More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1414 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1414  secretion protein HlyD  100 
 
 		 430 aa  845    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3548  RND family efflux transporter MFP subunit  55.24 
 
 		 442 aa  402  1e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0815  membrane-fusion protein  56.86 
 
 		 434 aa  394  1e-108  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3918  secretion protein HlyD  58.27 
 
 		 433 aa  391  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3185  secretion protein HlyD  55.45 
 
 		 446 aa  388  1e-107  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.5 
 
 		 428 aa  387  1e-106  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2151  RND family efflux transporter MFP subunit  52.52 
 
 		 471 aa  367  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.563694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  51.92 
 
 		 429 aa  365  1e-100  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  54.84 
 
 		 466 aa  358  9.999999999999999e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2825  Fis family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 466 aa  356  3.9999999999999996e-97  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.506795  normal  0.45265 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1814  RND family efflux transporter MFP subunit  50.95 
 
 		 432 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3707  RND family efflux transporter MFP subunit  53.75 
 
 		 437 aa  347  3e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00914113 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3605  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.81 
 
 		 429 aa  323  3e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.53 
 
 		 430 aa  318  7.999999999999999e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1706  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.17 
 
 		 430 aa  310  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3021  RND family efflux transporter MFP subunit  49.6 
 
 		 418 aa  298  9e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0354964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3375  HlyD family membrane fusion protein  49.6 
 
 		 425 aa  298  1e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2041  secretion protein HlyD  43.01 
 
 		 398 aa  293  3e-78  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3864  ABC transporter related  49.19 
 
 		 418 aa  282  1e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.606554  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0496  RND family efflux transporter MFP subunit  42.82 
 
 		 402 aa  258  1e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3595  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.74 
 
 		 404 aa  256  4e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0852698  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3038  secretion protein HlyD  41.08 
 
 		 403 aa  238  2e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3168  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.74 
 
 		 430 aa  238  2e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.479459  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.28 
 
 		 409 aa  236  5.0000000000000005e-61  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.87 
 
 		 419 aa  235  1.0000000000000001e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3233  RND family efflux transporter MFP subunit  40.16 
 
 		 405 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000196171  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.5 
 
 		 419 aa  233  5e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000305818 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  40.44 
 
 		 413 aa  233  6e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0899354  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  36.17 
 
 		 390 aa  229  6e-59  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1129  RND family efflux transporter MFP subunit  38.21 
 
 		 407 aa  227  4e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3060  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.11 
 
 		 424 aa  224  2e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2972  secretion protein HlyD  40.48 
 
 		 429 aa  224  3e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2811  RND family efflux transporter MFP subunit  34.99 
 
 		 444 aa  220  5e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2777  RND family efflux transporter MFP subunit  39.26 
 
 		 489 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000975793  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1166  secretion protein HlyD  37.77 
 
 		 412 aa  212  1e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.912906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  37.03 
 
 		 455 aa  208  2e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.384349  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.23 
 
 		 419 aa  207  3e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.321445  normal  0.921537 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0365  membrane-fusion protein  38.29 
 
 		 394 aa  206  7e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.34 
 
 		 416 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1726  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.23 
 
 		 395 aa  194  2e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000359698  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0906  secretion protein HlyD  34 
 
 		 449 aa  192  8e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.101628  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2037  secretion protein HlyD  35.32 
 
 		 446 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.35853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0102  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.39 
 
 		 465 aa  185  1.0000000000000001e-45  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  35.86 
 
 		 493 aa  181  2.9999999999999997e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.787622 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  29.68 
 
 		 417 aa  143  7e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  34.28 
 
 		 370 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  34.28 
 
 		 370 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0795  RND family efflux transporter MFP subunit  32.11 
 
 		 411 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1857  secretion protein HlyD  30.88 
 
 		 390 aa  134  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.779454 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5132  RND family efflux transporter MFP subunit  35.49 
 
 		 445 aa  134  3.9999999999999996e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  33.92 
 
 		 370 aa  134  3.9999999999999996e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  31.5 
 
 		 409 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000285815  normal  0.0164702 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  28.61 
 
 		 400 aa  133  5e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1101  RND family efflux transporter MFP subunit  30.55 
 
 		 414 aa  132  1.0000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.402678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1080  MacA  26.62 
 
 		 394 aa  131  2.0000000000000002e-29  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1008  macrolide transporter subunit MacA  32.09 
 
 		 372 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.622007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1059  macrolide transporter subunit MacA  32.09 
 
 		 372 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.75011  normal  0.992508 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  32.09 
 
 		 372 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1039  macrolide transporter subunit MacA  32.09 
 
 		 372 aa  130  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303516  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.5 
 
 		 471 aa  129  7.000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3523  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.32 
 
 		 438 aa  129  8.000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.51854  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.31 
 
 		 414 aa  129  8.000000000000001e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0976  macrolide transporter subunit MacA  32.09 
 
 		 372 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0322  RND family efflux transporter MFP subunit  37.37 
 
 		 353 aa  127  5e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0619651 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3171  RND family efflux transporter MFP subunit  28.65 
 
 		 416 aa  127  5e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000224755  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3536  RND family efflux transporter MFP subunit  29.02 
 
 		 416 aa  126  6e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.02 
 
 		 410 aa  126  7e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000019827  hitchhiker  0.00000000236896 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3445  RND family efflux transporter MFP subunit  33.13 
 
 		 401 aa  126  8.000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.655677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1672  RND family efflux transporter MFP subunit  28.64 
 
 		 429 aa  126  8.000000000000001e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  32.28 
 
 		 384 aa  126  8.000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0800  RND family efflux transporter MFP subunit  28.46 
 
 		 416 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000642362  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1685  RND family efflux transporter MFP subunit  31.14 
 
 		 387 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0635  macrolide-specific efflux protein macA  27.6 
 
 		 390 aa  125  1e-27  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0167041  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0832  RND family efflux transporter MFP subunit  28.76 
 
 		 416 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000487508  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2938  RND family efflux transporter MFP subunit  32.52 
 
 		 444 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1670  macrolide transporter subunit MacA  34.63 
 
 		 348 aa  125  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.03 
 
 		 453 aa  124  2e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2617  secretion protein HlyD  33.44 
 
 		 385 aa  124  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000106145  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  30.06 
 
 		 408 aa  123  7e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0709  macrolide-specific efflux protein macA  27.78 
 
 		 390 aa  122  9.999999999999999e-27  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1334  secretion protein HlyD  27.66 
 
 		 410 aa  122  9.999999999999999e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6610  RND family efflux transporter MFP subunit  33.23 
 
 		 394 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.260284  normal  0.566522 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0820  HlyD family secretion protein  29.08 
 
 		 405 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1970  secretion protein HlyD  31.75 
 
 		 390 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0699832  normal  0.38447 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  30.06 
 
 		 408 aa  121  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0919  AcrA/AcrE family efflux protein  25.68 
 
 		 377 aa  120  3.9999999999999996e-26  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4154  secretion protein HlyD  28.93 
 
 		 458 aa  119  7.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3559  RND family efflux transporter MFP subunit  31.44 
 
 		 396 aa  119  9e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0492868  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1634  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.78 
 
 		 417 aa  119  9e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1256  membrane fusion protein (MFP) family auxiliary transport protein  23.36 
 
 		 397 aa  119  9.999999999999999e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1064  macrolide-specific efflux protein macA  27.95 
 
 		 390 aa  119  9.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0267322  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1863  RND family efflux transporter MFP subunit  31.34 
 
 		 393 aa  118  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3533  RND family efflux transporter MFP subunit  30.9 
 
 		 409 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.722317 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2865  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.77 
 
 		 478 aa  117  3e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0716848 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2831  syringolide efflux protein SyfC  30.89 
 
 		 383 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.580145  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0963  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.97 
 
 		 451 aa  116  6e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0174638  normal  0.124893 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0573  macrolide secretion protein MacA  27.56 
 
 		 455 aa  116  6e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000123833  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  31.53 
 
 		 371 aa  116  7.999999999999999e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  31.53 
 
 		 371 aa  116  7.999999999999999e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0725  HlyD family secretion protein  31.16 
 
 		 397 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.897812  normal  0.118835 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>