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0631  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.78 
 
 
432 aa  264  2e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.137352 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1621  secretion protein HlyD  35.11 
 
 
407 aa  209  8e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1515  RND family efflux transporter MFP subunit  36.43 
 
 
405 aa  195  1e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03344  acriflavin resistance protein  32.84 
 
 
417 aa  179  5.999999999999999e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0254  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.33 
 
 
417 aa  178  1e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.513446 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1756  acriflavin resistance protein  34.73 
 
 
363 aa  149  6e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0637221  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0820  secretion protein HlyD family protein  34.35 
 
 
342 aa  144  2e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.495738  hitchhiker  0.000581546 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.61 
 
 
377 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  28.36 
 
 
376 aa  130  6e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  28.21 
 
 
451 aa  122  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2020  secretion protein HlyD family protein  30.15 
 
 
357 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.519564  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0431  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.43 
 
 
368 aa  114  4.0000000000000004e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3595  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.87 
 
 
404 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0852698  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0266  acriflavin resistance protein  35.41 
 
 
212 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2370  secretion protein HlyD  29.74 
 
 
405 aa  108  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000467489 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.77 
 
 
407 aa  107  3e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08701  membrane fusion protein  29.74 
 
 
392 aa  106  6e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0963  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.17 
 
 
451 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0174638  normal  0.124893 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3038  secretion protein HlyD  28.63 
 
 
403 aa  103  7e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167095  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  28.27 
 
 
373 aa  101  2e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1398  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.26 
 
 
504 aa  102  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.463842 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.74 
 
 
432 aa  101  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0659148 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.57 
 
 
360 aa  101  3e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0558  secretion protein HlyD  28.16 
 
 
360 aa  100  3e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.177986  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1101  RND family efflux transporter MFP subunit  29.05 
 
 
414 aa  100  3e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.402678  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2583  secretion protein HlyD family protein  29.05 
 
 
437 aa  100  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.860708  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.73 
 
 
390 aa  100  4e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.78 
 
 
353 aa  100  6e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.104068  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14330  Secretion protein HlyD family  28.45 
 
 
401 aa  100  7e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774042  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  25.81 
 
 
367 aa  99.8  8e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1596  secretion protein HlyD family protein  25.97 
 
 
420 aa  99.8  8e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0836964  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  24.58 
 
 
368 aa  99  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000105  membrane-fusion protein  28.75 
 
 
351 aa  99  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.860226  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.54 
 
 
453 aa  99.4  1e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  27.37 
 
 
360 aa  98.6  2e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1783  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.1 
 
 
354 aa  98.2  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  25.72 
 
 
384 aa  98.2  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1776  CmeA  28.75 
 
 
379 aa  97.8  3e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000125677  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  23.1 
 
 
368 aa  97.8  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  22.9 
 
 
368 aa  97.8  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3268  HlyD family secretion protein  25.36 
 
 
372 aa  97.4  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  24.2 
 
 
372 aa  97.1  5e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0321  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.61 
 
 
386 aa  97.1  5e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  24.2 
 
 
372 aa  96.7  6e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0098  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.18 
 
 
432 aa  96.7  7e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  27.46 
 
 
408 aa  95.9  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.42 
 
 
360 aa  95.5  1e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  27.63 
 
 
371 aa  95.5  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  27.63 
 
 
371 aa  95.5  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.12 
 
 
432 aa  95.1  2e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  27.63 
 
 
371 aa  95.5  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  27.63 
 
 
371 aa  95.5  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  27.63 
 
 
371 aa  95.5  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1007  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.14 
 
 
398 aa  95.5  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1392  RND efflux system membrane fusion protein  24.87 
 
 
419 aa  95.5  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0449025  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  25.18 
 
 
410 aa  95.1  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  27.63 
 
 
371 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  25.52 
 
 
374 aa  94.7  2e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  27.63 
 
 
371 aa  95.5  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  25.06 
 
 
426 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.25 
 
 
455 aa  95.1  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.755082  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.02 
 
 
419 aa  94.4  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000305818 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3461  secretion protein HlyD  27.55 
 
 
384 aa  94.7  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  25.06 
 
 
426 aa  94.7  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1672  RND family efflux transporter MFP subunit  25.83 
 
 
429 aa  94  4e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.8 
 
 
414 aa  94  4e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.39 
 
 
416 aa  94  4e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2738  putative RND efflux membrane fusion protein  28.03 
 
 
371 aa  94  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254191  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3233  RND family efflux transporter MFP subunit  25.9 
 
 
405 aa  94  5e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000196171  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4166  RND family efflux transporter MFP subunit  25.85 
 
 
427 aa  94  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.49 
 
 
428 aa  93.6  5e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.37 
 
 
371 aa  93.6  6e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  27.2 
 
 
408 aa  93.2  7e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4415  RND family efflux transporter MFP subunit  27.15 
 
 
458 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.553493  normal  0.934455 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  27.37 
 
 
371 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12131  membrane fusion protein  25.97 
 
 
356 aa  92.8  1e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.502636 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1039  macrolide transporter subunit MacA  28.61 
 
 
372 aa  92  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303516  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.67 
 
 
430 aa  92  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1129  RND family efflux transporter MFP subunit  29.64 
 
 
407 aa  92  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  28.61 
 
 
372 aa  92  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0976  macrolide transporter subunit MacA  28.61 
 
 
372 aa  92  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4389  RND family efflux transporter MFP subunit  27.65 
 
 
387 aa  92  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0818366 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>