More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3185 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3185  secretion protein HlyD  100 
 
 		 446 aa  881    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3548  RND family efflux transporter MFP subunit  70.66 
 
 		 442 aa  561  1.0000000000000001e-159  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  65.84 
 
 		 466 aa  513  1e-144  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2825  Fis family transcriptional regulator  66.29 
 
 		 466 aa  512  1e-144  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.506795  normal  0.45265 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3707  RND family efflux transporter MFP subunit  57.86 
 
 		 437 aa  420  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00914113 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1414  secretion protein HlyD  53.49 
 
 		 430 aa  410  1e-113  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.95 
 
 		 428 aa  377  1e-103  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3918  secretion protein HlyD  53.29 
 
 		 433 aa  367  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0815  membrane-fusion protein  51.85 
 
 		 434 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  46.98 
 
 		 429 aa  339  5.9999999999999996e-92  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1814  RND family efflux transporter MFP subunit  47.12 
 
 		 432 aa  325  8.000000000000001e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2151  RND family efflux transporter MFP subunit  45.48 
 
 		 471 aa  321  1.9999999999999998e-86  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.563694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3605  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.24 
 
 		 429 aa  290  2e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1706  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.7 
 
 		 430 aa  290  3e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353178  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.01 
 
 		 430 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2041  secretion protein HlyD  40.15 
 
 		 398 aa  275  1.0000000000000001e-72  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3375  HlyD family membrane fusion protein  45.45 
 
 		 425 aa  271  2e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3021  RND family efflux transporter MFP subunit  45.45 
 
 		 418 aa  271  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0354964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3864  ABC transporter related  45.58 
 
 		 418 aa  258  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.606554  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.83 
 
 		 419 aa  235  1.0000000000000001e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000305818 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3595  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.08 
 
 		 404 aa  235  1.0000000000000001e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0852698  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.97 
 
 		 419 aa  231  3e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0496  RND family efflux transporter MFP subunit  37.28 
 
 		 402 aa  216  5.9999999999999996e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1166  secretion protein HlyD  35.22 
 
 		 412 aa  215  9.999999999999999e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.912906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  34.58 
 
 		 390 aa  214  1.9999999999999998e-54  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1129  RND family efflux transporter MFP subunit  36.88 
 
 		 407 aa  213  7e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  36.04 
 
 		 413 aa  210  3e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0899354  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3038  secretion protein HlyD  37.92 
 
 		 403 aa  210  4e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33 
 
 		 409 aa  209  6e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1726  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.96 
 
 		 395 aa  209  6e-53  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000359698  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3168  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.5 
 
 		 430 aa  207  3e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.479459  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3233  RND family efflux transporter MFP subunit  37.07 
 
 		 405 aa  207  3e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000196171  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2972  secretion protein HlyD  38.04 
 
 		 429 aa  205  1e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2777  RND family efflux transporter MFP subunit  37.27 
 
 		 489 aa  205  1e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000975793  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0102  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.41 
 
 		 465 aa  203  4e-51  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3060  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.48 
 
 		 424 aa  201  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.24 
 
 		 416 aa  201  3e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.77 
 
 		 419 aa  199  6e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.321445  normal  0.921537 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0906  secretion protein HlyD  32.29 
 
 		 449 aa  198  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.101628  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2811  RND family efflux transporter MFP subunit  31.18 
 
 		 444 aa  196  6e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0365  membrane-fusion protein  33.02 
 
 		 394 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  37.38 
 
 		 455 aa  180  4.999999999999999e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.384349  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  34.94 
 
 		 493 aa  169  1e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.787622 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0800  RND family efflux transporter MFP subunit  29.27 
 
 		 416 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000642362  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.24 
 
 		 410 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000019827  hitchhiker  0.00000000236896 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3536  RND family efflux transporter MFP subunit  29.24 
 
 		 416 aa  145  2e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3171  RND family efflux transporter MFP subunit  30.34 
 
 		 416 aa  144  4e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000224755  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2037  secretion protein HlyD  30.62 
 
 		 446 aa  144  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.35853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0832  RND family efflux transporter MFP subunit  28.72 
 
 		 416 aa  143  7e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000487508  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 409 aa  141  3e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000285815  normal  0.0164702 
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  29.6 
 
 		 408 aa  140  7e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0820  HlyD family secretion protein  28.03 
 
 		 405 aa  139  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4154  secretion protein HlyD  30.59 
 
 		 458 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  29.6 
 
 		 408 aa  137  3.0000000000000003e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1101  RND family efflux transporter MFP subunit  31.33 
 
 		 414 aa  136  7.000000000000001e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.402678  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.68 
 
 		 414 aa  136  9e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  29.55 
 
 		 417 aa  133  5e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1833  RND family efflux transporter MFP subunit  29.79 
 
 		 464 aa  132  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.36059  unclonable  0.000000000906287 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  30.92 
 
 		 400 aa  131  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4307  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.21 
 
 		 458 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6610  RND family efflux transporter MFP subunit  31.17 
 
 		 394 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.260284  normal  0.566522 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1007  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.36 
 
 		 398 aa  127  3e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2146  RND family efflux transporter MFP subunit  31.36 
 
 		 417 aa  127  3e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0449485  normal  0.0115764 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1259  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 415 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1256  membrane fusion protein (MFP) family auxiliary transport protein  26.59 
 
 		 397 aa  127  4.0000000000000003e-28  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4285  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.98 
 
 		 458 aa  127  6e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1637  RND family efflux transporter MFP subunit  30.43 
 
 		 465 aa  126  9e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1395  macrolide transporter subunit MacA  32.18 
 
 		 371 aa  126  1e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.458807  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0573  macrolide secretion protein MacA  27.81 
 
 		 455 aa  125  1e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000123833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0096  putative macrolide-specific efflux protein MacA  27.44 
 
 		 399 aa  124  4e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0563  secretion protein HlyD  28.18 
 
 		 456 aa  124  5e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3523  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.62 
 
 		 438 aa  123  8e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.51854  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.33 
 
 		 448 aa  123  8e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3721  putative membrane-fusion protein  30.77 
 
 		 569 aa  123  8e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45383  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0770  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.04 
 
 		 399 aa  120  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0433625  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0795  RND family efflux transporter MFP subunit  28.31 
 
 		 411 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  30.03 
 
 		 370 aa  120  4.9999999999999996e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  30.03 
 
 		 370 aa  120  4.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0963  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.75 
 
 		 451 aa  119  7e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0174638  normal  0.124893 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0758  macrolide-specific efflux protein MacA  28.48 
 
 		 394 aa  119  9.999999999999999e-26  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0225012  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  29.71 
 
 		 370 aa  119  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  31.73 
 
 		 371 aa  118  3e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.73 
 
 		 371 aa  118  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  31.73 
 
 		 371 aa  118  3e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3197  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.48 
 
 		 387 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.822347  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0635  RND family efflux transporter MFP subunit  28.61 
 
 		 406 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.320707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1863  RND family efflux transporter MFP subunit  28.32 
 
 		 393 aa  117  3.9999999999999997e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0607  RND family efflux transporter MFP subunit  28.61 
 
 		 406 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.86 
 
 		 471 aa  117  5e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1008  macrolide transporter subunit MacA  29.34 
 
 		 372 aa  117  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.622007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  31.41 
 
 		 371 aa  116  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  31.41 
 
 		 371 aa  116  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  31.41 
 
 		 371 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  31.41 
 
 		 371 aa  116  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  29.34 
 
 		 372 aa  116  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0322  RND family efflux transporter MFP subunit  32.97 
 
 		 353 aa  116  7.999999999999999e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0619651 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1039  macrolide transporter subunit MacA  29.34 
 
 		 372 aa  116  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  28.99 
 
 		 384 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  31.41 
 
 		 371 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4226  RND family efflux transporter MFP subunit  31.14 
 
 		 426 aa  116  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.499264  normal  0.926991 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>